刘雷
博士，研究员，博士生导师
地址：上海市徐汇区东安路131号东一号楼411
邮件：liulei@fudan.edu.cn
网页：http://bmi.fudan.edu.cn/index.html
疾病研究精准医学知识库构建获批“精准医学研究”专项首席；获批经费：4632万


工作经历
所长，复旦大学大数据研究院医学信息与医学影像智能诊断研究所所长（2017-今）
研究员，复旦大学，生物医学研究院（2013–至今）
研究员，中国科学院，生物化学细胞所（2007–2013）
研究员/主任，美国伊利诺伊大学（2000–2007）
博士后，美国康涅狄格大学（1997–1999）

教育经历
博士，美国康涅狄格大学（1991–1997）
硕士，中国科学院（1988–1991）
学士，北京大学（1984–1988）
所获奖项
国家重点研发计划“精准医学研究”重点专项“疾病研究精准医学知识库构建”项目，年度：2016-2020，项目首席，经费：4632万
国家863生物大数据开发与利用关键技术研究项目“组学大数据的质量控制与临床应用标准化研究”课题，课题编号：2015AA020104；年度：2015-2017；承担任务：负责临床数据平台建设，子任务经费：112万
研究方向
实验室研究领域涵盖生物医学信息学领域研究工作。主要方向为组学数据的分析与挖掘，生物网络的构建与分析，生物系统的建模与模拟，生物医学大数据整合与挖掘，临床决策支持，智能医疗技术和精准医学。
（1）组学数据分析，转录组数据分析，调控网络分析，测序分析等
通过分析包括癌症在内重大疾病在基因组，转录组，蛋白组，代谢组的转变和癌症之间的异质性，对疾病的发生，发展，分型从系统上探究。通过整合多组学数据，有效地利用多组学数据之间的互补性，系统而全面的解释癌症的机理。目前实验室已在肝癌，卵巢癌等疾病上做了大量工作并取得了可喜的成果。
通过转录组数据分析，实验室从大量样本表达谱中筛选出一组和HCC发病相关的lncRNAs，并鉴定了其表达特征。从中我们选取一个名为lncRNA DANCR的基因，并使用公共数据分析了该基因在肝癌发病中所起到异质性、表型、预后和调控机制（Yuan sx, Wang j et al. Hepatology. 2016）
（2）生物医学大数据平台和精准医疗
建立临床资料数据中心、样本库信息管理系统和组学数据库；通过文本挖掘整理收集临床电子病历中的结构化数据用于临床分析；药物临床试验信息管理系统；医学知识库构建与数据模型研发；精准医疗决策支持系统。
本课题组利用规范化的文献文本挖掘、人工校正等手段，构建精准医学知识库，并做展示。课题组目前已经承接十三五重大专项“疾病精准医疗知识库构建”。
“疾病研究精准医学知识库构建”
该课题属于“精准医学”重点研发专项，于2016年获得国家科技部批准，项目牵头单位为复旦大学生物医学研究院，刘雷教授为项目首席，项目编号：2016YFC**，项目执行期2016-2020年。
该项目主要研究任务是针对恶性肿瘤、心脑血管等重大疾病在内的全疾病谱，集成生物医学本体和多类型医学文本资源，并融合多层次生物信息数据，分析生物通路和网络的特征，通过多维自动化与人工审编，构建精准医学研究知识库体系及知识推送系统，实现精准医学知识库的检索、展示、管理与共享，以及面向科研与临床不同需求的知识库应用。
（3）动态系统模型
动态系统模型能够更加真实的反应和模拟生物体内的各种生理进程。通过构建包括癌症在内的多种疾病增殖和代谢模型，模拟生物体内疾病的动态变化，为研究疾病的发生机理和建议治疗方法提供有效的帮助。
代表论文
1.Gan, J., Qiao, N., Strahan, R., Zhu, C.X., Liu, L., Verma, S.C., Wei, F., and Cai, Q.L. (2016). Manipulation of ubiquitin/SUMO pathways in human herpesviruses infection. Rev Med Virol 26, 435-445.
2.Hou, G., Chen, L., Liu, G., Li, L., Yang, Y., Yan, H.-X., Zhang, H.-L., Tang, J., Yang, Y.C., and Lin, X. Aldehyde dehydrogenase-2 (ALDH2) opposes hepatocellular carcinoma progression by regulating AMP-activated protein kinase signaling in mice. Hepatology 65, 1628-1644.
3.Hou, G., Dong, C., Dong, Z., Liu, G., Xu, H., Chen, L., Liu, L., Wang, H., and Zhou, W. Upregulate KIF4A Enhances Proliferation, Invasion of Hepatocellular Carcinoma and Indicates poor prognosis Across Human Cancer Types. Scientific Reports 7, 4148.
4.Hou, G.J., Liu, G., Yang, Y.A., Li, Y.X., Yuan, S.X., Zhao, L.H., Wu, M.C., Liu, L., and Zhou, W.P. (2016). Neuraminidase 1 (NEU1) promotes proliferation and migration as a diagnostic and prognostic biomarker of hepatocellular carcinoma. Oncotarget 7, 64957-64966.
5.Liu, G., Chen, L.H., Ren, H., Liu, F., Dong, C.P., Wu, A.S., Liu, Z.H., Zheng, Y., Cheng, X., and Liu, L. (2018). Seven Genes Based Novel Signature Predicts Clinical Outcome and Platinum Sensitivity of High Grade IIIc Serous Ovarian Carcinoma. Int J Biol Sci 14, 2012-2022.
6.Liu, Z.H., Lian, B.-F., Dong, Q.-Z., Sun, H., Wei, J.-W., Sheng, Y.-Y., Li, W., Li, Y.-X., Xie, L., and Liu, L. Whole-exome mutational and transcriptional landscapes of combined hepatocellular cholangiocarcinoma and intrahepatic cholangiocarcinoma reveal molecular diversity. Biochimica Et Biophysica Acta, S0383.
7.Yuan, S.X., Tao, Q.F., Wang, J., Yang, F., Liu, L., Wang, L.L., Zhang, J., Yang, Y., Liu, H., Wang, F., et al. (2014). Antisense long non-coding RNA PCNA-AS1 promotes tumor growth by regulating proliferating cell nuclear antigen in hepatocellular carcinoma. Cancer Lett 349, 87-94.
8.Yuan, S.X., Wang, J., Yang, F., Tao, Q.F., Zhang, J., Wang, L.L., Yang, Y., Liu, H., Wang, Z.G., Xu, Q.G., et al. (2016). Long Noncoding RNA DANCR Increases Stemness Features of Hepatocellular Carcinoma by Derepression of CTNNB1. Hepatology 63, 499-511.
9.Yuan, S.X., Wang, J., Yang, Y., Zhang, J., Liu, H., Xiao, J.J., Xu, Q.G., Huang, X.H., Xiang, B.D., Zhu, S.L., et al. (2017). The Prediction of Clinical Outcome in Hepatocellular Carcinoma Based on a Six-Gene Metastasis Signature. Clin Cancer Res 23, 289-297.