杨弋


生物化学与分子生物学专业：博士生导师/硕士生导师
微生物与生化药学专业：硕士生导师
博士生导师，药学院、生物反应器工程国家重点实验室特聘教授。1973年4月出生。1990年由湖北省黄冈中学考入清华大学生物科学与技术系。1995年7月获得学士学位。同时被推荐为本系直硕生。1997年9月因成绩优异及论文工作突出，免试提前攻博。曾任校学生红十字会会长，生物系研究生会主席，生物系科协主席。曾被评为清华大学十优秀研究生。获得各项校内外重要奖学金，包括全国性的谈家帧九源一等奖学金，并获得过北京市科技进步奖二等奖。毕业论文被评为清华大学优秀博士论文。
1999年获博士学位后将赴美哈佛大学医学院进行有关金属硫蛋白的博士后工作,2002年转至波士顿大学医学院，从事一氧化氮自由基生物学，巯基组学及心血管疾病的研究。
目前已在SCI收录杂志发表论文15篇，其中在美国科学院院报第一作者发表论文2篇．在“国际酶学会议”，“全国生物物理年会”,“全美心脏学会议”以及“氧化性蛋白质翻译后修饰专题会议”分别做口头报告。
2005年成为哈佛医学院及其附属的Brigham&Women’s医院的医学讲师（InstructorofMedicine）和生物化学副研究员。现为美国心脏学会，美国自由基生物及医学学会会员。
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主要研究方向
蛋白质组学研究：熟练掌握蛋白质二维电泳，凝胶内酶切及Maldi-Tof,LC-MSMS等蛋白质组学研究技术。
蛋白质提纯与蛋白质化学及物理学：具有丰富的从动物组织及细菌中提取蛋白质的经验。各种HPLC及FPLC,SDS-PAGE,Native-PAGE,R/NR-PAGE,Westernblot,凝胶偏移,超滤,固相提取,吸收光谱,圆二色谱,荧光光谱及动力学,酶学动力学分析,蛋白质化学修饰及链接,蛋白质变性复性，蛋白质翻译后修饰分析。
组织培养:具有培养30余种吸附及悬浮细胞秼的经验，细胞增殖分析，细胞凋亡分析,胞嘧啶吸收分析,细胞周期同步及分析,细胞分化,细胞激活,细胞迁移，荧光图象及动力学分析,激光共聚焦图象分析及三维图象重构和去反卷积处理。
研究经历
1994-1999在清华大学生物系周海梦教授指导的分子酶学实验室从事酶的结构与功能的研究。主要包括以下方面：

蛋白质活性部位巯基及锌离子对折叠和功能的影响
肌酸激酶（CK）该可反应性巯基在活性部位的位置及其功能一直有争论。我的结果显示该巯基可能处于联系CK两个结构域的铰链区域，可反应性半胱氨酸可能不仅参与底物过渡态的结合，还参与其后酶构象的变化，并且首次提出它是CK再折叠所必需的。我的研究还表明锌离子对包括具有内源锌离子的蛋白质有变性作用，并可能出现去折叠中间体。这对于锌离子与蛋白质的作用提供了一个新的思路。制备并研究了各种去除锌离子的酵母乙醇脱氢酶的性质。利用多种变性方法研究其构象变化与酶的催化活力的关系，以及结构锌及催化锌对这种关系的影响。结果还表明含锌酶的失活也在明显的去折叠之前。支持了酶的活性部位具有柔性的学说。
不可逆动力学方法研究
我应用邹氏不可逆动力学方法，发现二硫苏糖醇与巯基乙醇使氨基酰化酶失活并非是还原二硫键所致，而是竞争性慢可逆抑制。发现DTNB对琥珀酸—泛醌还原酶存在构象变化型不可逆抑制，快反应巯基为酶活力所必需。此外我发现琥珀酸泛醌还原酶在底物体系中不可逆失活。发现碱性磷酸酶的镁离子激活是一个慢过程，不由扩散速度控制，其原因尚无定论。激活可能包含慢的构象变化过程，并且将邹氏不可逆抑制动力学推广到了酶的可逆络合型激活，提出了新的动力学机制。氨基酰化酶变性后的再折叠向来被认为是困难的。我报告了氨基酰化酶可以在稀释时很快地复活和再折叠。而去折叠导致的暴露巯基的氧化则可能是不可逆失活慢相的主要原因。首次尝试了SDS变性的氨基酰化酶的复活，发现了一种新的构象变化型酶复活机制。
1999-2002哈佛大学医学院生物化学生物物理及医学中心，师从BLVallee教授，从事金属硫蛋白的功能研究。
该蛋白具有独特的结构，富含锌离子及巯基。尽管被发现40多年，它仍然是当今的一个热点。在很多重要的生理过程中人们都观测到它的作用。这个领域已经有7千多篇论文，然而金属硫蛋白的功能至今仍不清楚。我提出了一种新的提取测量脱锌金属硫蛋白的方法，并且在世界上首次确认这种物质在动物体内大量存在。我并发现，在不同体外培养的细胞中，细胞内的自由锌离子浓度与金属硫蛋白/脱锌金属硫蛋白的比例正相关，首次提出了这一细胞内自由锌存在并被调控的直接有利的证据。这是一个非常重要的发现，将可以回答以前在生物学领域内不可能回答的问题，并将完全改变人们关于金属硫蛋白的功能及锌离子在生物体内的调控的观点。由于含锌蛋白数目巨大，参与了动物的几乎所有的各种生命活动，比如生殖，代谢，神经等等，所以含锌蛋白的研究是当今生命科学的研究热点之一，而我的工作由于能够揭示锌的调控机理，将具有重大意义。以上部分结果已经发表在《美国科学院院报》。
2002－2005波士顿大学医学院，师从J.Loscalzo教授，一氧化氮自由基生物学，蛋白质巯基组学及心血管疾病研究
2002-2004波士顿大学医学院维特加心血管研究中心及埃文斯医疗系，在J.Loscalzo教授实验室进行蛋白质巯基亚硝化及蛋白质巯基组学的研究。这是一种比较新的蛋白质化学修饰，最近已经成为一个热点，然而由于缺乏分析技术而很难研究。我创造性地提出了一种荧光标记检测细胞内蛋白质巯基亚硝化的方法，观测到这种修饰位于线粒体，并且鉴定了相当种类的亚硝化的蛋白质。以上结果已经被《美国科学院院报》发表。我并且发现并提纯了一种全新的含锌蛋白质，可以催化细胞内蛋白质二硫键的形成。它在细胞分化，蛋白质折叠的过程中可能有非常重要的作用。预期这项工作也将可以在顶级杂志发表。
2005-哈佛大学医学院、Brigham&Women’s医院，一氧化氮自由基生物学，蛋白质巯基组学及心血管疾病研究
在J.Loscalzo教授实验室继续以上研究。
近年来发表文章
第一作者
1.YangY,LoscalzoJ.TheEndothelialS-Nitroso-Proteome:MitochondrialLocalizationandTargetProteinIdentification.ProcNatlAcadSciUSA.2005，102,117-122.
2.YangY,MaretW,ValleeBL.Differentialfluorescencelabelingofcysteinylclustersuncovershightissuelevelsofthionein.ProcNatlAcadSciUSA.2001May8;98(10):5556-9.
3.YangY&ZhouHM.Effectofzincionsonconformationalstabilityofyeastalcoholdehydrogenase.Biochemistry(Mosc).2001Jan;66(1):47-54.
4.YangY,ParkYD,YuTW,ZhouHMReactivationandrefoldingofapartiallyfoldedcreatinekinasemodifiedby5,5’-Dithiobis-(2-Nitro-BenzoicAcid).Biochem.Biophys.Res.Commun..(1999)259,450-454.
5.YangY&ZhouHM.Causeofirreversibleinactivationofaminoacylaseinureasolution.TsinghuaScienceandTechnology(1999)4,1528-1531.
6.YangY&ZhouHM.ReactivationofDTNBmodifiedcreatinekinasebyDTT.Biochim.Biophys.Acta(1998),1388,190-198.
7.YangY,ZhangXS,ZhouHM.Inactivationandconformationalchangesofyeastalcoholdehydrogenaseintrifluoroethanolsolutions.Biochemistry(Moscow)(1998),63(11)1537-1542.
8.YangY,XuJX,.ZhouHM.InactivationofSuccinate-ubiquinonereductaseinsubstratemixture.Int.J.Biochem,CellBiol.(1998),30,1147-1152.
9.YangY.,ChenR.andZhouHM.ComparisonofInactivationandConformationalChangesofNativeandApoYeastAlcoholDehydrogenaseduringThermalDenaturation.Biochem.Mol.Biol.Int.(1998),45(3),475-487.
10.YangY,WangHR,ZhouHM.Kineticsofinhibitionofaminoacylaseactivitybydithiothreitolor2-mercaptoethanol.Int.J.Peptide&ProteinRes.(1996),48,532-538.
11.YangY,WangHR,XuJX,andZhouHM.KineticsofModificationoftheMitochondrialSuccinate-UbiquinoneReductaseby5,5’-Dithiobis-(2-Nitro-BenzoicAcid)J.ProteinChem.(1996),Vol15,No.2,169-176.

其他
12.ParkYD,YangY,ZhouHM.KineticsofactivationofGreenCrab(Scyllaserrata)alkalinephosphatasebymagenium:Anewtypeofcomplexingactivation.Int.J.Biochem.CellBiol.(2001)79(6),765-72
13.ZhuCM,ChenQX,LinHL,YangY,ParkYD,ZhangRQ,ZhouHM.KineticsofInhibitionofGreenCrab(ScyllaSerrata)AlkalinePhosphatasebyL-Cysteine.JProteinChem.(1999)18,603-607.
14.ChenQX,YangPZ,LiJ,ChenSL,LiS,YangYandZhouHM.TheEffectofEthanolontheActivityandConformationofPenaeusPenicillatusAcidPhosphatase.Int.J.Biol.Marcomolecule(1999)26,103-107.
15.YangP,ChenQ,XieZ,ChenS,YangY,ParkY,ZhouHM.Kineticsofthermalinactivationofpenaeuspenicillatusacidphosphatase.Biochemistry(Moscow)(1999)64(4),464-7.
16.WangZF,YangY,andZhouHM.Conformationalchangesofactivesitesduringrefoldingofurea-denaturedcreatinekinase.Biochimie(1995)77,953-956.