删除或更新信息,请邮件至freekaoyan#163.com(#换成@)

齿肋赤藓早期光诱导蛋白ELIPs的生物信息学分析

本站小编 哈尔滨工业大学/2019-10-24

齿肋赤藓早期光诱导蛋白ELIPs的生物信息学分析

周雅1, 高贝2, 张道远1

1.中国科学院新疆生态与地理研究所,中国科学院干旱区生物地理与生物资源重点实验室,新疆 乌鲁木齐 830011;2.中国科学院大学,北京 100049



摘要:

从齿肋赤藓转录组数据库出发,共得到39条注释的早期光诱导蛋白ScELIPs unigene,其中2条( ScELIP1与ScELIP2)具有完整ORF。利用多种生物信息学分析工具,对这2条ScELIPs序列的同源性、理化性质、保守域、信号肽、疏水性、亚细胞定位、二级结构、跨膜结构、三维结构、活性位点等方面进行分析。结果表明:2条ScELIPs 序列的ORF全长分别为711 bp和624 bp,分别编码236和207个氨基酸,二者都具有完整的Chloroa_b-bind功能域,定位于叶绿体类囊体膜,含有3个跨膜α螺旋,第1、3螺旋通过Glu和Arg残基形成双重对称结构,且具有至少4个叶绿素结合活性位点。通过对得到的2条ScELIPs进行氨基酸序列比对及基因树分析,得出ScELIP1与小立碗藓、山墙藓及盐生杜氏藻聚为一支,而ScELIP2与高等植物聚为一支,表现出ELIP从低等到高等植物的进化特征。本研究为ScELIPs基因后续的克隆和功能研究奠定了基础。

关键词:  早期光诱导蛋白 生物信息学 齿肋赤藓

DOI:10.3969/j.issn.1672-5565.2014-04.20140401

分类号:

基金项目:国家重点基础研究发展计划(973计划)(No.2014CB954203)资助。



Bioinformatics analysis of early light-induced protein(ELIPs) in Syntrichia caninervis

ZHOU Ya1, GAO Bei2, ZHANG Daoyuan1

1.Xinjiang Institute of Ecology and Geography, Chinese Academy of Science, Key Laboratory of Biogeography and Bioresource in Arid Land, Urumqi 830011, China;2.University of Chinese Academy of Sciences,Beijing 100049, China

Abstract:

Thirty nine ScELIPs unigenes were obtained based on the transcriptome data of Syntrichia caninervis, an extremely desiccation tolerance moss. ScELIP1 and ScELIP2 have complete ORF. Several bioinformatics methods were utilized to analyze and verify the characteristics of ScELIPs such as homologous relationships, physicochemical properties, conserved domain, signal peptide, hydrophobicity, subcellular localization, secondary structure, transmembrane structure, functional domain, three dimensional structure, active sites and so on. The results showed that ORF of ScELIP1 and ScELIP2 are 711 bp and 624 bp and encode 236 and 207 amino acids, respectively. Both of them contain a complete Chloroa_b-bind-functional domain. Subcellular location prediction revealed that the two ScELIPs are both located at the thylakoid membrane of chloroplast. Secondary structure prediction demonstrated that they both have three transmembrane helixes, among which the first and the third one form a double symmetric structure through the Glu and Arg residues. The ScELIPs has at least four active chlorophyll a binding sites. Finally, protein sequence alignment and phylogenetic analysis revealed that ScELIP1 has the closest relationship with moss physcomitrella patens and Tortula ruralis, while ScELIP2 is closer to higher vascular plants, showing the evolutionary trend clue from moss to vascular plants. This study laid a solid foundation for the subsequently cloning and functional research of ELIPs.

Key words:  Early light-induced protein Bioinformatics Syntrichia caninervis


相关话题/生物 序列 结构 中国科学院 基础

  • 领限时大额优惠券,享本站正版考研考试资料!
    大额优惠券
    优惠券领取后72小时内有效,10万种最新考研考试考证类电子打印资料任你选。涵盖全国500余所院校考研专业课、200多种职业资格考试、1100多种经典教材,产品类型包含电子书、题库、全套资料以及视频,无论您是考研复习、考证刷题,还是考前冲刺等,不同类型的产品可满足您学习上的不同需求。 ...
    本站小编 Free壹佰分学习网 2022-09-19
  • 前驱体温度对激光化学气相沉积YBa2Cu3O 7δ超导薄膜结构及性能的影响
    前驱体温度对激光化学气相沉积YBa2Cu3O7δ超导薄膜结构及性能的影响张琼1,赵培1,吴慰1,戴武斌1,GOTOTakashi2,徐源来3(1.等离子体化学与新材料湖北省重点实验室(武汉工程大学),武汉430205;2.东北大学金属材料研究所,沈阳160001;3.绿色化工过程省部共建教育部重点实 ...
    本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05
  • 泡沫金属三明治结构压印-粘接复合接头剥离性能分析
    泡沫金属三明治结构压印-粘接复合接头剥离性能分析张杰,何晓聪,雷蕾,初明明,刘可欣,黄炎宁(昆明理工大学机电工程学院,昆明650500)摘要:为研究三明治结构压印-粘接复合接头的抗剥离性能,选取AA5052铝合金板以及泡沫镍、泡沫铜以及泡沫铁镍进行压印-粘接复合连接,对接头进行拉伸剪切试验,采用扫描 ...
    本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05
  • 静不定结构的热应力分析
    静不定结构的热应力分析杨益航1,王德志2,林高用2(1.福建省功能材料及应用重点实验室(厦门理工学院),福建厦门361024;2.中南大学材料科学与工程学院,长沙410083)摘要:分析了受约束机构内材料热应力存在的危害,给出静不定结构内热应力的定量描述方式:弹性变形状态时,热应力仅与线膨胀系数、弹 ...
    本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05
  • 铀铌合金结构及性能调控研究进展
    铀铌合金结构及性能调控研究进展蒙大桥,陈向林,陈冬,赵雅文,黄河,法涛(中国工程物理研究院材料研究所,四川绵阳621900)摘要:铀铌合金作为一种重要的核工程材料,因其较高的密度、优异的耐蚀性能和良好的力学性能等特点,被广泛应用于核工业领域。铀铌合金受成分及热处理工艺影响显著,表现出复杂的相转变和组 ...
    本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05
  • 核壳结构纳米镁基复合储氢材料研究进展
    核壳结构纳米镁基复合储氢材料研究进展张秋雨1,2,3,邹建新1,2,3,任莉1,2,3,马哲文1,2,3,朱文1,2,3,丁文江1,2,3(1.上海交通大学轻合金精密成型国家工程研究中心,上海200240;2.上海交通大学材料科学与工程学院,上海200240;3.上海交通大学氢科学中心,上海2002 ...
    本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05
  • 电冲击处理(EST)对TC11钛合金微结构和力学性能的影响研究
    电冲击处理(EST)对TC11钛合金微结构和力学性能的影响研究谢乐春1,2,刘畅1,2,华林1,2(1.现代汽车零部件技术湖北省重点实验室(武汉理工大学),武汉430070;2.汽车零部件技术湖北省协同创新中心(武汉理工大学),武汉430070)摘要:为寻求优化钛合金组织和力学性能的新思路,本文采用 ...
    本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05
  • 高氮过饱和奥氏体表面改性层结构研究进展
    高氮过饱和奥氏体表面改性层结构研究进展车宏龙,王克胜,梁健,雷明凯(大连理工大学材料科学与工程学院表面工程实验室,辽宁大连116024)摘要:本文针对氮过饱和奥氏体改性层结构本质的研究现状,归纳了近年来国内外相关研究,重点阐述和总结了高氮过饱和奥氏体层的相结构、微结构,以及有序化结构3个方面的相关研 ...
    本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05
  • ECAP形变对高纯铝微结构及冲击层裂损伤的影响
    ECAP形变对高纯铝微结构及冲击层裂损伤的影响佘其海,李超,钟政烨(材料先进技术教育部重点实验室(西南交通大学),成都610031)摘要:在高应变率冲击载荷下,金属材料的主要失效方式之一是层裂损伤。为探讨微结构对层裂损伤的影响,本文利用等径角挤压(EqualChannelAngularPressin ...
    本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05
  • UHMWPE初生态微观结构及不同成型条件下制品力学性能研究
    UHMWPE初生态微观结构及不同成型条件下制品力学性能研究胡逸伦1,2,3,赵文静1,2,3,李志1,2,3,夏晋程1,2,3,冯玲英1,2,3,沈贤婷1,2,3,洪尉1,2,3(1.聚烯烃催化技术与高性能材料国家重点实验室,上海200062;2.上海市聚烯烃催化技术重点实验室,上海200062;3 ...
    本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05
  • 窄带隙聚吡咯甲烷衍生物的制备与光学性能
    窄带隙聚吡咯甲烷衍生物的制备与光学性能王攀,江玉婷,陈阳(滁州学院材料与化学工程学院,安徽滁州239000)摘要:由于高分子发光材料具有柔韧性好、合成简单、可大面积制备和使用寿命长等优点,成为近年来显示和照明领域的研究热点。本文以N-甲基吡咯和苯甲醛类为单体,采用缩聚法制备了3种可溶性、窄带隙、分子 ...
    本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05