张晓君 研究员

电话：+86-
邮箱：xjzhang68@sjtu.edu.cn
地址：上海市闵行区东川路800号生物药学楼3-415；2-112，
实验室网址：https://www.researchgate.net/profile/Xiaojun_Zhang8
主要从事工业废水微生物处理过程微生物群落结构与功能分析、功能菌分离、功能基因的克隆、农业土壤环境的分子生态学等方面的研究工作。现任中国微生物学会环境微生物专业委员会委员，上海市微生物学会常务理事、副秘书长，微生物代谢国家重点实验室成员。发表学术论文一百余篇。
下载 CV




学术经历
1986.9-1990.6 兰州大学生物系 本科学习
1992.9-1995.6 兰州大学生物系 硕士研究生
1995.6-1999.8 兰州大学生物系 工作 讲师
1999.9-2002.8 中科院寒区旱区环境工程研究所 博士研究生
2002.9-2004.5 挪威农业大学 博士后
2004.9-2012.12上海交通大学 工作 副教授
2012.12-至今 上海交通大学工作 研究员


1986.9-1990.6 兰州大学生物系 本科学习
1992.9-1995.6 兰州大学生物系 硕士研究生
1995.6-1999.8 兰州大学生物系 工作 讲师
1999.9-2002.8 中科院寒区旱区环境工程研究所 博士研究生
2002.9-2004.5 挪威农业大学 博士后
2004.9-2012.12上海交通大学 工作 副教授
2012.12-至今 上海交通大学工作 研究员





研究方向
废水环境反硝化降解菌群结构和功能关系研究


微生物群落的分子生态学与生态基因组学


农田土壤系统中反硝化菌群与氮循环关系研究






涉及工业废水微生物处理过程微生物群落结构与功能分析、功能菌分离、功能基因的克隆、元基因组学，阐明其高效降解的菌群协同机制。


通过16S rRNA基因高通量测序，结合元基因组学（metagenomics）和元转录组学（metatranscriptomics）分析，研究复杂微生物群落的结构组成与其代谢等功能表型的关系，阐述微生物群落组装的机制以及受人工或自然生态因素影响的功能机制。


农业土壤环境的分子生态学研究，重点围绕农田管理、土壤类型等对土壤的氮代谢的影响的菌群机制，关注氮转化过程中温室气体氧化亚氮的形成机制，为温室气体的减排提供理论支持。






研究方向

废水环境反硝化降解菌群结构和功能关系研究 涉及工业废水微生物处理过程微生物群落结构与功能分析、功能菌分离、功能基因的克隆、元基因组学，阐明其高效降解的菌群协同机制。



微生物群落的分子生态学与生态基因组学 通过16S rRNA基因高通量测序，结合元基因组学（metagenomics）和元转录组学（metatranscriptomics）分析，研究复杂微生物群落的结构组成与其代谢等功能表型的关系，阐述微生物群落组装的机制以及受人工或自然生态因素影响的功能机制。



农田土壤系统中反硝化菌群与氮循环关系研究 农业土壤环境的分子生态学研究，重点围绕农田管理、土壤类型等对土壤的氮代谢的影响的菌群机制，关注氮转化过程中温室气体氧化亚氮的形成机制，为温室气体的减排提供理论支持。











代表论著
? Wu X, Wang Y, Zhu Y, Tian H, Qin X, Cui C, Zhao L, Simonet P, Zhang X*. Variability in the response of bacterial community assembly to environmental selection and biotic factors depends on the immigrated bacteria, as revealed by a soil microcosm experiment. mSystems, 2019, 4:e00496-19. https://doi.org/10.1128/mSystems.00496-19.

论文下载 支撑材料


? Xinxin Wu, Xiaogang Wu, Ji Li, Qiaoyu Wu, Yiming Ma, Weikang Sui, Liping Zhao, Xiaojun Zhang*. Cross-feeding between members of Thauera spp. and Rhodococcus spp. drives quinoline-denitrifying degradation in a hypoxic bioreactor. mSphere, 2020, 5(2): e00246-20. DOI: 10.1128/mSphere.00246-20

论文下载 支撑材料


? Xiaogang Wu, Ji Li, Mengmeng Ji, Qiaoyu Wu, Xinxin Wu, Yiming Ma, Weikang Sui, Liping Zhao, Xiaojun Zhang*. Non-synchronous structural and functional dynamics during the coalescence of two distinct soil bacterial communities. Frontiers in Microbiology, 2019, 10:1125. doi: 10.3389/fmicb.2019.01125.

论文下载 支撑材料


? Xianchao Qin, Mengmeng Ji, Xiaogang Wu, Chunjie Li, Yueshu Gao, Ji Li, Qiaoyu Wu, Xiaojun Zhang*, Zhenjia Zhang*. Response of treatment performance and microbial community structure to the temporary suspension of an industrial anaerobic bioreactor. Science of the Total Environment, 2018,646:229-237. doi.org/10.1016/j.scitotenv.2018.07.309.

论文下载 支撑材料


? Yun Wang, Hao Tian, Fei Huang, Wenmin Long, Qianpeng Zhang, Jing Wang, Ying Zhu, Xiaogang Wu, Guanzhou Chen, Liping Zhao, Lars R. Bakken, Åsa Frostegård, Xiaojun Zhang*. Time-resolved analysis of a denitrifying bacterial community revealed a core microbiome responsible for the anaerobic degradation of quinolone. Scientific Reports. 2017, 7: 14778. DOI:10.1038/s41598-017-15122-0

论文下载 支撑材料



? Yang Liuqing，Xiaojun Zhang* & Xiaotang Ju*. Linkage between N₂O emission and functional gene abundance in an intensively managed calcareous fluvo-aquic soil. Scientific Reports. 2017, 7:43283 | DOI: 10.1038/srep43283.

论文下载 支撑材料


? Xiaojun Zhang*, Jeseph Nesme, Pascal Simonet and Åsa Frostegård. Fate of invading bacteria in soil and survival of transformants after simulated uptake of transgenes, as evaluated by a model system based on lindane degradation. Research in Microbiology, 2012, 163:200-210. 10.1016/j.resmic.2012.01.007

论文下载 支撑材料


? Zhang X*，Yue S, Zhong H, Hua W, Chen R, Cao Y, and Zhao L. A diverse bacterial community in an anoxic quinoline-degrading bioreactor determined by using pyrosequencing and clone library analysis. Applied Microbial and Biotechnology, 2011, 91:425–434.

论文下载 支撑材料


? Ren H, Gao G, Song Z, Wang W, Zhao L, Zhang X* Bacteria in the injection water differently impacts the bacterial communities of production wells in high-temperature petroleum reservoirs. Frontiers in Microbiology, 2015; 6:505. DOI:10.3389/fmicb.2015.00505.

论文下载 支撑材料


? Fei Huang, Ling Ge, Bo Zhang, Yun Wang, Hao Tian, Liping Zhao, Yiliang He, Xiaojun Zhang*. A fullerene colloidal suspension stimulates the growth and denitrification ability of wastewater treatment sludge derived bacteria. Chemosphere, 2014,108:411–417.

论文下载 支撑材料













教学情况

2006-2016年承担本科生“分子生物学（C）”课程
承担研究生“分子生态学”课程教学
承担研究生“生态基因组学”课程教学
承担研究生“微生物生态学”课程教学




国家自然科学基金面上项目：两种不同类型农田土壤反硝化菌群在氧化亚氮排放中的调控机理研究（2020-2023）
国家自然科学基金中挪国际合作项目： 提高氮素管理、发展可持续食物生产和减少温室气体排放的新型生物肥料研究 （2019-2021）
重点研发计划项目：肥料氮素迁移转化过程与损失阻控机制-根区氮素周转过程及其微生物机制（2017-2020）
国家自然科学基金面上项目：非典型氧化亚氮还原酶基因在细菌生态适应性及环境氮转化中的作用 （2017-2020）
国家自然基金重点项目（合作项目）：华北平原农田土壤反硝化和硝化的产物比与调控机制 （2013-2017）
上海市国际合作项目：芳香化合物污染环境的元基因组基因资源与功能研究（2013-2014）
国家自然科学基金面上项目: 通过元基因组和元转录组分析反硝化反应器微生物群落降解喹啉的机制（2012-2015）
国家自然科学基金项目：分子标记指导的喹啉驯化反硝化微生物群落中生态优势降解细菌的分离研究（2007-2009）
863计划重点项目：特殊环境微生物元基因组技术（2008-2010）
上海-法国罗阿大区合作研究基金: 用元基因组技术挖掘焦化废水处理系统中的微生物功能基因 （2005-2007）
留学回国人员科研启动基金: linA基因标记的模式系统用于研究土壤环境中工程菌的种群变化动力学与基因转移过程 （2006-2007）


承担项目


学生培养
李 冀 2015 博士生
吴巧玉 2016 博士生
马怡茗 2017 博士生
王鑫辉 2019 博士生
Saira Bono 2019 博士生
杨楷文 2020 博士生
张馨玉 2018 硕士生
于丝雨 2019 硕士生
黄成莉 2020 硕士生
雷永兴 博士后(企业 联合培养) 2019-





张 翼 2006级 硕士生
靳利蕊 2009级 硕士生
张小远 2010级 硕士生
黄 飞 2011级 硕士生
田 浩 2012级 硕士生
朱 莹 2013级 硕士生
陈冠舟 2014级 硕士生
纪梦梦 2015级 硕士生
吴欣欣 2016级 硕士生
王 芸 2010级 博士生
岳思青 硕士生（联合指导）
钟汇慧 硕士生（联合指导）
陈睿佳 硕士生（联合指导）
张 晶 硕士生（联合指导）
洪 璇 硕士生（联合指导）
毛跃建 博士生（联合指导）
任红燕 博士生（联合指导）
秦先超 博士生（联合指导）
吴晓刚 2014级 博士生
隋维康 2017级 硕士生
夏 溪 交流生
谢 珍 交流生
杨柳青 交流生





在读学生
毕业学生



在读学生
毕业学生

李 冀 2015 博士生
吴巧玉 2016 博士生
马怡茗 2017 博士生
王鑫辉 2019 博士生
Saira Bono 2019 博士生
杨楷文 2020 博士生
张馨玉 2018 硕士生
于丝雨 2019 硕士生
黄成莉 2020 硕士生
雷永兴 博士后(企业 联合培养) 2019-




张 翼 2006级 硕士生
靳利蕊 2009级 硕士生
张小远 2010级 硕士生
黄 飞 2011级 硕士生
田 浩 2012级 硕士生
朱 莹 2013级 硕士生
陈冠舟 2014级 硕士生
纪梦梦 2015级 硕士生
吴欣欣 2016级 硕士生
王 芸 2010级 博士生
岳思青 硕士生（联合指导）
钟汇慧 硕士生（联合指导）
陈睿佳 硕士生（联合指导）
张 晶 硕士生（联合指导）
洪 璇 硕士生（联合指导）
毛跃建 博士生（联合指导）
任红燕 博士生（联合指导）
秦先超 博士生（联合指导）
吴晓刚 2014级 博士生
隋维康 2017级 硕士生
夏 溪 交流生
谢 珍 交流生
杨柳青 交流生