重庆医科大学药学专业是为适应我国医药事业的发展和市场需求而设置的专业。药学专业于1993年招收药学专科学生，1999年7月经学校批准成立药学系，开始招收四年制本科学生，2003年纳入重点本科批次招生。药学系下设药物化学、药物分析、药剂学、天然药学化学、药事管理学五个教研室及实验管理中心。

　　药学系现有教职工33人，其中教授6名，副教授6名；博士生导师3名，硕士生导师9名，教师中硕士研究生11名，博士研究生4名。

　　重庆医科大学药学系现有药物化学硕士点一个，同时药物化学还是重庆市重点学科和重点课程。目前承担国家自然科学基金项目1项，新药开发3项。近三年获省部级科研成果奖4项，获新药证书1项，获新药生产批文1项，获临床批件5项；正在申请新药生产批文2项，获发明专利1项，另申报发明专利2项；目前承担省部级以上科研项目8项，横向课题19项；获重庆市教学成果二等奖1项；我系学生在教师指导下获第一届、第二届挑战杯中国大学生创业计划竞赛银奖，获挑战杯第七届全国大学生课外学术科技作品竞赛三等奖；近三年发表科研论文42篇，其中核心期刊32篇。

　　药学是一门实践性很强的学科，学校高度重视药学系的建设和发展，药学系成立后共投入仪器设备200万元。日元贷款中投入1500多万元人民币的仪器设备将陆续到位，这对进一步改善教学和科研条件将奠定了良好的基础。药学系先后招收了药学本专科学生1400余人，已毕业学生662人。目前在校本专科学生约800人，近三年招收药物化学、药剂学、药物分析和中药学硕士研究生25名，博士研究生12名。药学系科研成果转化为生产力的比例很高，本着多嬴的原则，与重庆、四川、广东海南及江苏等地众多制药企业和科研院所建立了良好的互动关系，在他们的支持下，充分利用社会资源，建立了稳定的实践教学基地30余家，为我系培养高素质药学应用型人才奠定了良好的基础。2003年第一届本科毕业生44人，其中9人考上硕士研究生，其余学生就业率为100%.

　　重庆医科大学药学系作为重庆市执业药师培训中心，每年负责重庆市执业药师（中药师）和从业药师（中药师）考前培训和继续教育工作，负责重庆市药学技术人员职称晋升的培训，产生了良好的社会影响。重庆医科大学药学系正在成为重庆市药学从业人员交流的平台。