刘士勇副教授


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所在单位：物理学院
学历：研究生(博士)毕业
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学科：生物物理学
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· Juan Xie.PRIME-3D2D is a 3D2D model to predict binding sites of protein–RNA interaction.Communications Biology.2020
· Jinfang Zheng, Xu Hong, Juan Xie, Xiaoxue Tong, Shiyong Liu*. (2019) P3DOCK: a protein-RNA docking webserver based on template-based and template-free docking. Bioinformatics, Jun 7. pii: btz478.

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个人简介 MORE+
刘士勇，男，华中科技大学物理学院副教授、博士生导师。1996至2000年就读于北京大学化学与分子工程学院，获理学学士学位。2000至2006年于北京大学理论生物学中心攻读博士学位，从事蛋白质-蛋白质相互作用界面预测与设计研究（导师来鲁华教授），获理学博士学位。2006至2009年于美国堪萨斯大学生物信息学中心从事博士后研究（导师Ilya Vakser教授）。2009年7月起任职华中科技大学物理学院副教授。主持国家自然科学青年基...

教育经历 / 工作经历
[1] 2000.9～2006.7北京大学 -博士学位-研究生(博士)毕业

[2] 1996.9～2000.7北京大学 -学士学位-本科(学士)


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研究领域 由于RNA可以折叠成各式各样的三维结构，因而蛋白质-RNA之间形成的复合物也如蛋白质-蛋白质复合物一样复杂，蛋白质-RNA复合物结构预测与蛋白质-蛋白质复合物结构预测一样仍然很困难。因此，申请人开发了自由对接算法3dRPC (Sci Rep, 2013)与基于模板的算法PRIME(PLoS computational biology, 2016)。而基于模板的工作首次揭示了蛋白质-RNA复合物结构之间的序列-结构联系，并发现存在一个转变点。此外，通过序列分析发现了一些识别RNA结合蛋白质(RBP)的重要特征，实现了一个高精度的RBP预测算法RBPPred (Bioinformatics, 2017)。在这些工作中，我们发现RNA的结构非常重要，进一步猜测RNA结构可能在编码潜能中发挥重要作用，利用CTD编码特征来描述RNA的折叠结构，实现了RNA编码潜能评估算法CPPred(Nucleic Acids Research, 2019)。研究表明，T2，C0和GC（CTD编码的特征）在RNA编码潜能的预测上具有重要作用。CPPred在人类，小鼠，斑马鱼和酿酒酵母测试集上，具有高的准确性，然而，CPPRed在这些物种的短的RNA序列上（sORF）具有特别的优势，比之前开发的工具有一个比较大的提升。
截止2020年12月12日，申请人在PNAS、Plos computational biology、Proteins、Bioinformatics、Nucleic Acids Research等期刊上发表论文28篇，Google Scholar引用总数为871次，H-index为15。
团队目前共有博士生2名、硕士1名。已经毕业硕士1名和博士3名。相关软件、论文等更多信息见课题组网址:http://rnabinding.com






论文成果MORE+ · Juan Xie.PRIME-3D2D is a 3D2D model to predict binding sites of protein–RNA interaction.Communications Biology.2020
· Jinfang Zheng, Xu Hong, Juan Xie, Xiaoxue Tong, Shiyong Liu*. (2019) P3DOCK: a protein-RNA docking webserver based on template-based and template-free docking. Bioinformatics, Jun 7. pii: btz478.
· Xiaoxue Tong, Shiyong Liu*. (2019) CPPred: coding potential prediction based on the global description of RNA sequence. Nucleic Acids Research, May 7;47(8):e43.
· Jinfang Zheng, Juan Xie, Xu Hong, Shiyong Liu*. (2019) RMalign: an RNA structural alignment tool based on a novel scoring function RMscore. BMC Genomics, Apr 8;20(1):276.


专利 · 一种与核糖核酸结合的蛋白质的预测方法
· 一种蛋白质-RNA复合物结构预测方法

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由于RNA可以折叠成各式各样的三维结构，因而蛋白质-RNA之间形成的复合物也如蛋白质-蛋白质复合物一样复杂，蛋白质-RNA复合物结构预测与蛋白质-蛋白质复合物结构预测一样仍然很困难。因此，申请人开发了自由对接算法3dRPC (Sci Rep, 2013)与基于模板的算法PRIME(PLoS computational biology, 2016)。而基于模板的工作首次揭示了蛋白质-RNA复合物结构之间的序列-结构联系，并发现存在一个转变点。此外，通过序列分析发现了一些识别RNA结合蛋白质(RBP)的重要特征，实现了一个高精度的RBP预测算法RBPPred (Bioinformatics, 2017)。在这些工作中，我们发现RNA的结构非常重要，进一步猜测RNA结构可能在编码潜能中发挥重要作用，利用CTD编码特征来描述RNA的折叠结构，实现了RNA编码潜能评估算法CPPred(Nucleic Acids Research, 2019)。研究表明，T2，C0和GC（CTD编码的特征）在RNA编码潜能的预测上具有重要作用。CPPred在人类，小鼠，斑马鱼和酿酒酵母测试集上，具有高的准确性，然而，CPPRed在这些物种的短的RNA序列上（sORF）具有特别的优势，比之前开发的工具有一个比较大的提升。
截止2020年12月12日，申请人在PNAS、Plos computational biology、Proteins、Bioinformatics、Nucleic Acids Research等期刊上发表论文28篇，Google Scholar引用总数为871次，H-index为15。
团队目前共有博士生2名、硕士1名。已经毕业硕士1名和博士3名。相关软件、论文等更多信息见课题组网址:http://rnabinding.com

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[1]Juan Xie, Jinfang Zheng, Xu Hong, Xiaoxue Tong Shiyong Liu.Shiyong Liu.PRIME-3D2D is a 3D2D model to predict binding sites of protein–RNA interaction.Communications Biology.2020,
[2]Jinfang Zheng, Xu Hong, Juan Xie, Xiaoxue Tong, Shiyong Liu*. (2019) P3DOCK: a protein-RNA docking webserver based on template-based and template-free docking. Bioinformatics, Jun 7. pii: btz478..
[3]Xiaoxue Tong, Shiyong Liu*. (2019) CPPred: coding potential prediction based on the global description of RNA sequence. Nucleic Acids Research, May 7;47(8):e43..
[4]Jinfang Zheng, Juan Xie, Xu Hong, Shiyong Liu*. (2019) RMalign: an RNA structural alignment tool based on a novel scoring function RMscore. BMC Genomics, Apr 8;20(1):276..
[5]Jinfang Zheng, Xiaoli Zhang, Xunyi Zhao, Xiaoxue Tong, Xu Hong, Juan Xie, and Shiyong Liu*. (2018) Deep-RBPPred: predicting RNA binding proteins in the proteome scale based on deep learning. Scientific Reports, 8(1):15264..
[6]Xiaoli Zhang; Shiyong Liu*. (2017) RBPPred: predicting RNA-binding proteins from sequence using SVM. Bioinformatics, 33(6): 854~862..
[7]Jinfang Zheng; Petras J. Kundrotas; Ilya A. Vakser*; Shiyong Liu*. (2016) Template-Based Modeling of Protein-RNA Interactions. PLoS Computational Biology, 12(9): 0~e**.
[8]Hao Chen#, Yunjie Zhao#, Haotian Li#, Dongyan Zhang, Yanzhao Huang, Qi Shen, Rachel Van Duyne, Fatah Kashanchi, Chen Zeng and Shiyong Liu* (2014) Break CDK2/Cyclin E1 interface allosterically with small peptides. PLOS One, Oct 7; 9(10)..
[9]Xiufeng Yang, Haotian Li, Yangyu Huang, Shiyong Liu* (2013) The dataset for protein-RNA binding affinity. Protein Science, Dec 1;12:1808-1811..
[10]Yangyu Huang#, Shiyong Liu#, Dachuan Guo, Lin Li, and Yi Xiao*, (2013) A novel protocol for three-dimensional structure prediction of RNA-protein complexes. Scientific Reports, 3:1887.
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[1]刘士勇,华中科技大学.刘士勇,张晓利.一种与核糖核酸结合的蛋白质的预测方法.发明,
[2]刘士勇,华中科技大学.刘士勇,郑进芳.一种蛋白质-RNA复合物结构预测方法.发明,
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