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本学科创建于1952年，1980年成为世界卫生组织（WHO）心血管病研究和培训合作中心，2005年被重新认定为WHO心血管病研究和培训合作中心。1988、2002和2007年被连续评为国家重点学科，是“九五”和“十五”“211工程”建设重点学科，“985工程”一期重中之重建设学科。本学科在国内率先开展多种心导管诊断和介入治疗技术，最早施行冠状动脉造影，创建了国内第一个临床心血管病毒研究室；是全国心血管病临床药物试验基地，上海市心血管临床医学中心，上海市心血管病急救中心，上海市超声质量控制中心。

近五年来，通过重点学科建设项目，学科紧紧围绕学科建设目标和研究方向展开工作，以冠心病、心肌缺血、病毒性心脏病及心力衰竭等的发病机理和干预治疗为主攻方向，取得了若干具有创新性的、标志性的研究成果，形成了具有持续创新能力的若干个核心课题。构建了一支年轻有为、富有创新精神的学科梯队和学术团队，其中中国工程院院士1名、特聘教授2名，先后获得省部级各种人才培养基金10余项。

十五期间，本学科先后获得包括国家“973”计划子课题、“863计划”、国家自然科学基金等各级科研项目38项。获得国家级、各种省部级以上科研成果奖励22项，其中国家科技进步二等奖2项。本学科建有卫生部病毒性心脏病重点实验室，最近又创建了复旦大学干细胞与组织工程研究中心，在干细胞治疗缺血性心脏方面取得重要的研究突破。

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复旦大学肾脏病学科由复旦大学附属华山医院、中山医院和儿科医院三家单位组成，创立于上世纪60年代，是中国肾脏病专业的先驱单位之一。1981年第一批获博士学位授予权，先后纳入“211工程”一期、二期、“985工程”重点建设学科。2002、2007年被批准为国家重点学科。

本学科近二十年来主要从事下列研究方向：（1）肾脏疾病慢性进展危险因素的研究与防治；（2）急性肾衰竭基础研究与临床诊治；（3）慢性肾衰远期并发症的防治及血液净化疗法；（4）小儿难治性肾病的研究与防治。以高血压、水电解质酸碱平衡紊乱、继发性肾脏疾病、急慢性肾衰竭、多脏器衰竭防治学科特色，临床与科研紧密结合，关注全身性疾病导致肾脏损害的诊断和救治，并将血液净化技术积极推广服务于其他医学学科，在急救医疗和危重病抢救中担当重要角色。已经成为国内重要的肾脏病诊断治疗中心，也是SFDA批准的“国家临床药理试验”基地。承担了国家科技攻关863、973等近百项课题的研究，发表论文数百篇，部分达到国际先进水平，在糖尿病肾病、高血压、急性肾损伤等研究中获得多项省部级科研成果奖。是当前国内公认的肾脏病学科研基地。是国际肾脏病学会认定的国际肾脏病专业医生培训单位。

在老一辈学科带头人的率领下，新一代学科带头人及中青年学术骨干迅速成长，获得过美国肾脏基金会国际杰出贡献奖等多项荣誉。并聘请了多名国外客座教授。

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复旦大学内科学（传染病）学科由复旦大学附属华山医院（感染科（原传染科）、抗生素研究所）及复旦大学附属公共卫生临床中心组成。本学科创建于1956年，是首批博士点及重点学科，创始人为著名临床医学家戴自英教授。现有卫生部重点开放实验室--抗生素临床药理室、国家认证的P3实验室、国家抗感染新药临床试验研究中心。1988、2002和2007年被连续批准为国家重点学科。

数十年来本学科在诊治具有传播性传染病及非传播性感染病的医疗、教学、科研工作中，以传染病学为依托，融临床微生物学、临床药理学、分子生物学等为一体，形成了学科特色和优势，研究方向有：细菌性感染诊治、抗感染药临床评价及临床药理学研究、细菌耐药性防治、病毒性感染诊治及新发传染病的防治。各研究方向均有较好的研究基础，具很好的延续性。细菌性感染诊治等研究方向处于国内优势地位，公共卫生临床中心具有国内一流的应对新发及突发传染病的硬件条件及人员配备。本学科拥有一批在国内学术界具重要影响的学者，近年来年轻一代成长迅速，学术梯队完整。

自“六五”以来一直承担科技部的攻关项目，近年来承担多项“863”、“十五”攻关及卫生部临床学科重点项目等课题，2005年牵头科技部“973”项目“人类重要传染病病原体耐药机制的基础研究”。获多项省部级及以上科技进步奖。

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复旦大学儿科学学科于1988年、2002和2007年被评为国家重点学科，1997年列入国家“211工程”重点学科，是国家首批硕士、博士学位授权点、临床医学博士后流动站。本学科形成以新生儿医学、小儿外科学、小儿心血管病学和小儿传染病学等为优势主攻方向的学科特色。是“加拿大/中国新生儿与围产医学国际培训中心”和“卫生部新生儿疾病重点实验室”的依托单位。本学科新生儿专业和小儿外科专业分别为“上海市医学重点学科”和“上海市小儿外科疑难重症临床医学中心”，呼吸急救专业为“上海市领先专业”。

本学科先后拥有陈翠贞、刘湘云、金汉珍、金百祥、宁寿葆、朱启镕等一批享誉全国的著名专家，近年来，拥有以桂永浩、王卫平、孙波、肖现民等一支以中青年为主体、在国内儿科学界占重要学术地位的学科队伍。目前，本学科点是中华医学会儿科分会主任委员、上海儿科学会主任委员和上海小儿外科学会主任委员单位、卫生部儿科住院医师培训基地、卫生部“十一五”规划儿科学本科生教材和研究生教材主编单位。《儿科学》本科生课程被评为教育部国家级精品课程。多人担任《PEDIATRIC RESEARCH》、《PEDIATRICS》、《中华儿科杂志》等国际和国内重要学术期刊的主编、副主编和编委工作，主编《实用新生儿学》、《儿童保健学》、《现代实用儿科学》、《儿科感染病学》和《现代小儿肿瘤学》等数十部专业权威专著。目前承担863、国家科技支撑计划、国家自然科学基金等国家级重大项目31项，近五年，获得省部级以上奖励9项。