姓名：杨芃原 博士
职称：教授
E-MAIL: pyyang@fudan.edu.cn
WWW: http://pyyangteam.fudan.edu.cn/
研究方向
1.疾病蛋白质组学
2.糖蛋白质组学
3.质谱仪器技术
重要学术贡献
从事质谱仪器的开发与应用研究，在研究质谱离子源、发展蛋白质组的质谱分析新方法、创建糖蛋白的结构鉴定方法学等方面做出了系统性和创新性的工作：（1）发展和创建了高效富集、快速酶解的蛋白质组质谱分析方法。（2）提出并实现了糖蛋白质组结构分析的质谱方法。创建了N-糖基化位点的鉴定方法；提出糖链结构鉴定的高通量方法和GRIP算法，保持糖肽不断裂，通过质谱糖链碎片峰与已知糖链拓扑结构的匹配，解析复杂糖肽位点和糖链结构信息；实现TOSIL糖肽定量方法；创建GREOL糖链定量方法；发展了高通量、高质量的完整N糖肽分析流程pGlyco2.0,为精准糖蛋白质组分析提供了新的分析工具，并提供新的糖肽谱图质量评估方法以及目前最大的糖肽数据集。（3）建立大规模脂质组学定性定量研究平台，并发现饱和脂肪酸可以抑制肝癌的转移，颠覆了人们一直认为的“饱和脂肪酸对正常细胞具有脂毒性作用，不饱和脂肪酸对细胞提供保护”这一传统认知。
荣誉与获奖
2014，教育部自然科学奖（二等奖）
2014，上海市自然科学奖（三等奖）
2005，教育部自然科学奖（一等奖）
2001，福建省科技进步奖（一等奖）
2000，福建省福建省科技进步奖（一等奖）
国内外学术团体任职
2012.1-2016.12，中国蛋白质组织，理事长
2005.3-今，中国质谱协会，常务理事
2003.6-2010.8，中国化学会，理事
受邀审稿学术刊物
Proteomics，通讯编委（2006.5-今）
J Proteomics Research，通讯编委（2012.10-今）
中国科学-化学，编委（2008.9-今）
校内学术机构任职
复旦大学学位委员会委员
复旦大学学术委员会委员
受邀学术报告
2017 中国人类肝脏蛋白质组学的研究进展，国际蛋白质组学大会，爱尔兰
2017 中国微流控微尺度分析会议，沈阳
发表论文
1.Liu MQ, Zeng WF, Fang P, Cao WQ, Liu C, Yan GQ, Zhang Y,Peng C, Wu JQ, Zhang XJ, Tu HJ, Chi H, Sun RX, Cao Y,Dong MQ, Jiang BY, Huang JM, Shen HL, Wong CC*, He SM*. Yang PY*. pGlyco 2.0 enables precision N-glycoproteomics with comprehensive quality control and one-step mass spectrometry for intact glycol-peptide identification. Nature Communications 2017,8: 438(代表性论文，IF=11.6)
2.Wang F, Wang K, Xu W, Zhao S, Ye D, Wang Y, Xu Y, Zhou L, Chu Y, Zhang C, Qin X, Yang PY*, and Yu H*. SIRT5 desuccinylates and activates pyruvate kinase M2 to block macrophage IL-1β production and to prevent DSS-induced colitis in mice. Cell Reports, 2017，19: 2331–2344. (代表性论文，IF=8.28)
3.Lin L, Ding Y, Wang Y, Wang Z, Yin X, Yan G, Zhang L, Yang PY*, Shen H*. Functional lipidomics: palmitic acid impairs hepatocellular carcinoma development by modulating membrane fluidity and glucose metabolism. Hepatology, 2017，66(2):432-448. (代表性论文，IF=12)
4.Liu S, Xia Y, Liu X, Wang Y, Chen Z, Xie J, Qian J, Shen H*, Yang PY*. In-depth proteomic profiling of left ventricular tissues in human end-stage dilated cardiomyopathy. Oncotarget ,2017，8(29):48321-48332.
5.Zeng, W. F., Liu, M. Q., Zhang, Y., Wu, J. Q., Fang, P., Peng, C., Nie, A. Y., Yan, G. Q., Cao, W. Q., Liu, C., Chi, H., Sun, R. X., Wong, C. C. L., He, S. M., and Yang, P. Y*. pGlyco: a pipeline for the identification of intact N-glycopeptides by using HCD-and CID-MS/MS and MS3. Scientific Reports ，2016，6
6.Yu, Y. Y., Chen, J. J., Gao, Y., Gao, J., Liao, R. J., Wang, Y., Oyang, C. D., Li, E., Zeng, C. H., Zhou, S. L., Yang, P. Y*., Jin, H., and Yi, W. Quantitative Profiling of Combinational K27/K36 Modifications on Histone H3 Variants in Mouse Organs. Journal Of Proteome Research ，2016，15, 1070-1079
7.Gao, X., Lin, S. H., Ren, F., Li, J. T., Chen, J. J., Yao, C. B., Yang, H. B., Jiang, S. X., Yan, G. Q., Wang, D., Wang, Y., Liu, Y., Cai, Z. W., Xu, Y. Y., Chen, J., Yu, W. Q., Yang, P. Y.*, and Lei, Q. Y. Acetate functions as an epigenetic metabolite to promote lipid synthesis under hypoxia. Nature Communications 2016，7
8.Fang, P., Wang, X. J., Xue, Y., Liu, M. Q., Zeng, W. F., Zhang, Y., Zhang, L., Gao, X., Yan, G. Q., Yao, J., Shen, H. L., and Yang, P. Y*. In-depth mapping of the mouse brain N-glycoproteome reveals widespread N-glycosylation of diverse brain proteins. Oncotarget 2016，7, 38796-38809
9.Cao, W. Q., Huang, J. M., Jiang, B. Y., Gao, X., and Yang, P. Y. Highly Selective Enrichment of Glycopeptides Based on Zwitterionically Functionalized Soluble Nanopolymers. Scientific Reports2016， 6
10.Yin, X. F., Zhang, Y., Guo, S. W., Jin, H., Wang, W. H., and Yang, P. Y. Large scale systematic proteomic quantification from non-metastatic to metastatic colorectal cancer. Scientific Reports ，2015，5

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学术专著
1.
2.
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申请或授权专利
授权专利
1.一种时富集磷酸化肽段和糖基化肽段并质谱分析的方法 CN7.5
2.基于固定化酶原位高效酶解法的蛋白鉴定及质谱成像的方法 CN3.9
3.用于产生等离子体与离子间反应的质谱装置及方法 CN4.6
4.一种N-糖链固相富集并质谱分析的方法 CN0.7
5.一种人结肠癌蛋白质标志物COL6A3的应用方法及其检测试剂盒 CN1.7
6.基于一维长柱液相色谱串联质谱的蛋白质组分离鉴定方法 CN2.5
申请专利
1.一种完整糖肽鉴定的方法与系统 CN9.9
2.叠环离子淌度飘移管均匀给气装置 CN2.3
3.便携式气相色谱-质谱联用装置 CN6.3
4.三维离子淌度质谱联用仪 CN4.7
5.一种二/三甲基化肽段富集和质谱分析的方法 CN2.4