膀胱癌circRNAs介导的ceRNA网络及预后评估模型的构建

米琦,史爽,李娟,李培龙,杜鲁涛,王传新

出版日期:2021-06-10发布日期:2021-06-10
通讯作者:王传新. E-mail:cxwang@sdu.edu.com

基金资助:国家自然科学基金(81873977,82072368);山东省重点研发计划(2019GSF108091);国家重点研发计划(2018YFC0114700)

Construction of circRNA-mediated ceRNA network and prognostic assessment model for bladder cancer

MI Qi, SHI Shuang, LI Juan, LI Peilong, DU Lutao, WANG Chuanxin

Department of Clinical Laboratory, The Second Hospital of Shandong University, Jinan 250033, Shandong, China

Online:2021-06-10Published:2021-06-10

摘要/Abstract

摘要： 目的 探究膀胱癌中差异性表达的环状RNAs(circRNAs),并构建circRNAs介导的ceRNA网络及预后评估模型。 方法 下载并分析基因表达数据库(GEO)和癌症基因组图谱(TCGA)中膀胱癌RNA测序数据,以|log2 fold change(log2FC)|>1、P-value<0.05为纳入标准,筛选RNA差异表达谱。整合TCGA膀胱癌RNA差异分析数据及CircInteractome等公共数据库数据,构建circRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络,通过GEO与TCGA对网络中mRNAs进行功能富集分析。利用String数据库挖掘ceRNA网络分子的相互作用关系。采用Cox回归分析筛选预后相关mRNAs,并构建膀胱癌预后风险评估模型;利用“time ROC”软件包绘制ROC曲线,对模型效能进行评估。 结果 通过2个GEO数据集的差异分析,共筛选到4个circRNAs,分别是hsa_circ_0102787、hsa_circ_0103114、hsa_circ_0102402与hsa_circ_0104387。通过公共数据库及TCGA差异分析,构建了由circRNAs介导的ceRNA网络,包含4个circRNAs、23个miRNAs和86个mRNAs;功能富集分析显示该网络mRNAs涉及多个与肿瘤调控相关的生物学过程;网络中mRNAs存在相互作用关系,生存分析显示6个mRNAs与膀胱癌预后相关。以“风险评分=(-0.356 9)×ABRACL+(-0.264 4)×MAP3K8”构建膀胱癌预后风险评估模型,Kaplan-Meier曲线提示高评分组预后差(P<0.001),模型5年总体生存率的AUC=0.744。 结论 发掘4个膀胱癌中表达失调的circRNAs,构建了膀胱癌相关circRNA-miRNA-mRNA网络及预后评估模型,为揭示膀胱癌发生发展的分子机制及寻找新的诊断、预后标志物奠定了理论基础。


PDF全文下载地址:

http://yxbwk.njournal.sdu.edu.cn/CN/article/downloadArticleFile.do?attachType=PDF&id=4321