东华大学生物工程系成立于2001年，2004年10月又组建了东华大学生物科学与技术研究所，2007年9月系所合并组建成新的生物工程系。生物工程系现有一个生物工程本科专业。该系是为适应经济建设的需要、为培养具有生物、工程、纺织和生物材料等多学科交叉的复合型人才而建立的；该系融教学与科研为一体，专门培养从事生物工程的研究和管理复合型人才。
　　本系拥有一支年轻、高学历、充满活力、结构合理的教师队伍。现有教学、科研、教辅人员32人。其中正教授8名，副教授5名，博士生导师5名，硕士生导师11名，中国科学院院士1名，校特聘教授1名，来自国外著名高校兼职教授2名，来自国内著名高校顾问教授1名。全部正教授都有多年留学国外经历，本专业100%的教师具有博士学位。本专业现有生物化学与分子生物学、生物化工两个硕士点。本系目前已形成本科、硕士、博士以及博士后人才培养结构。目前在校本科生120人、硕士研究生65人、博士研究生11人、博士后6人。
　　本系拥有一座建筑面积为7000平方米的现代化教学、科研大楼，设有蛋白质工程与蛋白质材料研究组、蛋白质研究组、酶化学与缓释材料研究组、纳米生物功能材料研究组、蛋白质剪接研究组、生物材料与组织工程研究组、生物医药研究组、医学分子遗传学研究组、微生物工程与工业生物技术研究组；拥有供本科学生教学实习的大型现代化发酵工程实验室、大型生物化学综合实验室、大型微生物学综合实验室；拥有一批先进的教学、科研用实验仪器设备，仪器设备价值600多万元。
　　生物工程系采用与国际接轨的管理和运行机制，以优秀科学家为学科带头人组成教学和科研梯队，承担本科的教学任务、研究生的培养和从事科学研究活动。
　　建系五年（建所三年来）以来，先后承担了国家“863”项目、国家自然科学基金面上项目、国家教育部重点项目、教育部留学回国人员科研启动基金、上海市浦江人才计划项目、上海市登山计划项目、上海市纳米专项、上海市自然科学基金项目、中英联合项目、中瑞联合项目以及和企业合作等多项科研项目，共获各类科研经费800多万元。在国内外主流期刊发表高水平的学术论文多篇。

　　本系目前与加拿大、美国、英国、新加坡、瑞典、德国等国家的有关高校及科研院所保持着密切的科研合作与学术交流；本系建有中英联合实验室、中瑞联合实验室；本系蛋白质研究组正在与加拿大Dalhousie大学教授联合培养博士和硕士研究生。