姓名： 廖奇
性别： 女
职称： 副教授
电子邮箱： liaoqi@nbu.edu.cn
研究方向： 生物信息学
办公电话：
通讯地址： 宁波市江北区风华路818号宁波大学王长来楼105
职务：


学术型
院系名称 招生级别 一级学科名称 二级学科/方向
医学院 硕士 公共卫生与预防医学 流行病与卫生统计学


个人简介
教育背景： 廖奇，宁波大学医学院副教授，2007年毕业于中山大学医学院，并免试推荐为同校病原生物学专业博士生，师从吴忠道教授。2008年-2011年在中科院计算技术研究所学习和研究生物信息学课题，师从赵屹研究员，2015年8月至2016年8月作为访问****在哈佛大学丹娜法伯癌症研究中心进修，师从著名的生物信息学家刘小乐教授。研究方向为非编码RNAs的生物信息学分析，特别是非编码RNAs的鉴定、功能、调节网络分析及与疾病和癌症的关系。迄今为止以第一作者或通讯作者身份在国际著名SCI期刊Nucleic Acids Res (top期刊，IF=11.561)、Briefings in bioinformatics(top期刊，IF=6.302)、Bioinformatics(top期刊，IF=5.481)、等发表通讯作者或第一作者论文17篇，合计引用410余次，其中单篇他引最高265次。主持国家自然科学基金、省自然科学基金、市自然科学基金。主讲卫生统计学、SAS、SPSS统计分析等中文课程以及医用统计学留学生全英文课程，参编教材4部，其中《Preventive Medicine, Medical Statistics and Epidemiology》为全英文教材。目前担任浙江省生物信息学学会副秘书长，浙江省生物信息学学会青年委员会主任委员及精准医学专业委员会副主任委员，浙江省预防医学会卫生统计学专业和寄生虫专业委员会委员。
工作经历： 1.2018/01-至今，宁波大学医学院，预防医学系，副教授
2.2012/07-2017/12，宁波大学医学院，预防医学系，讲师
3.2015/08-2016/08，美国哈佛大学附属丹娜法伯癌症研究中心，访问****，合作导师：刘小乐教授

目前从事的主要研究工作： 1.生物公共数据库挖掘及分析，如各类生物数据库如GEO、转录因子、非编码RNA的鉴定及功能注释等；
2.测序数据的处理及分析，如RNA-seq、外显子测序、ChIP-SEQ、CRISPR screen、基因芯片数据的处理和分析；
3.基因调控网络的构建及分析，构建转录因子-靶基因关系、蛋白蛋白相互作用、lncRNA-靶基因关系等生物调控关系，构建生物调节网络，并对网络进行挖掘及分析；
4.机器学习方法应用，如疾病预测模型或分类器的构建及应用



目前承担的主要科研项目
项目名称 项目来源 项目编号 项目起止时间
基于全基因组CRISPR筛选数据构建泛癌必需lncRNA的预测模型并以大肠癌为例进行预测和调节网络研究
国家自然科学基金/面上项目
**
2020-01;2023-12

长非编码RNA LINC00473在大肠癌中的功能研究及调控网络分析
宁波市自然科学基金
无
2017-12;2009-12


主持完成的主要科研项目
项目名称 项目来源 项目起止时间 项目编号 结题日期
大肠癌遗传和表观遗传数据库及预测统计模型的构建
浙江省统计局统计研究课题/青年项目
2015-06;2016-06

2016-12

基于表观遗传性质及调节网络对长非编码RNAs的功能注释
国家自然科学基金/青年项目
2014-01;2016-12
**
2016-12

大肠癌长非编码RNAs表观遗传调节网络的构建及系统分析
浙江省自然科学基金/青年项目
2013-01;2015-12
LQ13C060002
2015-12


代表性学术论文
题目 发表刊物名称 本人署名情况 发表时间 收录情况
Genome-wide identification of the essential protein-coding genes and long noncoding RNAs for human pan-cancer
Bioinformatics
通讯作者
2019-05
SCI二区

Long noncoding RNA: a crosslink in biological regulatory network
Briefings in Bioinformatics
通讯作者
2018-12
SCI一区

Regulatory network analysis of LINC00472, a long noncoding RNA downregulated by DNA hypermethylation in colorectal cancer
Clinical Genetics
通讯作者
2018-08
SCI二区

The regulatory network analysis of long noncoding RNAs in human colorectal cancer
Functional & Integrative Genomics
通讯作者
2018-08
SCI三区

Identification and functional annotation of metabolism‐ associated lncRNAs and their related protein‐coding genes in gastric cancer
Molecular Genetics & Genomic Medicine
通讯作者
2018-05
SCI三区


出版著作和教材情况
著作名称 出版社名称 出版时间 本人排名
《Heatlth Informatics Data Analysis》
Springer International Publishing
2017-06
其他

《Preventive Medicine, Medical Statistics and Epidemiology》
浙江大学出版社
2014-07
其他

《预防医学》
东南大学出版社
2014-06
其他

《医学寄生虫学》
中国医药科技出版社
2017-06
其他

《寄生虫学与寄生虫病简史》
国际炎黄文化出版社
2016-11
其他


主要学术兼职
学术兼职： （1）浙江省预防医学会卫生统计学专业委员会委员
（2）浙江省预防医学会寄生虫专业委员会委员。
（3）浙江省生物信息学学会副秘书长
（4）浙江省生物信息学学会青年委员会主任委员
（5）浙江省生物信息学学会精准医学专业委员会