重庆交通大学是国务院学位委员会批准的具有博士、硕士学位授予权的单位。学校于1985年成为国家第三批硕士学位授予单位并开始招收硕士研究生，1998年通过了交通部质量评估检查；2004年开始联合培养博士研究生，2006年成为博士学位授予单位。2009年设立土木工程一级学科博士后科研流动站。

　　学校现有"土木工程" 等7个省部级重点学科；有交通运输工程、水利工程、管理科学与工程3个一级学科博士学位授权点，桥梁与隧道工程二级学科博士学位授权点；有马克思主义理论、地理学、力学、机械工程、材料科学与工程、计算机科学与技术、土木工程、水利工程、测绘科学与技术、交通运输工程、软件工程、管理科学与工程、工商管理等13个一级学科硕士学位授权点，系统工程1个二级学科硕士学位授权点。具有建筑与土木工程等9个工程硕士专业学位培养领域。具有授予同等学力人员硕士学位资格。