基础教学部承担全校各层次各专业的基础课教学。开设外语、体育、中医基础理论、中医诊断学、医古文、中国医学史、方剂学、内经选读、伤寒论选读、金匮要略选读、温病学、中医各家学说、医用生物学、生物化学、组织学与胚胎学、人体解剖学、免疫学基础与病原生物学、生理学、药理学、病理学等二十多门课程。现设有20个教研室，拥有一批基础理论扎实、学有专长、富有创新精神的教师；有教授14人，副教授52人。硕士学位授权点4个，硕士生导师8人。有设备较为先进的机能学、形态学实验室约6000平方米。承担西医实验课教学和中医药科研任务，其中生物化学实验室、微生物与免疫实验室、生理学实验室、药理学实验室、病理学实验室为吉林省中医药管理局二级实验室。有内经选读、中医基础理论、中医诊断学、医古文、方剂学、生物化学、生理学、微生物与免疫学8门省级优秀课程。中医学专业、中医学专业（中西医临床医学方向）、中医学专业（中医骨伤科学方向）的学生前三年由基础教学部管理。
　　
　　硕士学位授权点：中医基础理论、方剂学、中医临床基础、中医医史文献。