组长：施一　博士、研究员

　

研究组研究方向

　1、病原感染调控的分子机制
　2、免疫细胞受体与配体相互作用研究及其识别机制
　3、药物研发

研究组研究内容及意义

　　本研究组长期从事结构生物学研究，主要研究方向包括：（1）病原感染调控的分子机制；（2）免疫细胞受体与配体相互作用研究及其识别机制；（3）药物研发。
　　寨卡、埃博拉和流感等新发突发病毒性传染病已成为威胁公共卫生安全的严重隐患。本人通过整合结构生物学、细胞生物学等研究方法，对流感病毒、埃博拉病毒和寨卡病毒等重要病毒性传染病病原的侵入和复制过程进行了深入研究，取得了一系列重要进展。目前已在国际学术期刊发表SCI论文90余篇，其中以第一或通讯作者（含共第一或共通讯）在Cell, Science, Nature Microbiology, PNAS, Nature Reviews Microbiology, Trends in Biochemical Science, Nature Structural and Molecular Biology, Nature Communications, The EMBO Journal, PLoS Pathogens等国际杂志发表论文20余篇，这些工作均在国内完成；主持国家自然科学基金项目2 项，主持国家973项目子课题2项。
　　揭示了H5N1和H7N9等禽流感病毒跨种传播的分子机制（Science, 2013a, 第一作者; Science, 2013b, 共享第一作者），并系统地归纳和总结了流感病毒跨种间传播的结构基础和传播规律（Nature Reviews Microbiology, 2014, 第一兼共通讯作者），该成果与其它相关成果一起入选2013年度中国十大科技进展之一。同时还揭示了埃博拉病毒入侵宿主细胞的分子机制（Cell, 2016, 共享第一作者），发现抗病毒抑制剂设计的全新靶点，首次从分子水平证实了第五种病毒膜融合激发机制的存在，这是病毒学领域的一大突破，该成果入选2016年度中国生命科学领域十大进展之一和中国科学院2016年度十二项重大科技成果“亮点”之一。
　　阐明多个寨卡病毒蛋白的结构信息及其药物靶点（Nature Structural and Molecular Biology, 2016, 共通讯作者; The EMBO Journal, 2016, 共通讯作者；The EMBO Journal, 2017, 共通讯作者）。受国际著名杂志邀请撰写综述文章，系统地归纳和总结了2015年寨卡病毒暴发以来全球科学家在病毒结构生物学领域所取得的重要进展，并对该领域未来研究方向进行了展望（Trends in Biochemical Science, 2017, 第一兼共通讯作者）。
　　阐明MERS-CoV和SARS-CoV 刺突蛋白的结构与功能（Nature Communications, 2017, 共通讯作者）；同时，还阐明了伪狂犬病毒中和抗体的作用机制（PLoS Pathogens, 2017, 共通讯作者）。还揭示了噬菌体抑制细菌CRISPR-Cas系统机制（PNAS, 2019, 共通讯作者）；以及人体免疫系统对H7N9禽流感病毒感染的抗体应答机制（Nature Microbiology, 2019a, 共通讯作者）。
　　率先揭示流感病毒基因组RNA复制过程中不同RNA启动子结合构象对RNA合成的调控机制（Nature Microbiology, 2019b, 通讯作者），同时首次从分子水平揭示沙粒病毒聚合酶的工作机制，并发现流感病毒、沙粒病毒、布尼亚病毒等分节段负链RNA病毒聚合酶存在一个相似的3’RNA末端结合位可以作为广谱性抗病毒药物研发的新靶点（Nature, 2020, 通讯作者, in press）。



研究组长

　　研究组长：施一
　　电话：
　　电子邮件：shiyi#im.ac.cn（请将#换为@）
　　通讯地址：北京市朝阳区北辰西路一号院3号
　　邮政编码：100101



主要学习及工作经历

　　2002年10月-2006年7月 浙江大学，生物科学专业，学士
　　2006年9月-2011年6月 中国科学院微生物研究所，生物化学与分子生物学专业，博士
　　2011年7月-2013年2月 中国科学院微生物研究所病原室，助理研究员
　　2013年3月-2013年7月 中国科学院北京生命科学研究院科研部，助理研究员
　　2013年8月-2016年2月 中国科学院北京生命科学研究院科研部，副研究员
　　2015年10月至今 中国科学院大学存济医学院，岗位教授
　　2016年3月至今 中国科学院微生物研究所，研究员
　　2018年7月至今 中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室副主任
　　2019年9月至今 中国科学院微生物研究所党委委员
　　2019年11月至今 中国科学院微生物研究所所务助理



获奖情况

　　2014年 中国科学院，“卢嘉锡青年人才奖”
　　2014年 中国科学院，“卓越青年科学家项目”
　　2015年 中国科学院，“青年创新促进会会员”
　　2016年 “国家优秀青年基金”
　　2016年 首届“中源协和生命医学创新突破奖”
　　2016年 “中国生命科学领域十大进展奖”
　　2017年 “中华预防医学会科学技术奖一等奖（排名第二）”
　　2018年 中国科学院，“新时代科技报国”优秀共产党员
　　2019年 中国科学院，北京分院第四届“启明星”复合型人才奖
　　2019年 “求是杰出科技成就集体奖”
　　2019年 中国科学院，“青年创新促进会优秀会员”



研究团队




　工作人员
　　王敏 博士 助理研究员（2016-）
　　彭如超 博士 助理研究员（2017-）
　　白苏冉 博士 助理研究员（2018-）
　　彭齐 博士 助理研究员（2019-）

　在读研究生
　　徐欣 硕转博（2016-）
　　马珂珂 硕转博（2016-）
　　关佳威 硕转博（2016-）
　　贾明珠 博士生（2017-）
　　丛龙飞 硕转博（2017-）
　　白玉 博士生（2017-）
　　赵静茹 硕士生（2017-）
　　苏佳岐 硕士生（2017-）
　　贺少帅 硕士生（2017-）
　　马超 博士生（2018-）
　　刘振阳 硕士生（2018-）
　　刘倩女 硕士生（2018-）
　　庞尔琪 硕士生（2018-）
　　熊江然 硕士生（2018-）
　　杨薇 博士生（2019-）
　　景佳美 博士生（2019-）
　　朱诗艳 博士生（2019-）
　　孙岩 博士生（2019-）
　　杨金蕾 硕士生（2019-）
　　蒯璐 硕士生（2019-）
　　刘晓倩 硕士生（2019-）
　　苏宝玲 硕士生（2019-）

　客座人员
　　陈俊森 硕士生（武汉大学，2018-）
　　邵彤 博士生（吉林大学，2017-）

　已毕业学生
　　段文倩 博士生（2015-2018）
　　彭齐 博士生（2016-2019）
　　李志腾 博士生（2016-2019）
　　刘雨骞 硕士生（2016-2019）



代表性论文
　　
　　1.Peng Q#, LiuYQ#, Peng RC#, Wang M, Yang W, Song H, Chen YH, Liu S, Han M, Zhang XZ, Wang PY, Yan JH, Zhang BC, Qi JX, Deng T, Gao*GF, Shi Y*. Structural insight into RNA synthesis by influenza D polymerase.Nature Microbiology.4(10): 1750-1759.
　　2.Ruchao Peng#, Zhiteng Li#, Ying Xu#, Shaoshuai He, Qi Peng, Lian-ao Wu, Ying Wu, Jianxun Qi, Peiyi Wang, Yi Shi*, George F. Gao*. 2019. Structural insight into multistage inhibition ofCRISPRCas12a by AcrVA4. PNAS. 116 (38): 18928-18936.
　　3.Sheng Liu, Yuzi Luo, Yajuan Wang, Shihua Li, Zhennan Zhao, Yuhai Bi, Junqing Sun, Ruchao Peng,Hao Song, Dongjie Zhu, Yuan Sun, Su Li, Li Zhang, Wei Wang, Yeping Sun, Jianxun Qi,Jinghua Yan, Yi Shi*, Xinzheng Zhang*,Peiyi Wang*,Hua-Ji Qiu*,George F. Gao*. 2019. Cryo-EM Structure of the African Swine Fever Virus. Cell Host & Microbe. 26. 836-843.
　　4.Zhu B, Shen J, Zhao T, Jiang H, Ma T, Zhang J, Dang L, Gao N, Hu Y, Shi* Y, Sun* S. 2019. Intact Glycopeptide Analysis of Influenza A/H1N1/09 Neuraminidase Revealing the Effects of Host and Glycosite Location on Site-Specific Glycan Structures. Proteomics.19(3): e**.
　　5.Shi*Y, Dai L, Song H, Gao* GF. 2018. Structures of Zika Virus E & NS1: Relations with Virus Infection and Host Immune Responses. Advances in Experimental Medicine and Biology.1062: 77-87.
　　6.Huang* KA, Rijal P, Jiang H, Wang B, Schimanski L, Dong T, Liu Y, Chang P, Iqbal M, Wang M, Chen Z, Song R, Huang C, Yang J, Qi J, Lin T, Li A, Powell TJ, Jan J, Ma C, Gao* GF,Shi* Y, Townsend* AR. 2018. Structure-function analysis of neutralizing antibodies to H7N9 influenza from naturally infected humans. Nature Microbiology. 4(2).
　　7.LiQ#, Ma L#, Yi D#, Wang H, Wang J, Zhang Y, Guo Y, Li X, Zhou J*, Shi Y*, Gao FG, Cen S*.2018.Novel cyclo-peptides inhibit Ebola pseudotyped virus entry by targeting primed GP protein.Antiviral Research.155, 1-11.
　　8.Shi Y, Li S, Wu Q, Sun L, Zhang J, Pan N, Wang Q, Bi Y, An J, Lu X, Gao G. F., and Wang X. 2018. Vertical Transmission of the Zika Virus Causes Neurological Disorders in Mouse Offspring.Sci Rep.83541.
　　9.Li X#, Yang F#, Hu X#, Tan F#, Qi J, Peng R, Wang M, Chai Y, Hao L, Deng J, Bai C, Wang J, Song H, Tan S, Lu G, Gao GF, Shi*Y, Tian*K. 2017. Two classes of protective antibodies against Pseudorabies virus variant glycoprotein B: Implications for vaccine design. PLOS Pathog.13(12): e**.
　　10.Shi*Y, Gao*GF. 2017. Structural biology of the Zika virus. Trends Biochem Sci.42(6):443–456.
　　11.Yuan Y#, Cao D#, Zhang Y#, Ma J#, Qi J, Wang Q, Lu G, Wu Y, Yan J, Shi*Y, Zhang*X, Gao*GF. 2017. Cryo-EM structures of MERS-CoV and SARS-CoV spike glycoproteins reveal the dynamic receptor binding domains. Nat Commun. 8:15092.
　　12.Duan W#, Song H#, Wang H, Chai Y, Su C, Qi J, Shi*Y, Gao*GF. 2017. The crystal structure of Zika virus NS5 reveals conserved drug targets. EMBO J.36: 919–933.
　　Shi Y, Ai Kawana-Tachikawa, Gao F, Qi J, Liu C, Gao J, Cheng H, Ueno T, Iwamoto A, Gao*GF. 2017. Conserved Vδ1 Binding Geometry in a Setting of Locus-Disparate pHLA Recognition by δ/αβ T Cell Receptors (TCRs): Insight into Recognition of HIV Peptides by TCRs. J Virol.91(17): e00725-17.
　　13.Han X, Qi J, Song H, Wang Q, Zhang Y, Wu Y, Lu G, Kwok-Yung Yuen, Shi* Y, Gao* GF. 2017. Structure of the S1 subunit C-terminal domain from bat-derived coronavirus HKU5 spike protein. Virology. 507:101-109.
　　14.Xu X#, Song H#, Qi J, Liu Y, Wang H, Su C, Shi* Y, Gao* GF. 2016. Contribution of intertwined loop to membrane association revealed by Zika virus full-length NS1 structure. The EMBO Journal.35(20):2170–2178.
　　15.Song H, Qi J, Haywood J, Shi* Y, Gao* GF. 2016. Zika virus NS1 structure reveals diversity of electrostatic surfaces among flaviviruses. Nat Struct Mol Biol.(5):456-8.
　　Wang H#, Shi Y#, Song J#, Qi J#, Lu G, Yan J, Gao* GF. 2016. Ebola viral glycoprotein bound to its endosomal receptor Niemann-Pick C1. Cell.164(1-2):258-68.
　　16.Bi* Y, Wong G, Liu Y, Liu L, Gao GF, Shi* Y. 2016. Ribavirin is effective against drug-resistant H7N9 influenza virus infections. Protein & Cell.7(8): 611-614.
　　17.Shi* Y, Wu Y, Zhang W, Qi J, Gao* GF. 2014. Enabling the 'host jump': structural determinants of receptor-binding specificity in influenza A viruses. NatRev Microbiol.12:822-31.
　　18.Shi Y#, Zhang W#, Wang F#, Qi J#, Wu Y#, Song H, Gao F, Bi Y, Zhang Y, Fan Z, Qin C, Sun H, Liu J, Haywood J, Liu W, Gong W, Wang D, Shu Y, Wang Y, Yan J, Gao* GF. 2013. Structures and Receptor Binding of Hemagglutinins from Human-Infecting H7N9 Influenza Viruses. Science342:243-247.
　　19.Zhang W#, Shi Y#, Lu X, Shu Y, Qi J, Gao* GF. 2013. An airborne transmissible avian influenza H5 hemagglutinin seen at the atomic level. Science340:1463-1467.
　　20.Liu D, Shi W, Shi Y, Wang D, Xiao H, Li W, Bi Y, Wu Y, Li X, Yan J, Liu W, Zhao G, Yang W, Wang Y, Ma J, Shu* Y, Lei* F, Gao* GF. 2013. Origin and diversity of novel avian influenza A H7N9 viruses causing human infection: phylogenetic, structural, and coalescent analyses. Lancet.381:1926-1932.
　　21.Sun X#, Shi Y#, Lu X, He J, Gao F, Yan J, Qi J, Gao* GF. 2013. Bat-derived influenza hemagglutinin H17 does not bind canonical avian or human receptors and most likely uses a unique entry mechanism. Cell Rep.3:769-778.
　　Zhang W#, Shi Y#, Qi J, Gao F, Li Q, Fan Z, Yan J, Gao* GF. 2013. Molecular basis of the receptor binding specificity switch of the hemagglutinins from both the 1918 and 2009 pandemic influenza A viruses by a D225G substitution. J Virol.87:5949-5958.
22.Shi Y, Qi J, Iwamoto A, Gao* GF. 2011. Plasticity of human CD8alphaalpha binding to peptide-HLA-A*2402. Mol Immunol.48(15-16): 2198-2202.



研究中代表性图片


流感病毒聚合酶调控RNA合成机制

沙粒病毒聚合酶结构及工作机制



　申请专利

　　1、施一、高福、王小艳、王敏、宋豪、苏朝、苏佳岐；一种寨卡病毒小分子抑制剂；申请号：2.0
　　2、高福、施一；一种针对T细胞受体可变区特异性单抗的制备方法；申请号：ZL0.3
　　3、施一、谭文杰、王敏、叶飞、彭齐、黄保英、王文玲、苏佳岐、孙岩、赵静茹、袁斌、白苏冉；卡泊芬净在制备抑制冠状病毒的产品中的应用；申请号：4.6


　参编专著

　　1、《免疫学前沿进展》
　　人民卫生出版社，2017.4
　　2、《寨卡病毒与寨卡病毒病》
　　人民卫生出版社，2019.5