基本信息
姓名：叶育森 职位：副教授
硕导或博导：硕导
博士学科：计算机应用技术
硕士学科：计算机科学与技术
工作单位：计算机科学与技术学院

联系方式
通信地址：陕西省西安市太白南路2号
电子邮箱：ysye@xidian.edu.cn
办公地点：北校区主楼IV区103


个人简介
叶育森，2020年3月以“人才引进”破格副教授进入计算机科学与技术学院计算生物信息研究所工作，同年入选“华山****菁英人才计划”（菁英副教授），并于2021年6月遴选为硕士研究生导师。主要的研究方向为生物信息学，图表示学习，三维基因组学等。以第一作者在国际高水平期刊Advanced Science (IF=15.84)、Nucleic Acids Research (IF=11.501)等发表研究论文。担任中国计算机学会（CCF）生物信息学专业委员会通信委员，领域著名期刊 Bioinformatics、TCBB等期刊审稿人。主持国家自然科学基金青年项目、参与国家自然科学基金重点项目、面上项目等4项。开发工具CIRCLET入选“2019年度中国生物信息学十大算法”。曾获西安电子科技大学首届研究生“校长奖学金”。

主要研究方向
图表示学习
1. 图的构建方法，包括一般图、动态图、异质图等；
2. 节点、边和子图的表示学习方法研究，包括浅层方法和深度神经网络方法等。
三维基因组学与单细胞组学
1. 细胞核染色质多尺度高阶结构的提取方法研究；
2. 极稀疏高维染色质图谱的补全和提高方法研究；
3. 三维基因组学与其它组学数据的集成分析方法研究；
4. 三维基因组疾病模式挖掘方法研究。

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基本信息
姓名：叶育森 职位：副教授
硕导或博导：硕导
博士学科：计算机应用技术
硕士学科：计算机科学与技术
工作单位：计算机科学与技术学院

联系方式
通信地址：陕西省西安市太白南路2号
电子邮箱：ysye@xidian.edu.cn
办公地点：北校区主楼IV区103


个人简介
叶育森，2020年3月以“人才引进”破格副教授进入计算机科学与技术学院计算生物信息研究所工作，同年入选“华山****菁英人才计划”（菁英副教授），并于2021年6月遴选为硕士研究生导师。主要的研究方向为生物信息学，图表示学习，三维基因组学等。以第一作者在国际高水平期刊Advanced Science (IF=15.84)、Nucleic Acids Research (IF=11.501)等发表研究论文。担任中国计算机学会（CCF）生物信息学专业委员会通信委员，领域著名期刊 Bioinformatics、TCBB等期刊审稿人。主持国家自然科学基金青年项目、参与国家自然科学基金重点项目、面上项目等4项。开发工具CIRCLET入选“2019年度中国生物信息学十大算法”。曾获西安电子科技大学首届研究生“校长奖学金”。

主要研究方向
图表示学习
1. 图的构建方法，包括一般图、动态图、异质图等；
2. 节点、边和子图的表示学习方法研究，包括浅层方法和深度神经网络方法等。
三维基因组学与单细胞组学
1. 细胞核染色质多尺度高阶结构的提取方法研究；
2. 极稀疏高维染色质图谱的补全和提高方法研究；
3. 三维基因组学与其它组学数据的集成分析方法研究；
4. 三维基因组疾病模式挖掘方法研究。

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科学研究
1. 科研项目
[1] 国家自然基金青年项目:三维基因组染色质结构域识别及功能研究
No.** 2021.1~2023.12 项目负责人
[2] 基础科研业务费:三维基因组染色质结构域识别及功能研究
2021.1~2022.12 项目负责人
[3] 国家自然基金面上项目:三维基因组结构模式挖掘方法研究
No.** 2019.1~2022.12核心参与人
[4] 国家重点研发计划重点专项: 精准医学大数据的有效挖掘与关键信息技术研发
No. SQ2018YFC090002 2018.7 ~2020.12 主要参与人
[5]国家自然科学基金重点项目:基于网络模型的癌症相关模式挖掘理论与方法
No.6**.1~2020.12 主要参与人
2. 合作交流
2016.8-2018.8 前往中国科学院数学与系统科学研究院张世华lab访问学习

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学术论文
Yusen Ye, Lin Gao, Shihua Zhang. Circular trajectory reconstruction uncovers cell-cycle progression and regulatory dynamics from single-cell Hi-C maps[J]. Advanced Science.（SCI源刊，已接收，IF=15.84，中科院一区）
Yusen Ye, Lin Gao, Shihua Zhang. MSTD: an efficient method for detecting multi-scale topological domains from symmetric and asymmetric 3D genomic maps[J]. Nucleic Acids Research,2019,47(11):e65-e65.（SCI：005，IF=11.501，中科院一区）
Yusen Ye, Lin Gao, Shihua Zhang. Integrative Analysis of Transcription Factor Combinatorial Interactions Using a Bayesian Tensor Factorization Approach[J]. Frontiers in Genetics,2017,8:140.（SCI：001，IF=3.517，中科院二区）
Yusen Ye, Lin Gao, Shihua Zhang. MSTD for detecting topological domains from 3D genomic maps [M]. Methods in Molecular Biology.（学术专著）
Fei Xiao, Lin Gao, Yusen Ye, et al. Inferring gene regulatory networks using conditional regulation pattern to guide candidate genes. Plos one, 2016, 11(5): e**.（SCI：073，IF=2.776，中科院三区）

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荣誉获奖
一、主要科研成果
2019年9月，论文CIRCLET发表于《Advanced Science》【中科院一区，IF=15.840】:
1.第一个基于单细胞Hi-C探究细胞周期过程的算法；
2.被评为2019年度“中国生物信息学十大算法和工具”。
2019年4月，论文MSTD发表于国际顶级期刊《Nucleic Acids Research》【中科院一区，IF=11.501】:
1.三维基因组拓扑结构域最快算法;
2.收到Springer出版社书籍章节邀请（全球第一大科技出版公司)。
二、主要科研奖励
2020年2月，CIRCLET研究成果入选“2019年度中国生物信息学十大算法和工具”:
2020年4月，荣获首届研究生“校长奖学金”

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科研团队
计算生物信息研究所开展计算机科学与生命科学交叉原创研究, 建立服务精准医疗的数据挖掘与知识发现理论体系, 促进信息科学与生物医疗产业融合发展, 依托西电信息学科优势,建立高水平学科队伍,促进交叉复合型人才培养。

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课程教学
研究生课程
1.图的挖掘与表示学习：2020年春，2021年春

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招生要求

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Introduction
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Research Interests
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5．

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Research
目前研究团队承担的科研项目：

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Papers
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Honors
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Team
团队教师




博士研究生
硕士研究生

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Teaching
目前本人承担的教学任务：

课件下载 示例

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Admission
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关于研究生招生的信息：
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