邱东茹　研究员博士研究生

职　　称： 研究员
学　　历： 博士研究生
联系方式： 86-
电子邮件： qiu#ihb.ac.cn(请改#为@)
办公室： 3号实验楼423
个人网页： https://baike.baidu.com/item/%E9%82%B1%E4%B8%9C%E8%8C%B9/**?fr=aladdin


教育经历
1985.9-1989.6 华中师范大学 生物学专业 本科
1989.9-1992.6 华中师范大学 植物学专业 硕士
1998.9-2001.8 中国科学院研究生院/中国科学院水生生物研究所 水生生物专业 博士
2001.9-2005.3 日本庆应义塾大学/先端生命科学研究所 微生物学专业 学术博士


主要职历
1992.7-1995.6 中国科学院水生生物研究所 研究实习员
1995.7-2001.8 中国科学院水生生物研究所 助理研究员
2001.9-2005.3 日本庆应义塾大学先端生命科学研究所 研究助理
2005.6-2008.3 美国西弗吉尼亚州Marshall大学医学院 博士后
2008.6-2012.2 美国Oklahoma大学环境基因组学研究所 博士后/研究科学家
2011.3-至今 中国科学院水生生物研究所 研究员


招生专业
水生生物学（硕士生，博士生）


研究方向
1.活性污泥微生物相关的合成生物学研究
我们长期从事活性污泥微生物基因组学、分子遗传学、宏基因组学和合成生物学研究，揭示微生物菌胶团形成途径与调控机制，旨在强化活性污泥净化功能，实现污泥减量和资源能源的回收利用。
2.微生物介导的氮循环和微生物分子遗传学研究
在无氧和缺氧条件下，许多细菌可以利用硝酸根和亚硝酸根作为电子受体进行无氧呼吸，称之为异化硝酸盐还原（dissimilatory nitrate reduction，DNR），包括异化型硝酸盐还原成铵（dissimilatory nitrate reduction to ammonia，DNRA）和反硝化脱氮（denitrification）两种相互竞争的DNR途径，在氮元素生物地球化学循环中扮演重要角色。我们研究细菌中这两个途径抉择的分子调控机制及其应用。


承担项目情况
1. 2020.1-2024.12 国家重点研发计划“合成生物学”专项“活性污泥人工多细胞体系构建与应用”子课题“表面活性剂、阻燃剂、POPs降解元件挖掘”和“表面活性剂降解人工多细胞体系构建”（2019YFA090009，E01F0402，经费204万）
2. 2020.1-2023.12 承担国家自然科学基金与欧盟委员会环境生物技术合作项目“合成塑料降解转化微生物菌群”课题3“合成塑料解聚酶的人工设计与定向进化”任务3“合成塑料解聚酶的克隆”（，直接经费45万）
3. 2019.1-2024.12 承担中国科学院先导A项目“美丽中国”任务（XDA**, 经费97万）
4. 2018.1-2020.12 主持国家自然科学基金重大研究计划培育项目“细菌反硝化脱氮与异化型硝酸盐还原氨化的分子决定机制研究”（**，直接经费85万）
5. 2017.10-2019.8 主持中国科学院重点部署项目“人体与环境健康的微生物组共性技术研究”（中国科学院微生物组学计划）第三课题“活性污泥微生物组功能网络解析及调节机制”子课题“活性污泥功能状态评估” （KFZD-SW-219-3-2，经费90万）
6. 2016.1-2020.12 中国科学院国际合作局对外合作重点项目“清洁水及水务合作计划”东非及其周边区域课题负责人（Y，经费28万元）
7. 2015.1-2016.12 主持中国科学院院科普项目“一泓清水出污泥——活性污泥处理技术百年祭”（KP2015A09，4万元）
8. 2012.1-2016.12 中国科学院“****”择优资助项目（200万元）
9. 2011.3-2016.12 主持中科院领域方向课题“细菌低温适应和无氧呼吸研究”（Y15103-1-401，150万元）


科研成果
今年来利用基因组学、分子遗传学和生理生化分析初步揭示动胶菌（Zoogloea）等活性污泥菌胶团形成菌胞外多聚物生物合成途径及菌胶团形成与调控的分子机制，正在开展进一步研究和合成生物学研究。从全国多地的生活污水/工业废水处理活性污泥中分离、纯化大量菌胶团形成菌。初步揭示了希瓦氏菌抗逆和无氧呼吸特别是异化型硝酸盐还原与调控机制。相关研究成果被新华社中英文报道并被国内外广泛转载，也被中科院之声和维基百科（Wikipedia，Floc (biofilm词条)）推介。在PNAS（美国科学院院刊）、Water Research、Environmental Microbiology、Applied & Environmental Microbiology （共6篇）、Microbiology （共2篇）、Applied Microbiology and Biotechnology、Journal of Bacteriology、Ecological Engineering、BMC Microbiology（共2篇）、Archives of Microbiology发表论文六十余篇，SCI引用次数超过100次的论文三篇。

代表性论文：
1. Song Y, Mhuantong W, Liu SY, Pisutpaisal N, Wongwilaiwalin S, Kanokratana P, Wang AJ, Jiang CY, Champreda V*, Qiu DR,* Liu SJ*. Tropical and temperate wastewater treatment plants assemble different and diverse microbiomes. Appl Microbiol Biotechnol. 2021, 105(2):853-867.
2. Liu S, Dai J, Wei H, Li S, Wang P, Zhu T, Zhou J, Qiu D*. DNRA and denitrification pathways are leveraged by cyclic AMP receptor protein (CRP) paralogues based on electron donor/acceptor limitation in Shewanella loihica PV-4. Appl Environ Microbiol, 2021, 87(2): e01964-20.
3. Li S, Zhao L, Han J, Liu S, Dai J, Fu G, Qiu D*. Azoarcus halotolerans sp. nov., a novel member of Rhodocyclaceae isolated from activated sludge collected in Hong Kong. Int J Syst Evol Microbiol, 2020, 70(11):5799-5805.
4. Gao N, Xia M, Dai J, Yu D, An W, Li S, Liu S, He P, Zhang L, Wu Z, Bi X, Chen S, Haft DH, Qiu D*. Both widespread PEP-CTERM proteins and exopolysaccharides are required for floc formation of Zoogloea resiniphila and other activated sludge bacteria. Environmental Microbiology, 2018, 20(5): 1677-1692.（新华社中英文报道，“中科院之声”微信公众号报道；维基百科（Wikipedia）介绍）
5. Yu D, Xia M, Zhang L, Song Y, Duan Y, Yuan T, Yao M, Wu L, Tian C, Wu Z, Li X, Zhou J, Qiu D*. RpoN (σ54) is required for floc formation but not for extracellular polysaccharide biosynthesis in a floc-forming Aquincola tertiaricarbonis strain. Appl Environ Microbiol. 2017, 83(14): e00709-17. （ “中科院之声”微信公众号报道）
6. An W, Guo F, Song Y, Bai S, Dai J, Gao N, Wei H, Zhang L, Yu D, Xia M, Yu Y, Qi M, Tian C, Chen H, Wu Z, Zhang T*, Qiu D*. Comparative genomics analyses on EPS biosynthesis genes required for floc formation of Zoogloea resiniphila and other activated sludge bacteria. Water Research, 2016, 102: 494-504. (SCI收录, SCI引用48次). Doi: 10.1016/j.watres.2016.06.058. （“中科院之声”微信公众号报道，中科院网站中英文报道）
7. Li R, Withers R, Dai J, Ruan J, Li W, An W, Yu D, Wei H, Xia M, Bai S, Tian C, Yu H, Qiu D*. Truncated Type IV pilin PilA108 Activates the intramembrane protease AlgW to cleave MucA and PilA108 itself in vitro. Archives of Microbiology, 2016, 198(9):885-892.
8. Wei H, Dai J, Xia M, Romine M, Shi L, Beliav A, Tiedje J, Nealson K, Fredrickson J, Zhou J, Qiu D*. Functional roles of CymA and NapC in Reduction of Nitrate and Nitrite by Shewanella putrefaciens W3-18-1. Microbiology (SGM, UK), 2016, 162(6):930-941.
9. Dai J, Wei H, Tian C, Damron F, Zhou J*, Qiu D*. An extracytoplasmic function sigma factor-dependent periplasmic glutathione peroxidase is involved in oxidative stress response of Shewanella oneidensis. BMC Microbiology, 2015, 15: 34.

专利：
包括授权美国发明专利3项和中国发明专利2项。
1. Hongwei D. Yu & Dongru Qiu（邱东茹）. Methods of detecting and controlling mucoid Pseudomonas biofilm production（粘液型假单胞菌生物膜产生的检测和控制方法）。专利授权国：美国。专利授权日：2010.8.24专利号：US**。
2. Hongwei D. Yu，Dongru Qiu, F. Heath Damron. Methods of producing bacterial alginate (生产细菌海藻多糖的方法), 专利授权日：2015.11.3, 美国专利，US**
3. Jizhong Zhou, Dongru Qiu, Zhili He, Ming Xie. Methods of producing protoporphyrin IX and bacterial mutants therefor (生产原卟啉IX的方法及其细菌突变株), 专利授权日：2016.3.1, 美国专利，US**
4. 邱东茹、夏明、柏仕杰。一种杀藻剂在控制微囊藻水华中的用途。2016.01.05专利号：CN6.9，中国发明专利，已授权。
5. 邱东茹、刘双元、高娜、戴景程、李书杨。一种移动式净化污水和黑臭水体的方法及装置。2018.12.21 发明专利号：CN.9，中国发明专利，已授权。
6. 邱东茹、戴景程、周集中。一株高产原卟啉PPIX的希瓦氏菌基因工程菌及构建方法。2018.10.11 发明专利申请号：CN3.0（公开，实审中）
7. 邱东茹、戴景程、周集中。一株高产血红素的洛伊希瓦氏菌基因工程菌及其构建方法。发明专利申请号：CN0.6（公开，实审中）


获奖及荣誉
2011年入选中国科学院“****”（A类，引进国外优秀人才），2012年获得择优支持
2014年获得湖北省自然科学奖,二等奖,省级,排名第三
1998年获中国科学院科技进步奖,三等奖,院级,排名第五
2004年获日本文部科学省“学习鼓励（Study Encouragement）赏”


社会任职
中国环境科学学会环境生物学分会副主任委员
湖北省暨武汉市微生物学会理事
中国地质大学（武汉）兼职教授


指导研究生情况
在读研究生：
陈晗（2019级博士）、王山辉（2020级博士）、王晶（2020博士）、王鑫（2021级博士）
博士留学生2名

毕业研究生：
安卫星（2015年硕士毕业，在广州汤臣倍健公司任职）
戴景程（2015年博士毕业，在中国科学院水生生物研究所任职）
魏贺红（2016年博士毕业，在河北工程大学任职）
余佃贞（2017年博士毕业，在中国科学院上海营养与健康研究所任职）
夏 明（2017年博士毕业，在江汉大学任职）
高 娜（2018年博士毕业，在安徽农业科学院就职）
刘亚琦（2019年硕士毕业，在中国科学院水生生物研究所任职）
李书杨（2020年博士毕业，在国药集团武汉生物制品所就职）
刘双元（2020年博士毕业，在生态环境部珠江流域南海海域生态环境监督管理局就职）


备注
欢迎有生物学与环境科学背景的考生报考。