该专业于1981年在我国首先创办，是国家中医药管理局唯一的中医骨伤重点学科及福建省“211工程”重点学科。设有生物力学、组织生化、骨伤解剖标本、骨伤外固定、显微外科、动物外科、带电视X光机、骨密度仪实验室及示教陈列室等。系图书资料室藏书2万余册。1993年始与上海中医药大学联合招收博士生。研究方向：骨质疏松、骨折愈合、骨肿瘤、骨伤生物力学、药物开发及老中医的医疗经验继承与研究等。两所附属医院为骨伤专业的临床教学提供了良好的条件。本专业教师主编全国高等中医院校骨伤专业系列教材《中医骨伤学》、《骨伤内伤学》、《中医骨伤学基础》等。由于科研成果与论著颇丰，在全国中医骨伤科学界产生重大影响，曾荣获国家教委科技进步成果二等奖及国家级教学成果奖等。