城市与区域生态国家重点实验室是2006年在中国科学院系统生态重点实验室基础上筹建的。实验室是我国生态学领域的第一个国家重点实验室。实验室的研究方向是面向国际生态学前沿和国家生态安全需求，以城市与区域生态系统为对象，开展人类活动对生态系统结构-功能-过程的影响机制及其调控机理研究，发展复合生态系统生态学的理论与方法，为解决我国重要生态环境问题、促进城市与区域的可持续发展提供科学基础与技术支持。

　　实验室一直坚持大力培养和择优引进相结合的人才队伍建设原则，凝聚了一批在国内外具有重要学术影响的生态学家，形成了一支具有创新和竞争能力的城市与区域生态系统研究团队。实验室现有固定研究人员38人，其中院士1名，研究员11名，副研究员13名。实验室以青年人为主，45岁以下的科研人员占全室职工的89%。

　　自1986建室以来，获得国家及省部级科技奖励30项，其中获国家自然科学二等奖1项，国家科技进步一等奖、二等奖和三等奖共4项，省部级科技进步一等奖、二等奖和三等奖共25项。建室以来，共发表论文1200多篇，出版专著100余部。已成为我国城市、区域生态学与可持续发展理论、方法和模式的研究中心和人才培养基地。实验室在研究实践中逐步形成了如下优势和特色。

　　以城市和区域生态系统为对象，开展复合生态系统的创新性研究：实验室是国内外最早以人类活动为主体的复合生态系统为研究对象的实验室，开拓了我国城市生态学研究，独立提出社会－经济－自然复合生态系统理论，揭示了我国城市生态系统结构、过程与演化规律，以及区域景观格局与过程的相互作用机制，并应用于不同尺度城市与区域生态系统的可持续发展研究中。

　　围绕国家重大生态环境问题进行综合研究：实验室根据我国生态环境问题形成的复杂性，将自然过程与社会经济过程的相互作用联接起来开展跨学科的综合研究，并取得重要成果，如酸沉降的生态环境效应与对策研究、中国水生态安全研究、黄土高原土地可持续利用、生态环境区划、生物多样性保护和自然保护区规划和管理政策等研究等课题中均取得良好的成效。

　　面向国家可持续发展开展战略研究：围绕我国生态环境与社会经济重大问题开展研究，为国家及区域可持续发展战略提供理论依据。规划并指导了我国第一个生态县、生态市、生态省的建设，在理论上阐明了生态县、生态市、生态省的内涵与实施途径，直接推动了我国可持续发展的理论研究和实践，为我国实施可持续发展战略探索了新的模式。还为国家一些重大发展战略和工程，如西部开发战略的制定、西部大开发中生态建设、南水北调、西气东输的生态保护等提供了理论支持和对策，取得巨大的社会效益。作为主要研究机构参与了联合国环境与发展委员会的《我们共同的未来》，《中国二十一世纪议程》及《中国可持续发展国家报告》等重要报告的编写，为我国可持续发展战略的制定与实施提供了理论支撑。