崔莉 副研究员

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博士生导师，主要从事氨基环醇类药物生物合成途径的全新构建及多重适配性机制的研究工作，进行非天然假糖类目标产物的人工生物合成途径再设计。发展了关键合成酶系分子设计、途径重塑及组装等策略，建立了井冈霉烯胺、β-井冈霉烯胺和井冈霉烯醇等系列非天然假糖类化合物的生物合成体系。





学术经历
1996.09-2000.06 中国药科大学生物制药学院获工学学士学位
2001.09-2006.06 中国药科大学生命科学与技术学院获微生物与生化药学博士学位
2006.07-至今 上海交通大学微生物代谢国家重点实验室


1996.09-2000.06 中国药科大学生物制药学院获工学学士学位
2001.09-2006.06 中国药科大学生命科学与技术学院获微生物与生化药学博士学位
2006.07-至今 上海交通大学微生物代谢国家重点实验室





研究方向
酶催化功能设计优化


人工合成途径组合设计


代谢途径重编程






依据酶活性、稳定性及底物选择性等复杂催化机制，采用计算生物学辅助的酶理性设计策略，塑造和优化候选氨基转移酶的催化功能，提升其催化非天然底物的效率和精准度；为改变天然酶对非天然底物的选择性、提升酶与底物的识别能力、实现特定催化功能提供了高效、准确的解决方案。


依据合成生物学设计理念，募集并表征了参与C₇N氨基环醇类化合物的结构形成的环化酶、异构酶、脱水酶和氨基转移酶，建立了C₇N氨基环醇类化合物组合生物合成元件库和以糖苷酶抑制活力为指标的生物学功能高通量评价筛选方法，为利用微生物代谢中多样性酶催化功能、依据化学与酶学催化反应原理，设计全新非天然C₇N药物的人工生物合成途径奠定了基础。


综合运用基因工程、酶工程、代谢工程、生物信息学、化合物结构鉴定等多学科技术，开展了井冈霉烯胺、井冈霉醇胺生物合成途径设计、催化元件募集、体外酶学催化实验验证、体内途径适配优化等系统工作，实现了II型糖尿病临床治疗药物伏格列波糖前体化合物井冈霉烯胺、井冈霉醇胺和G_M1-神经节苷脂贮积症等治疗药物前体化合物β-井冈霉烯胺的设计合成，为C₇N氨基环醇化合物生物制造开创了全新的思路。






研究方向

酶催化功能设计优化 依据酶活性、稳定性及底物选择性等复杂催化机制，采用计算生物学辅助的酶理性设计策略，塑造和优化候选氨基转移酶的催化功能，提升其催化非天然底物的效率和精准度；为改变天然酶对非天然底物的选择性、提升酶与底物的识别能力、实现特定催化功能提供了高效、准确的解决方案。



人工合成途径组合设计 依据合成生物学设计理念，募集并表征了参与C₇N氨基环醇类化合物的结构形成的环化酶、异构酶、脱水酶和氨基转移酶，建立了C₇N氨基环醇类化合物组合生物合成元件库和以糖苷酶抑制活力为指标的生物学功能高通量评价筛选方法，为利用微生物代谢中多样性酶催化功能、依据化学与酶学催化反应原理，设计全新非天然C₇N药物的人工生物合成途径奠定了基础。



代谢途径重编程 综合运用基因工程、酶工程、代谢工程、生物信息学、化合物结构鉴定等多学科技术，开展了井冈霉烯胺、井冈霉醇胺生物合成途径设计、催化元件募集、体外酶学催化实验验证、体内途径适配优化等系统工作，实现了II型糖尿病临床治疗药物伏格列波糖前体化合物井冈霉烯胺、井冈霉醇胺和G_M1-神经节苷脂贮积症等治疗药物前体化合物β-井冈霉烯胺的设计合成，为C₇N氨基环醇化合物生物制造开创了全新的思路。











代表论著
? Cui L*, Wei XD, Wang XR, Bai LQ, Lin SJ, Feng Y*. A validamycin shunt pathway for valienamine synthesis in engineered Streptomyces hygroscopicus 5008. ACS Synthetic Biology, 2020, 9 (2), 294-303.

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? Li Cui, Ying Zhu, Xiaoqing Guan, Zixin Deng, Linquan Bai*, and Yan Feng*. De Novo Biosynthesis of β-Valienamine in Engineered Streptomyces hygroscopicus 5008. ACS Synth Biol, 2016, 5, 15-20.

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? Khatun MA, Hoque MA, Zhang Y, Lu T, Cui L, Zhou NY, Feng Y*. A bacterial consortium-based sensing system for detecting organophosphorus pesticides. Anal Chem, 2018, 90(17):10577-10584.

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? Li Cui, Karin Yanagi, Ting Shi, Zhangmin Liu, Linquan Bai*, and Yan Feng*. A quantitative analytical method for valienone and its application in the evaluation of valienone production by a breakthrough microbial process. Chin J Nat Med, 2017,15(10): 794-800.

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? Li Cui, Xiaoqing Guan, Zhangmin Liu, Liuyin Fan, Qian Li, and Yan Feng*.A new precolumn derivatization for valienamine and beta-valienamine using o-phthalaldehyde to determine the epimeric purity by HPLC and application of this method to monitor enzymatic catalyzed synthesis of beta-valienamine. J Asian Nat Prod Res, 2017,19(4): 347-357.

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? Xiaofei Zhang, Yong Zhang, Guangyu Yang, Yuan Xie, Lishi Xu, Jiao An, Li Cui, Yan Feng*. Modulation of the thermostability and substrate specificity of Candida rugose lipase1 by altering the acyl-binding residue Gly414 at the α-helix-connecting bend. Enzyme Microb Technol, 2016, 82:34-41

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? Yuan Xie, Jiao An, Guangyu Yang, Geng Wu, Yong Zhang, Li Cui, Yan Feng*. Enhanced Enzyme Kinetic Stability by Increasing Rigidity within the Active Site. J Biol Chem, 2014, 289: 7994-8006

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? Yu Zhang, Jiao An, Wei Ye, Guangyu Yang, Zhigang Qian, Haifeng Chen, Li Cui, Yan Feng*. Enhancing the promiscuous phosphotriesterase activity of a thermostable lactonase (GkaP) for the efficient degradation of organophosphate pesticides. Appl Environ Microbiol, 2012, 78(18):6647-6655

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获奖情况
2016年，获首届全国大学生生命科学创新实验大赛优秀指导教师一等奖
2020年，获第五届全国大学生生命科学创新实验大赛优秀指导教师一等奖
2020年，上海交通大学优异学士学位论文（TOP 1%）指导教师




教学情况

《生物化学》（B类）的教学工作
生物工程综合实验（科研转化前沿性实验）
基因工程实验
2018年生命科学技术学院优秀学士学位论文
2020年生命科学技术学院优秀学士学位论文
2020年上海交通大学优异学士学位论文




国家自然科学基金面上项目：多手性中心C₇N环醇胺类化合物生物合成体系的精准构筑
国家重点研发计划子课题：氨基糖苷类化合物生物合成元件的募集表征
国家自然科学基金面上项目：井冈霉烯胺人工设计途径的适配与优化
国家自然科学基金国际合作重点项目：假糖类药物生物合成途径的全新构建及多重适配性机制研究
国家自然科学基金青年基金：井冈霉烯胺生物合成途径重构
科技部973计划子课题 ：C₇N氨基环醇类化合物生物合成途径的构建
教育部博士点基金：井冈霉烯胺生物合成途径重构
上海市科委基础重大重点项目：伏格列波糖人工生物合成途径的构建与优化

承担项目