马丹博士多年来潜心研究，公开发表临床医学论文10余篇，其中中文核心期刊2篇，中国科技核心期刊5篇，指导青年医生完成并公开发表临床研究论文多篇;主持并完成湖北省科技厅科技攻关项目“老年人睡眠呼吸暂停综合征患者生存质量的研究”;主持完成湖北省教育厅重点教育改革研究项目“医学模拟教育对临床医学教育的促进作用”;参与完成武汉市科技局研究项目“临床检测血清中CYFRA21-1和NSE对肺癌诊断和预测的意义”;主持编写了70余万字的教材《临床技能学基础》(湖北科学技术出版社，2007.5)和70余万字的专著《急诊医学》(湖北科学技术出版社，2009.2)。在马丹博士的带领下临床技能实验室已获得多项湖北省科技厅和湖北省教育厅研究项目立项，实验室的多位教师成为项目负责人。
　　马丹博士曾获得“江汉大学本科教学水平评估工作先进个人”、“江汉大学教书育人先进个人”等荣誉称号;曾多次出席全国临床呼吸疾病专业年会和各种临床医学教育的全国性会议，并在大会中作学术交流;积极参与地方医学会的各种活动，多次以主讲和咨询专家的身份在各种医学会专业学术活动中发言。2001年担任中华医学会武汉分会呼吸学会委员;2003年担任江汉大学学报兼职编审;2005年担任中华医学会武汉分会理事;2006年任湖北省医学会医学教育分会临床医学教育学组委员;2007年担任中国中西结合学会湖北省分会委员;2009年担任全国高等医学教育学会临床医学教育研究会第九届理事。