基本信息
姓名 鱼亮 职位 教授
博/硕导
博士学科：计算机应用技术
硕士学科：计算机系统结构
工作单位：计算机科学与技术学院

联系方式
通信地址：西安电子科技大学 160信箱
电子邮箱：lyu at xidian.edu.cn
办公电话：
办公地点：北校区主楼四区 106室


个人简介
鱼亮，女，博士，西安电子科技大学计算机学院教授、博导。于2017年9月至2018年9在哈佛医学院访问一年。目前主要的研究领域：生物信息学、数据挖掘和网络医学，具体包括功能模块挖掘、药物靶标预测、药物重定位等。主持国家自然科学基金面上项目、青年基金项目各一项、陕西省自然科学基金项目一项；作为主要成员参与两项国家自然科学基金重点项目、一项国家自然基金重大研究计划项目。已发表相关学术论文19 篇，其中第一作者已发表SCI 12 篇，EI 4 篇。论文主要发表于《Proteomics》、《International Journal of Biological Sciences》、《IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics》、《Scientific Reports》、《BMC System Biology》、《BMC medical genomics》等国际期刊。

主要研究方向
1．数据挖掘
2 . 网络医学
3．聚类
4．复杂疾病
5．计算生物信息学

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基本信息
姓名 鱼亮 职位 教授
博/硕导
博士学科：计算机应用技术
硕士学科：计算机系统结构
工作单位：计算机科学与技术学院

联系方式
通信地址：西安电子科技大学 160信箱
电子邮箱：lyu at xidian.edu.cn
办公电话：
办公地点：北校区主楼四区 106室


个人简介
鱼亮，女，博士，西安电子科技大学计算机学院教授、博导。于2017年9月至2018年9在哈佛医学院访问一年。目前主要的研究领域：生物信息学、数据挖掘和网络医学，具体包括功能模块挖掘、药物靶标预测、药物重定位等。主持国家自然科学基金面上项目、青年基金项目各一项、陕西省自然科学基金项目一项；作为主要成员参与两项国家自然科学基金重点项目、一项国家自然基金重大研究计划项目。已发表相关学术论文19 篇，其中第一作者已发表SCI 12 篇，EI 4 篇。论文主要发表于《Proteomics》、《International Journal of Biological Sciences》、《IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics》、《Scientific Reports》、《BMC System Biology》、《BMC medical genomics》等国际期刊。

主要研究方向
1．数据挖掘
2 . 网络医学
3．聚类
4．复杂疾病
5．计算生物信息学

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科学研究
国家重点研发计划“精准医学研究”专项 “多维生命组学数据智能整合分析”课题 课题三、多维生命组学数据智能整合分析 No. 2018YFC** 2018.07.01-2020.12.31 骨干成员
国家自然基金面上项目
基于组织多层网络模型的药物重定位方法研究 No. **
2017.01-2020.12承担药物-疾病相关性算法的研究 项目负责人
国家青年科学基金项目：
基于蛋白质相互作用网络的疾病模块挖掘 No. **
2013.1-2015.12 承担疾病基因预测算法的研究 项目负责人
陕西省自然科学基金项目
药物靶标预测及药物重新定位方法研究 No. 2016JQ6057
2016.1-2017.12 承担药物重定位算法的研究 项目负责人
国家自然基金重点项目
基于网络模型的癌症相关模式挖掘理论与方法 No.**
2016.01-2020.12 承担模式算法的研究 主要参与人（项目负责人 高琳）
国家自然基金重大研究计划项目：
复杂疾病恶化过程相关模式发现理论与方法研究 No. ** 2012.1-2014.12 承担疾病模式算法的研究 主要参与人（项目负责人 高琳）75万
国家自然基金重点项目：
生物网络数据分析与挖掘中相关理论与关键技术 No.**
2010.1-2013.12 承担模块挖掘算法的研究 主要参与人（项目负责人 高琳）
高等学校博士学科点专项科研基金
基于图挖掘的蛋白质网络功能模块识别算法No. 3 2009.1-2011.12 主要参与人
中央高校基本科研业务费专项资金资助：蛋白质网络功能模式挖掘及应用研究 No. K 2010.9-2012.9 项目负责人
国家自然科学基金资助项目：生物分子网络数据分析中相关图问题及其算法研究 No. ** 2006.1-2008.12 主要参与人
国家自然科学基金资助项目：协同学习模式下流数据的聚类与预测联合实现方法研究 No.** 2011.1-2013.12 主要参与人

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学术论文
鱼亮，赵晋. 基于组织特异性和直接邻居相似度方法预测疾病-药物关系. 中国科学: 信息科学; doi: 10.1360/N112018-00324
Liang Yu, Shunyu Yao, Lin Gao, Yunhong Zha. Conserved disease modules extracted from multil[ant]ayer heterogeneous disease and gene networks for understanding disease mechanisms and predicting disease treatments. Frontiers in Genetics. 2019, 9:745. doi: 10.3389/fgene.2018.00745. IF=4.151
Liang Yu, Lin Gao. Human pathway-based disease network. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Accepted. DOI : 10.1109/TCBB.2017.**
Liang Yu, Jin Zhao, Lin Gao. Predicting Potential Drugs for Breast Cancer based on miRNA and Tissue Specificity. International Journal of Biological Sciences, 2018; 14(8): 971–982. 【SCI IF=4.057 JCR=1】引用3次 WOS:019
Liang Yu, Xiaoke Ma, Long Zhang, Jing Zhang, Lin Gao. Prediction of new drug indications based on clinical data and network modularity. Scientific Reports, 2016; 6:32530. 【SCI IF=5.228 JCR=1】WOS: 001 引用6次
Liang Yu, Ruidan Su, Bingbo Wang, Long Zhang, Yapeng Zou, Jing Zhang, Lin Gao. Prediction of novel drugs for hepatocellular carcinoma based on multi-source random walk. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2017, 14(4):966-977. DOI: 10.1109/TCBB.2016.**. 【SCI IF=1.44 JCR=2】PubMed ID:** WOS:018 引用4次
Liang Yu, Bingbo Wang, Xiake Ma, Lin Gao. The extraction of drug-disease correlations based on module distance in incomplete human interactome. BMC System Biology. 2016, 10(Suppl 4):111.【SCI IF=2.213 JCR=1】WOS:001 引用6次
Liang Yu, Jianbin Huang, Zhixin Ma, Yapeng Zou, Jing Zhang, Lin Gao. Inferring drug-disease associations based on known protein complexes. BMC medical genomics, 2015, 8: S2. 【SCI IF=3.91 JCR=2】 WOS:003 引用21次
Liang Yu, Jin Zhao, Lin Gao. Drug repositioning based on triangularly balanced structure for tissue-specific diseases in incomplete interactome. Artificial Intelligence In Medicine, 2017,77, 53–63. http://dx.doi.org/doi:10.1016/j.artmed.2017.03.009 【SCI IF=2.142 JCR=2】 WOS:006 PubMed ID: ** 引用4次
Liang Yu, Lin Gao, and Chuiliang Kong. Identification of core-attachment complexes based on maximal frequent patterns in protein-protein interaction networks. Proteomics, 2011, 11(19):3826-3834. 【SCI IF=4.814 JCR=1】 (cite:10) WOS:009
Liang Yu, Lin Gao, and Penggang Sun. A hybrid clustering algorithm for identifying modules in Protein Protein Interaction networks. International Journal of Data Mining and Bioinformatics, 2010, 5(4):600-615.【SCI IF=0.933】(cite:16) WOS:008
Liang Yu, Lin Gao, Kui Li. A degree-distribution based hierarchical agglomerative clustering algorithm for protein complexes identification. Computational Biology and Chemistry, 2011, 35(5): 298-307. 【SCI IF=1.412 JCR=3】 (cite:6) WOS:005
Liang Yu, Lin Gao, and Kui Li. A method based on local density and random walks for complex detection in protein interaction networks. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, 8(Suppl.1): 47-62.【SCI IF=0.991】(cite:8) WOS: 005
鱼亮, 高琳，孙鹏岗. 蛋白质网络中复合体和功能模块预测算法研究.计算机学报, 2011, 34(7):1239-1251. 【EI】 (cite:3) [EI：201**]
Liang Yu, Lin Gao. Identification of core-attachment complexes based on mining maximal frequent patterns in protein-protein interaction networks. 2010 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine Workshops (BIBMW 2010), pp, 29-34. Dec. 18-21, 2010, Hong Kong. (EI: 808)
Liang Yu, Lin Gao. Quantitative Function for Community Structure Detection. International Journal of Data Mining, Modelling and Management, 2010, 4(2):351-368.(cite:5)
Liang Yu, Lin Gao. An average-degree based method for protein complexes identification. The Fourth International Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (iCBBE2010) Proceedings, pp. 175-182, June 18-20, Chengdu, China. (EI: 605)
Xiaoke Ma, Liang Yu, Peizhuo Wang, Xiaofei Yang, Discovering DNA methylation patterns for long non-coding RNAs associated with cancer subtypes. Computational Biology and Chemistry. 2017, 69:164-170. DOI: 10.1016/j.compbiolchem.2017.03.014 019
Xiaoke Ma, Bingbo Wang, Liang Yu. Semi-supervised spectral algorithms for community detection in complex networks based on equivalence of clustering methods. Physica A. 2018, 490: 786-802. 【SCI IF=2.48 JCR=2】0004**

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荣誉获奖
2013年博士论文《蛋白质网络模块结构识别算法研究》分获陕西省、西安电子科技大学优秀博士学位论文；
分别获2015、2017年度本科教学优质教学质量二等奖；

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科研团队
团队链接：http://web.xidian.edu.cn/lgao/team.html

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课程教学
目前本人承担的教学任务：
主讲本科《离散数学I》、《离散数学II》、《数据仓库与数据挖掘》
主讲研究生《数据挖掘原理与应用》
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招生要求
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关于研究生招生的信息：
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Research
目前研究团队承担的科研项目：

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Papers
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Honors
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Team
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博士研究生
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Teaching
目前本人承担的教学任务：

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Admission
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