(天津大学计算机科学与技术学院 天津 300072) (天津市认知计算与应用重点实验室(天津大学) 天津 300072) (hongshunlee@foxmail.com)
出版日期: 2018-01-01基金资助:国家自然科学基金项目(61930007)；国家“八六三”高技术研究发展计划基金项目(2015BA3005)；国家“九七三”重点基础研究发展计划基金项目 (2013CB32930X)A Deep Learning Model for Predicting RNA-Binding Proteins Only from Primary Sequences
Li Hongshun, Yu Hua, Gong Xiujun(School of Computer Science and Technology, Tianjin University, Tianjin 300072) (Tianjin Key Laboratory of Cognitive Computing and Application (Tianjin University), Tianjin 300072)
Online: 2018-01-01摘要/Abstract
摘要： RNA结合蛋白在选择性剪贴、RNA编辑及甲基化等多种生物功能中发挥非常重要的作用，从氨基酸序列预测这些蛋白的功能成为基因组功能注释领域的重要挑战之一. 传统的预测方法往往从序列中提取氨基酸的理化特性作为初始特征，忽略了motif及motif之间的位置信息，同时由于训练数据规模小、噪声大，导致预测的精度及可信度降低. 在此提出了一种从序列预测RNA结合蛋白的深度学习模型. 该模型利用2阶段卷积神经网络探测蛋白质序列的功能域，利用长短期记忆网络获得序列的定长特征表示并且能够学习到功能域之间的长短期依赖关系.预测算法中所用到的特征均是通过“学习”自动获得，克服了传统机器学习中特征选择过程过多的人工干预. 实验结果表明:模型在处理大规模序列数据时具有明显的优势.
参考文献
相关文章 15
| [1] | 吴宗友, 白昆龙, 杨林蕊, 王仪琦, 田英杰. 电子病历文本挖掘研究综述[J]. 计算机研究与发展, 2021, 58(3): 513-527. |
| [2] | 廖海斌, 徐斌. 基于性别和年龄因子分析的鲁棒性人脸表情识别[J]. 计算机研究与发展, 2021, 58(3): 528-538. |
| [3] | 付章杰, 李恩露, 程旭, 黄永峰, 胡雨婷. 基于深度学习的图像隐写研究进展[J]. 计算机研究与发展, 2021, 58(3): 548-568. |
| [4] | 古天龙, 冯旋, 李龙, 包旭光, 李云辉. 基于社会新闻数据集的伦理行为判别方法[J]. 计算机研究与发展, 2021, 58(2): 253-263. |
| [5] | 陈晋音, 陈奕芃, 陈一鸣, 郑海斌, 纪守领, 时杰, 程瑶. 面向深度学习的公平性研究综述[J]. 计算机研究与发展, 2021, 58(2): 264-280. |
| [6] | 李金鹏, 张闯, 陈小军, 胡玥, 廖鹏程. 自动文本摘要研究综述[J]. 计算机研究与发展, 2021, 58(1): 1-21. |
| [7] | 孟子尧, 谷雪, 梁艳春, 许东, 吴春国. 深度神经架构搜索综述[J]. 计算机研究与发展, 2021, 58(1): 22-33. |
| [8] | 朱泓睿, 元国军, 姚成吉, 谭光明, 王展, 户忠哲, 张晓扬, 安学军. 分布式深度学习训练网络综述[J]. 计算机研究与发展, 2021, 58(1): 98-115. |
| [9] | 林培光, 周佳倩, 温玉莲. SCONV：一种基于情感分析的金融市场趋势预测方法[J]. 计算机研究与发展, 2020, 57(8): 1769-1778. |
| [10] | 李若南, 李金宝. 一种无源被动室内区域定位方法的研究[J]. 计算机研究与发展, 2020, 57(7): 1381-1392. |
| [11] | 李冬梅, 张扬, 李东远, 林丹琼. 实体关系抽取方法研究综述[J]. 计算机研究与发展, 2020, 57(7): 1424-1448. |
| [12] | 邢新颖, 冀俊忠, 姚垚. 基于自适应多任务卷积神经网络的脑网络分类方法[J]. 计算机研究与发展, 2020, 57(7): 1449-1459. |
| [13] | 胡超文, 邬昌兴, 杨亚连. 基于扩展的S-LSTM的文本蕴含识别[J]. 计算机研究与发展, 2020, 57(7): 1481-1489. |
| [14] | 于海涛, 杨小汕, 徐常胜. 基于多模态输入的对抗式视频生成方法[J]. 计算机研究与发展, 2020, 57(7): 1522-1530. |
| [15] | 王庆林, 李东升, 梅松竹, 赖志权, 窦勇. 面向飞腾多核处理器的Winograd快速卷积算法优化[J]. 计算机研究与发展, 2020, 57(6): 1140-1151. |
PDF全文下载地址:
https://crad.ict.ac.cn/CN/article/downloadArticleFile.do?attachType=PDF&id=3606
