经国务院学位委员会批准，中国科学院生态环境研究中心拥有环境科学、环境工程、生态学、环境经济与环境管理的博士学位授予权，具有环境科学、环境工程、生态学、环境经济与环境管理、分析化学、人口资源与环境经济学、有机化学的硕士学位授予权，设有环境科学与工程、生物学博士后流动站。1995年由国务院批准试行博士生导师自行审批制度，1998年被评为中国科学院博士研究生教育重点培养基地。2003年在教育部环境科学与工程学科评估中名列前茅。

　　自1978年恢复招收研究生以来，中国科学院生态环境研究中心共招收研究生1588名，其中硕士研究生658名，博士研究生930名；已授硕士学位346人，授博士学位524人；目前在读博士研究生316名，在读硕士研究生158名。自2004年开始招收留学生，目前有分别来自德国、瑞典、埃及、巴基斯坦的留学生5人。通过接收免试推荐的优秀本科生、实行硕博连读、加强对博士学位论文的管理、与国外联合培养等措施，为国家培养了一批生态与环境科学研究人才，为我国社会经济的持续发展和环境保护事业做出了贡献。

　　自1990年以来，3名毕业生荣获全国“百篇”优秀博士学位论文，2名毕业生获中科院院长奖学金特别奖，6名毕业生入选中科院优秀博士学位论文，共有159人次获得中科院院长奖学金和冠名奖等各类奖励和表彰，更多学长在各自的工作领域内成为了佼佼者，令后辈晚学羡慕不已。