环境微生物与生物技术研究中心将继承研究所过去取得的成绩，继续发挥已有的学科优势，并扩展研究和应用领域，在工农业污染物的微生物处理、土壤和水体环境微生物生态、微生物在自然界物质元素循环等方面开展基础和应用基础研究，积极承担国家、科学院和地方的科研任务，为环境微生物学和环境生物技术的发展，做出重要的贡献。