华东理工大学生物工程学院成立于1996年，其前身是1954年国内最早的抗生素制造工学专业，1980年调扩为全国最早的生化工程专业，并与生物化学专业合并成立生化工程系。1991年被批准授予全国第一个生物化工博士点；1991年被批准筹建生物反应器工程国家重点实验室，1995年通过验收；1996年成立国家生化技术工程研究中心（上海），2001年正式通过验收；1999年被批准设立“****奖励计划特聘教授岗位”；2000年生物化工被批准为上海市重点学科，2001年被批准为国家重点学科；2003年被批准为发酵工程博士学位授权点，2007年发酵工程被批准为上海市重点学科。在学科的建立与发展中获得了多个全国第一或上海第一，在国内同类学科中处重要地位。

　　学院目前设有化学工程与技术1个博士后流动站，轻工技术与工程博士后流动站正在申请中；4个博士点（生物化工、发酵工程、生化与分子生物学、化学生物技术与工程）；9个硕士点(生物化工、发酵工程、生物化学与分子生物学、食品科学、微生物学、微生物与生化药学、生物医学工程、海洋生物学、化学生物技术与工程)；2个工程硕士点（生物工程领域、食品工程领域）；3个系（生物工程系、应用生物学系、食品科学与工程系）5个本科专业（生物工程、生物科学、生物技术、食品科学与工程、食品质量与安全），拥有国内一流、世界先进水平的科研装备。

　　学院拥有国内外顶尖的学科带头人和一大批中青年学术带头人及学术骨干，师资力量雄厚，梯队结构合理。有专职教授28人（正高），博士生导师19人，副教授48人（副高），硕士生导师59人。有2人被聘教育部“****奖励计划”特聘教授，1人入选国家基金委杰出青年基金，4人入选教育部“新世纪优秀人才培养计划”，“863”领域专家1名。在读的本科生600余名，硕士生450余名，博士生120余名。

　　学院依托生物反应器工程国家重点实验室和国家生化技术工程研究中心（上海），在生物化工和发酵工程方面的相关专业设置齐全，上中下游生物技术结合紧密，实现了产品与工艺开发、过程与设备放大直至工程化技术的一体化。科研条件优越，承担科研项目势头强劲，“八五”、“九五”“十五”“十一五”期间研究项目数、经费数在全国生物化工和发酵工程领域名列前茅。为国家培养出了大批优秀的专业人才。
学院具有明显的专业特色和优秀的办学水平。近年来获得国家科技进步二等奖2项，国际学术奖3项，其他省部级奖励10余项；获省部级以上教学（材）奖项6项，其中国家教委教学成果二等奖1项。《发酵工程》、《酶工程》成为国家精品课程；《基因工程》、《生物化学》、《生物分离工程》成为上海市精品课程；《发酵工程》等十余本教材已进入了国家十一五规划。

　　 近年来主办国际会议：“生物过程与生物系统工程国际学术研讨会” (International Symposium on Bioprocess and Biosystems Engineering， 2009)；13届国际生物技术大会暨展览会（13th International Biotechnology Symposium & Exhibition ，IBS-2008)；第一届清洁能源技术国际研讨会(International Symposium on Clean Energy Technology, ISCET 2007)暨第三届国际生物技术与生物过程工程国际研讨会(International Symposium on Bioenergy and Bioprocess Engineering, ISBBE 2007)；生物催化与生物加工国际研讨会(ISBBE, 2005)；生物过程与生物分子工程国际研讨会(ISBBE, 2003)。学院在国内外的学术界广泛地进行着合作与交流，在国内外享有很高的知名度。

　　学院与多家大中型企业成立了联合体，形成了国内典型的产学研联合实体，为促进学科发展做出了贡献。