中医系（长春中医学院附属医院）实行院系合一，自1958年建校开始招收中医学专业学生。现设有11个教研室。教授50人（终身教授5人），副教授125人。硕士学位授权点9个，兼职博士生导师6人，硕士生导师53人，涵盖中医各个学科和中西医结合各个学科；吉林省首批新世纪首席教授1人，主讲教授1人。1个国家中医药管理局重点学科，2个吉林省重点学科，1个吉林省重点建设学科，3个国家中医药管理局重点专科（专病）建设单位。
　　
　　中医系承担教学、科研、医疗任务。在教学方面，多层次地培养中医学博士、硕士、学士、进修生和留学生；在科研方面，应用现代科学技术对中医、中药进行研究，在国内处于领先水平。被卫生部确定为“全国百佳医院”，被国家中医药管理局确定为“全国中医急症医疗中心”。中医学专业、中医学专业（中西医临床医学方向）、中医学专业（中医骨伤科学方向）的学生后两年由中医系管理并学习临床专业知识。中医系已成为人才培养、教学、医疗、科研的重要基地。
　　
　　博士学位授权点：中医内科学
　　
　　硕士学位授权点：中医内科学、中医妇科学、中医骨伤科学、中医儿科学、中医外科学、中西医结合基础、中西医结合临床、针灸推拿学、中医五官科学。
　　
　　专业设置：中医学、中医学（中西医临床医学方向）、中医学（中医骨伤科学方向）