生物工程学院前身为南京工学院的发酵工学专业，始建于1952年，是我国同类学科中最早设立的学科点。1984年成立发酵工程系，1995年更名为生物工程学院。1981年和1986年分别成为国内首批硕士学位授予点和国内最早的发酵工程博士点，1988年被批准为轻工院校中唯一的国家重点学科点，1991年与其它学科共同建成轻工博士后流动站。1999～2000年成立了工业生物技术教育部重点实验室和江苏省生物活性产品加工工程研究中心。2001年被评为“重中之重“学科点，2002年被评为教育部国家生命科学与技术人才培养基地。
　　
　　学科方向围绕食品、能源、资源和环境等重大问题开展具有重要理论意义和应用价值的研究。并与美国、加拿大、荷兰、日本、韩国等多所国立大学建立了密切合作关系。学院拥有进行生物工程领域基础和应用研究的高级仪器和设备。
　　
　　目前，专任教师中有中国工程院院士1名，教授21名，副教授18名，博士生导师16名，硕士生导师32名。教育部在本学院设有****岗位。几十年来，本学院为国家培养了200多名博士、硕士和5000多名大学生，在科研水平、学科建设、人才培养等方面处于国内同类学科前列，取得了一批获得过国家科技进步一等奖、国家技术发明二等奖等荣誉的重大科研成果，为轻工业发展作出了突出的贡献，而且对加快我国生物技术产业的发展产生了积极而深远的影响。