LncRNA与疾病关系的知识图谱构建

龚乐君^1,2,杨璐¹,高志宏³,李华康^1,4,5

1.南京邮电大学计算机学院、软件学院、网络空间安全学院, 江苏 南京 210023;2.江苏省大数据安全与智能处理重点实验室, 江苏 南京 210023;3.浙江省智慧医疗工程技术研究中心, 浙江 温州 325035;4.自然资源部城市国土资源监测与仿真重点实验室, 广东 深圳 518034;5.苏州派维斯信息科技有限公司, 江苏 苏州 215011

发布日期:2021-04-16

作者简介:龚乐君(1978— ),女,江西临川人,博士,副教授,硕士生导师,主要研究方向为数据与文本挖掘,生物医学信息处理. E-mail:glj98226@163.com
基金资助:国家自然科学基金资助项目(61502243);浙江省智慧医疗工程技术研究中心资助项目(2016E10011);中国博士后基金资助项目(2018M632349);江苏省“六大人才高峰”高层次人才项目(XYDXX-204);自然资源部城市国土资源监测与仿真重点实验室开放基金资助课题(KF-2019-04-011,KF-2019-04-065);苏州市姑苏科技创业天使计划项目(CYTS2018233)资助;南京邮电大学引进人才科研启动基金资助(NY217136)

Construction of knowledge graph of relationship between LncRNA and diseases

GONG Lejun^1,2, YANG Lu¹, GAO Zhihong³, LI Huakang^1,4,5

1. School of Computer Science, Nanjing University of Posts and Telecommunications, Nanjing 210023, Jiangsu, China;
2. Jiangsu Key Lab of Big Data Security &
Intelligent Processing, Nanjing 210023, Jiangsu, China;
3. Zhejiang Engineering Research Center of Intelligent Medicine, Wenzhou 325035, Zhejiang, China;
4. Key Laboratory of Urban Land Resources Monitoring and Simulation, Shenzhen 518034, Guangdong, China;
5. Suzhou Privacy Information Technology Company, Suzhou 215011, Jiangsu, China

Published:2021-04-16

摘要/Abstract

摘要： 基于长链非编码核糖核酸(long non-coding RNA, LncRNA)和疾病关系的分析,对LncRNA和疾病知识概念建模,提出一种有效的LncRNA与疾病关系的知识图谱构建方法。使用Protégé构建本体结构,建构概念层,整合结构化与非结构化两种不同来源的数据形成数据层,通过资源描述框架(resource description frame, RDF)/网络本体语言(web ontology language, OWL)技术对数据及相应的关系进行描述,采用基于前向推理的产生式规则进行相应的知识推理,通过SPARQL查询语言和可视化技术展示知识查询的推理效果。这一研究将为LncRNA与疾病的关系研究提供参考,推动该领域的发展。


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