重庆大学生物工程学院于1998年经校内院系调整由原生物工程研究院（中心）、原无线电系生物医学工程及仪器本科专业与教研室、原资源中心农业生物工程研究所合并而成。
　　
　　发展历程
　　
　　成立国内第一个生物力学研究室（1979年）
　　
　　获我国第一个生物力学硕士点（1980年）
　　
　　设立生物医学工程与仪器本科专业（1986年）
　　
　　获生物医学工程及仪器硕士点（1986年）
　　
　　获我国第一批两个生物力学博士点之一（1986年）
　　
　　获国家教委生物力学重点学科点（1986年）
　　
　　获国家自然科学基金重大项目1项（牵头单位）（1988-1993年）
　　
　　成立国家教委生物力学及生物流变学开放实验室（1994年）
　　
　　成立四川省生物力学工程重点实验室（1995年）
　　
　　“生物力学与组织工程”列为“211工程”重点建设学科（1997年）
　　
　　成立生物工程学院（1998年）
　　
　　获国家自然科学基金重点项目1项（牵头单位）（1998-2001年）
　　
　　获教育部生物医学工程（一级）学科博士点、博士后流动站、硕士点（1998年）
　　
　　设立生物工程本科专业（1999年）
　　
　　成立重庆市生物医学工程重点实验室（1999年）
　　
　　成立生物力学与组织工程教育部重点实验室（1999年）
　　
　　生物工程及其基础——生命科学已在当代全世界范围内蓬勃发展，成为21世纪各国科技经济竞争的一个焦点。在这个充满着激动人心的领域中，重庆大学于七十年代末期从力学工程角度切入积极开展生物医学工程领域的研究与创新，于八十年代在生物流变学及其医学工程应用方面获得重要进展，先后获得了国家发明四等奖（1984）、三等奖（1987）与国家自然科学三等奖（1987）；并牵头联合全国八个重要研究单位完成了国家自然科学基金“七五”重大项目（1988-1993）。在取得上述成就的基础上，生物医学工程学科（原生物力学学科）成长为国家级重点学科点（1988）。
　　
　　进入九十年代以来，为了巩固与加强基础研究，形成专门研究基地，经国家教委批准在原生物工程研究院（中心）基础上建设生物力学及生物流变学开放实验室（1994）。在成果应用方面，实施了两项国家级“火炬计划”项目（1990、1993）。自1997年起建设国家“211工程”重点学科项目“生物力学与组织工程”。