夏晓勤　研究员博士研究生

职　　称： 研究员
学　　历： 博士研究生
联系方式： 86-
电子邮件： xqxia#ihb.ac.cn(请改#为@)
办公室： 3号楼627
个人网页：


教育经历
1988.9-1992.6 武汉大学，微生物学专业，理学学士
1992.9-1997.8 中国科学院水生生物研究所，水生生物学专业，理学博士（硕博连读）


主要职历
1997.9-2000.7 南京农业大学，动物医学院，博士后、副教授、院网络管理员。研究水生生物病原的生物学及互作关系。
2000.12-2001.8 剑桥大学，通信系统研究中心，研究助理。研究细胞分子网络动态的系统仿真。
2001.8-2003.12 剑桥大学，遗传学系，研究助理。研究细胞分子网络动态的系统仿真。
2004.3-2009.6 美国Sidney Kimmel癌症中心, Lechner-Haag基因组部门主任。研究癌症基因组学及其生物信息处理平台。
2009.6-2011.5 美国圣迭戈疫苗研究所，基因组部门主任、生物信息部门主任。研究癌症基因组学及其生物信息处理平台。
2010.12-2011.5 加州大学尔湾分校，病理学与检验医学系，二级助理项目科学家（兼职）
2011.5-至今 中国科学院水生生物研究所，研究员。研究鱼类遗传育种与相关的生物信息学分析技术。


招生专业
遗传学（硕士生，博士生）

研究方向
以草鱼和泥鳅等经济鱼类为研究对象，以斑马鱼和细胞培养为模型，利用生物信息学分析手段和分子与细胞生物学实验技术，通过基因组学等组学研究路线来开展鱼类遗传与育种研究。主要研究内容如下：
1. 鱼类重要经济性状分子基础的解析及育种研究
（1）解析影响鱼类生长和肌间刺等性状的分子模块与网络
（2）研发鱼类分子辅助育种与基因组选择育种等育种相关技术与流程
（3）通过基因编辑、雌核发育与分子选育等技术培育鱼类新品种或新品系
2. 重要经济鱼类的基因组学及生物信息学平台研发
（1）开发基因组与转录组的测序、组装与注释流程及多组学数据分析技术
（2）利用机器学习等人工智能算法探索新型数据的分析，开发相关软件工具
（3）建立重要经济鱼类的基因组数据库系统及多组学数据分析平台


承担项目情况
1. 2019.1-2024.12 鲤饲料高效转化的分子机制的生物信息学分析，200万，主持，中科院战略先导专项A类项目子课题任务
2. 2019.1-2021.12 用两种鲤科鱼类模型解析遗传性脊柱侧凸的致病基因, 30万, 参与，国家自然科学基金青年项目
3. 2019.1-2019.12 草鱼与斑马鱼低温适应的多组织共表达网络比较分析，8万，参与，淡水生态与生物技术国家重点实验室开放课题
4. 2018.1-2022.12 重要养殖鱼类基因组选育技术平台构建，105万，主持，国家重点研发“蓝色粮仓科技创新”专项课题任务
5. 2018.1-2018.12 湖泊藻类氮利用策略转换机理及其与优势种演替的关系，8万，主持，淡水生态与生物技术国家重点实验室开放课题
6. 2016.1-2019.12 草鱼生长速度差异的分子遗传机制研究, 75万, 主持，国家自然科学基金面上项目
7. 2016.1-2019.12 基因组组装算法及平台开发，30万，主持，武汉市“3551光谷人才计划”项目
8. 2013.1-2018.12 鲤高产多模块耦合，900万，主持，中科院战略先导专项A类项目子课题
9. 2012.1-2015.12 水体生物基因组信息分析，260万，主持，中科院“****”A类择优支持
10. 2011.1－2016.12 草鱼全基因组序列的生物信息分析，100万，主持，国家高技术研究发展计划项目子任务
11. 2011.8-2015.12 WebOmics 组学数据库与分析平台的构建，100万，主持，中国科学院水生生物研究所知识创新工程领域前沿项目


科研成果
历年来研究涉及分子生物学、系统生物学、生物信息学、基因组学和遗传学等多个领域。先后开发了细胞代谢网络仿真技术与交互式图形软件平台；建立并维护了生物芯片数据库与数据分析的网络平台；鉴定了脑神经胶质瘤相关的分子标记，建立了病人生存时间预测以及病理分级的数学模型，获得了很高准确率；研发了一种基于核酸序列预测包括SARS病毒和MERS病毒在内的冠状病毒的宿主预测的统计模型与工具，通过双模型的机器学习可得到极为准确的预测结果；揭示了核酸G4结构在不同物种基因组中的分布特征及其在微生物适应特殊环境中的重要作用；开展高通量组学数据分析算法研究，完成了草鱼全基因组的组装与功能注释，解析了草鱼生长性状相关的基因和分子模块并完成了耦合分析等方面的工作；建立了草鱼基因组数据库和鱼类病毒数据库，绘制了高密度的草鱼与黄鳝的遗传连锁图谱。开发了20余款生物信息学软件、数据库与分析平台，并在SCI源学术刊物上发表论文30余篇。

代表性论文（通讯作者*或第一作者#）：
1. Jia Z#, Wu N#, Jiang X, Li H, Sun J, Shi M, Li C, Hu X, Ge Y, Ye W, Tang Y, Shan J, Cheng Y, Xia X-Q*, Shi L*. Integrative transcriptomic analysis reveals the immune mechanism for a CyHV-3-resistant common carp strain. Frontiers in Immunology, 2021, DOI: 10.3389/fimmu.2021.687151.
2. Shi M#, Luo H#, Zhang W, Jiang Y, Chen J, Cheng Y, Hu W*, Xia X-Q*. A genome-wide linkage map and QTL mapping for growth traits of Asian rice-field eel (Monopterus albus). Aquaculture, 2021, 536: 736394.
3. Duan Y, Zhang W, Cheng Y, Shi M*, Xia X-Q*. A systematic evaluation of bioinformatics tools for identification of long noncoding RNAs. RNA, 2020, doi: 10.1261/rna.074724.120.
4. Shi M, Zhang Q, Li Y, Zhang W, Liao L, Cheng Y, Jiang Y, Huang X, Duan Y, Xia L, Ye W, Yang Y*, Xia X-Q*. Global gene expression profile under low-temperature conditions in the brain of the grass carp (Ctenopharyngodon idellus). PLoS One, 2020, 15(9): e**.
5. 夏雷, 石米娟, 张婉婷, 段攸, 程莹寅, 吴南, 夏晓勤*. 基于微单体型分子标记的草鱼亲子鉴定方法. 水生生物学报, 2020, 44(3): 509-517.
6. Ma X, Zhang B, Miao R, Deng X, Duan Y, Cheng Y, Zhang W, Shi M, Huang K*, Xia X-Q*. Transcriptomic and physiological responses to oxidative stress in a Chlamydomonas reinhardtii glutathione peroxidase mutant. Genes, 2020, 11: 463.
7. Huang X#, Jiang Y#, Zhang W, Cheng Y, Wang Y, Ma X, Duan Y, Xia L, Chen Y, Wu N, Shi M*, Xia X-Q*. Construction of a high-density genetic map and mapping of growth related QTLs in the grass carp (Ctenopharyngodon idellus). BMC Genomics, 2020, 21: 313.
8. Chen Y#, Shi M#, Cheng Y, Zhang W, Tang Q^*, Xia X-Q^*. FVD: The fish-associated virus database. Infection, Genetics and Evolution, 2018, 58:23-26.
9. 夏晓勤^*，黄晓丽，石米娟，程莹寅，张婉婷，陆承平。寄生于鲫的锚首虫一新种。水生生物学报，2018，42(2): 369-372.
10. Chen Y, Shi M, Zhang W, Cheng Y, Wang Y, Xia X-Q^*. The Grass Carp Genome Database (GCGD): an online platform for genome features and annotations. Database. 2017;2017:bax051.
11. 石米娟，程莹寅，张婉婷，夏晓勤^*。浅析基因组大小的进化机制。科学通报, 2016, 61(30): 3188-3195.
12. Tang Q, Song Y, Shi M, Cheng Y, Zhang W, Xia X-Q^*. Inferring the hosts of coronavirus using dual statistical models based on nucleotide composition. Scientific Reports, 2015, 5:17155.
13. Bie, L, Zhao G, Cheng P, Rondeau G, Porwollik S, Ju Y, Xia X-Q^* & McClelland M^*. The Accuracy of Survival Time Prediction for Patients with Glioma Is Improved by Measuring Mitotic Spindle Checkpoint Gene Expression. PLoS One, 2011, 6(10): e25631.
14. Xia X-Q*, McClelland M*, Wang Y*. TabSQL - a MySQL tools to facilitate data queries with public databases. BMC Bioinformatics, 2010, 11: 342.
15. Wang Y#, Xia X-Q#, Jia Z#, Sawyers A, Yao H, Wang-Rodriquez J, Mercola D*, McClelland M*. In silico estimates of tissue components in surgical samples based on expression profiling data. Cancer Research, 2010, 70(16): 6448-6455.
16. Xia X-Q*, McClelland M*, Wang Y*. PypeR, a Python package for using R in Python. Journal of Statistical Software, 2010, 35(Code Snippets 2): 1-8.
17. Xia X-Q#*, Jia Z#, Porwollik S, Long F, H?mme C, Ye K, Müller-Tidow C, McClelland M*, Wang Y*. Evaluating Oligonucleotide Probe Properties for DNA Microarray Probe Design. Nucleic Acid Research, 2010, 38(11): e121. doi: 10.1093/nar/gkq039.
18. Xia X-Q*, McClelland M*, Porwollik S, Song W, Cong X, Wang Y*. WebArrayDB: cross-platform microarray data analysis and public data repository. Bioinformatics, 2009, 25(18): 2425 – 2429.

专利：
1. 夏晓勤，吴南，黎明，程莹寅，基于斑马鱼幼鱼成像模型评价缓解食源性肠炎成分的方法。中国，申请号或专利号：0X
2. 夏晓勤，吴南，黎明，石米娟，程莹寅，张婉婷，青藤碱在防治豆粕饲料引起的鱼类肠肝炎症中的应用。中国，申请号或专利号：7
3. 夏晓勤，吴南，黎明，石米娟，程莹寅，张婉婷，沙棘在防治豆粕饲料引起的鱼类肠肝炎症中的应用。中国，申请号或专利号：3.4
4. 夏晓勤, 夏雷, 石米娟, 段攸, 张婉婷，程莹寅, 吴南。一种直接从全基因组重测序数据中得到微单体型及其分型的方法。中国，申请号或专利号：6.8，公开号： CNA

论著：
Jia Z, Datta S, Xia X-Q, Bhattacharjee S, Computational and Mathematical Methods in Medicine (Special Issue – Volume 2014): Advances in Statistical Medicine (ASM). 2014

软件开发：（全部软件基于GPL开源协议发布）
1. denovo_assembly_abyss_pe.sh, 一个基于二代测序数据的分析程序，用于混合感染的病毒种群的基因组组装，已成功地应用于检测猪蓝耳病的混合感染病毒分析。（2017）
2. GCCD (http://bioinfo.ihb.ac.cn/gcgd), 草鱼基因组数据库，可视化草鱼的基因组数据，提供草鱼基因组相关的检索与分析功能，基于LAMP系统部署（Linux / Apache / MySQL / PHP）。(2017)
3. FVD (http://bioinfo.ihb.ac.cn/fvd), 鱼类病毒数据库，通过鱼类或病毒来检索相关病毒的信息以及各种分布与统计数据。基于EXT库建站，用Python编写CGI。(2017)
4. Seq2Hosts (http://bioinfo.ihb.ac.cn/seq2hosts/), 一个通过冠状病毒的spike蛋白基因序列预测其潜在宿主的网站，基于马氏距离判别与支持向量机算法。(2015)
5. markers_4_unique_parents.py / markers_sources.py，二倍体生物个体间亲缘关系相关分子标记的筛选以及亲子鉴定。(2014)
6. SingleArm (http://mercola.hs.uci.edu/singlearm/)，通过计算手段为前列腺癌的单臂辅助实验产生虚拟控制组的网站，用 Python / R 编写后台。(2013)
7. ReadContigs，一个命令行程序，允许用户通过各种规则非常灵活地从大型序列文件中提取所需要的序列片段。(2012)
8. CellPred (http://www.webarray.org/cellpred), 一个癌症组织细胞成分预测网站。通过对生物芯片数据的多元回归分析，来预测癌症组织中不同细胞成分的比例。允许用户自定义影响因子 。提供有前列腺癌和乳腺癌的训练模型。(2010)
9. TabSQL (http://tabsql.sourceforge.net), 一个基于MySQL的基因组注解软件。能自动下载多种数据库，并允许整合用户数据进行查询。提供查询的图形用户界面和命令行界面，后者支持完整的SQL SELECT语法。用Python编写，可运行于多种操作系统。(2010)
10. PypeR (http://pypi.python.org/pypi/PypeR), Python与R语言的接口软件包。通过该软件包中面向对象的封装接口，用户可以方便地在Python中调用本地或远程机器上R统计语言，并进行双向数据交流。用Python和R编写，可运行于多种操作系统。该软件已被“软件百科”(http://www.softpedia.com)、WareSeeker (http://www.wareseeker.com) 等多个数据库收录。(2009)
11. PVConcord (http://www.webarray.org/softwares/pvconcord), 一个寻找Biomarker的软件包。通过对异源的生物芯片分析结果进行整合分析，来发现高可重复性的标记基因。用R和C语言编写。(2009)
12. SeqInfo (http://www.webarray.org/softwares/seqinfo/seqInfo.zip), 一组计算核酸序列特征参数的Python程序，可用于序列分析和辅助基因芯片设计。运行于SMP及Linux机群。(2008)
13. WebArrayDB (http://www.webarraydb.org), 一个生物芯片数据库及跨平台数据分析网站。可管理多个数据库，可存贮任意多通道的微阵列数据，可作差异分析 ，Meta分析，CGH分析，转座子分析。允许用户自定义数据特征，自定义方差分析模型等。(2007)
14. WebArray (http://www.webarray.org), 一个基于用户数据文件的生物芯片数据分析网站。可处理Affymetrix基因芯片数据和各类双色微阵列数据。(2005)
15. DiMSim, 一个离散事件过程模拟器。可模拟各类酶促反应、非酶促的生物化学反应，膜通道，以及容器等。不仅可以模拟细胞内生化网络的动态，还可模型各类生态学过程，如Lotka-Voltera种群竞争模型。用户可方便的监控模拟过程。用Python编写，可运行于多种操作系统。(2003)
16. RAMARRAY, 一个微阵列的辅助设计软件。用Python编写，可运行于多种操作系统。(2002)
17. TAXONOMY (http://www.webarray.org/softwares/Taxonomy.exe), 一个支持核酸序列编辑的系统分类学软件。用C++编写。(1999)
18. 中国内陆水体单殖吸虫的生态学数据库。用Foxpro构建。(1997)
19. DATACHK / NB, 统计数据预处理、概率分布拟合软件。用C/C++编写。(1994 - 1996)
20. WBZC, WBBM和PYZC, 汉字输入法造词与学习的DOS软件。用宏汇编语言MASM编写。(1995)
21. BACID, 一个用于芽孢杆菌鉴定的小型专家系统。用人工智能语言Prolog编写。(1992)


社会任职
湖北省生物信息学会副理事长
农业生物信息湖北省重点实验室学术委员会委员
《Scientific Reports》期刊编委


指导研究生情况
张强翔（2018级博士）、夏雷（2019级博士）、叶伟东（2020级博士）、郭成（2021级博士）、赵旭阳（2020级硕士）、张雷（2020级硕士）

毕业研究生：
段攸（2021年博士毕业，在成都华西医院任职）
黄磊（2021年硕士毕业，在盐城市生物工程职业技术学校任职）
夏雷（2019年硕士毕业，在本实验室读博）
陈亚鑫（2018年博士毕业，在成都华西医院任职）
马晓翠（2018年博士毕业，在郑州市儿童医院任职）
蒋艳鑫（2018年博士毕业，在合肥谱佳医学检验实验室有限公司任职）
黄晓丽（2017年硕士毕业，在武汉大学任职）
宋玉龙（2015年博士毕业，在中山大学任职）
唐琴（2015年博士毕业，在美国Albert Einstein College of Medicine任职）

研究生获奖：
1. 2021年叶伟东获“中国科学院水生生物研究所优秀共产党员”荣誉称号
2. 2021年赵旭阳获2021中国肠道大会“优秀投稿（壁板）”奖
3. 2021年郭成获武汉家普特羽毛球俱乐部2021迎春赛暨新春年会比赛团体冠军
4. 2020-2021学年段攸获“中国科学院大学 三好学生”荣誉称号
5. 2020年叶伟东、郭成在中国科学院武汉教育基地2020“小洪山杯”羽毛球比赛冠军
6. 2020年张强翔获“中国科学院水生生物研究所优秀共产党员”荣誉称号
7. 2020-2021学年郭成 获“中国科学院大学 三好学生”荣誉称号
8. 2019年黄磊被评为武昌区中华路街“最美追梦人”
9. 2019年黄磊被评为中科院武汉分院“优秀志愿者”
10. 2019年郭成获中科院大学研究生新生羽毛球比赛“男子单打第三名”
11. 2018年马晓翠获“中国科学院水生生物研究所优秀共产党员”荣誉称号
12. 2018年陈亚鑫获中科院研究生奖学金一等奖
13. 2017-2018学年陈亚鑫获“中国科学院大学 三好学生”荣誉称号
14. 2016 - 2017学年黄晓丽获“中国科学院大学 三好学生”荣誉称号
15. 2016年马晓翠 在国际藻类论坛中，获“优秀海报”奖
16. 2015-2016年度蒋艳鑫获“中国科学院水生生物研究所优秀共产党员”荣誉称号
17. 2015年马晓翠 在水生所党委组织的“社会主义核心价值观”演讲比赛中获优秀奖
18. 2014 - 2015学年马晓翠 获“中国科学院大学 三好学生”荣誉称号
19. 2013-2014学年陈亚鑫 获“中国科学院大学 三好学生”荣誉称号
20. 2013-2014学年宋玉龙获“中国科学院水生生物研究所三好学生”荣誉称号
21. 2011-2012学年蒋艳鑫获“中国科学院水生生物研究所三好学生”荣誉称号


备注
欢迎有生物学、水产学、统计学或计算机科学背景的考生报考。