中国社会科学院历史研究所由原中国科学院历史研究所第一所、第二所合并而成；历史研究所第一所、第二所成立于1954年。
　　
　　历史研究所第一所主要研究对象为中国原始社会、奴隶社会和魏晋南北朝以前封建社会的历史，所长由郭沫若同志兼任，尹达同志任副所长。历史研究所第二所主要研究隋唐以后到1840年以前中国封建社会史，所长由陈垣同志兼任，副所长为侯外庐、向达、熊德基同志。
　　
　　1954年建所时，一、二两所全部人员仅有63人，其中研究人员20人，包括研究员3人、副研究员2人、研究实习员15人，其他为业务辅助人员和党政后勤人员。一所设先秦史、秦汉魏晋南北朝史两个研究组，二所设隋唐史、元蒙史、明清史、思想史四个研究组。1954年创刊、由郭沫若同志任编委会主任的《历史研究》（主编尹达、副主编刘大年）编辑部，最初也设在一所，同时编辑出版《史学译丛》。
　　
　　历史研究所第一所和第二所创建初期，筚路蓝缕，条件十分困难。由于有关领导部门的支持，很快调集了一批著名的史学家来所工作。如一所的顾颉刚、杨向奎、胡厚宣、张政烺先生，二所的贺昌群、谢国桢、王毓铨先生。他们当中除顾先生和谢先生较为年长之外，其他几位先生来所时都还是年富力强的中年学者。当时，所领导和这些著名的史学家在购置图书和培养青年同志方面花了许多精力。在采购图书的同时，还收购了一大批家谱、族谱和徽州地区的契约文书。历史研究所图书馆的藏书能有现在的规模，得益于建所初期重视图书资料的基本建设。
　　
　　1956年，历史研究所第一所、第二所分别成立了学术委员会。第一所的学术委员会委员是：尹达、吕振羽、尚钺、周一良、周谷城、唐兰、唐长孺、徐中舒、郭沫若、张政烺、杨向奎、邓拓、翦伯赞、顾颉刚、胡厚宣。第二所的学术委员会委员是：白寿彝、向达、吴晗、李俨、吕振羽、陈垣、陈乐素、侯外庐、唐长孺、翁独健、贺昌群、冯家升、傅乐焕、邓拓、邓广铭、郑天挺、韩儒林。1960年2月26日经中央批准，第一所、第二所合并为历史研究所，所长仍由郭沫若同志兼任，尹达、侯外庐同志任副所长。之后，熊德基、白天、东光同志也先后担任了副所长。这时各类人员总数已经增加到169人，其中包括研究员5人、副研究员10人、助理研究员8人、研究实习员60人、编辑14人、翻译9人。截至1966年，全所总人数达189人，有研究员8人、副研究员6人、助理研究员41人、研究实习员74人。
　　
　　从1958年起，历史研究所的科研工作有所进展。几个大型的科研项目陆续上马，其中有：
　　郭沫若主编的《中国史稿》（古代史部分），1958年开始编写，1962、1963年先后由人民出版社印出第一、第二两册，作为高等学校历史系的试用教材。
　　侯外庐主编的《中国思想通史》。这部著作的第一、二、三、五卷早已出版，这一时期除完成这四卷的修订工作外，还完成了第四卷（分上、下册）的编撰，并于1960年出版。
　　此外，我所还先后派出研究人员参加全国少数民族的社会调查、西藏历史文物考察、中国历史博物馆的筹建工作，以及《中国历史地图集》的编制工作。同时，在杨向奎先生主持下，明清史室的研究人员还对曲阜孔府档案和乾隆刑科题本进行整理，为明清史研究工作的开展积累了一批珍贵的资料。这两项工作分别得到山东省曲阜文物管理委员会和国家档案馆的大力支持。

　　1966年开始的“文化大革命”，给党、国家和各族人民带来了严重灾难。十年内乱期间，历史研究所正常的研究工作完全陷于停顿。少数同志曾参加了由其他单位主持的古籍和文物整理工作，如二十四史标点、马王堆汉墓帛书等的整理工作，作出了一定的贡献。
　　
　　“文化大革命”结束以后，我国的社会主义建设事业得到了迅速的发展，历史研究所的工作也进入了一个新阶段。特别是在党的十一届三中全会以后，历史研究所和全国一样，经过拨乱反正，贯彻了实事求是的思想路线，出现了安定团结的政治局面，研究工作的面貌焕然一新。学术讨论空气十分活跃，刻苦钻研蔚然成风，研究成果无论从质量还是数量来说，都超过了前二十五年。
　　
　　1977年，中国社会科学院成立，历史研究所成为中国社会科学院的下属机构之一。侯外庐、尹达、熊德基等继续担任所领导工作，1978年所领导班子增加了副所长梁寒冰、林甘泉和党委书记马建民、副书记吴友文。1980年10月，侯外庐任所长。1982年所领导班子进行了调整，几位老同志退居二线。侯外庐任名誉所长，尹达任顾问，林甘泉任所长，郦家驹、陈高华任副所长；梁寒冰任分党组书记，林甘泉任副书记。1984年梁寒冰任顾问，林甘泉任分党组书记，李经元任分党组副书记。从1985年至今，所领导班子又调整了几次：1985－1988年，由林甘泉任分党组书记兼所长，李经元任分党组副书记，李学勤、陈高华、周年昌任副所长；1988－1991年，陈高华任所长，周年昌、李祖德、张弓任副所长。1991年以来，领导体制改为党委领导下的所长负责制。1991－1993年，由林甘泉任党委书记，卢钟锋任党委副书记，李学勤任所长，周年昌、李祖德、李新达任副所长。1993年调整所领导班子，由卢钟锋任党委书记，李新达任党委副书记，所长为李学勤，副所长为李新达（兼）、童超、陈祖武。1997年李新达调离，刘荣军任党委副书记、副所长。1998年所行政领导班子调整，陈祖武任所长，卢钟锋（兼）、刘荣军（兼）、辛德勇任副所长。1999年所党委换届选举，党委书记为卢钟锋，副书记为刘荣军。2000年卢钟锋不再担任党委书记、副所长，2001年刘荣军任党委书记。2002年院党组决定历史研究所和郭沫若纪念馆合并，并任命郭平英为副所长。截至2004年7月全所共有在职人员126人，其中研究员（含相当职称）34人，副研究员（含相当职称）43人；离退休人员129人。经过学科调整，研究所下设五个断代史研究室、六个专门史研究室和四个研究中心，以及《中国史研究》编辑部和图书馆。
　　
　　我所主办的《中国史研究》杂志创刊于1979年，为季刊，是刊载中国古代史及史学理论研究成果的专门性学术刊物。目前已出版102期。为国内外中国古代史研究领域公认的权威刊物。中外学术界研究中国古代史情况的《中国史研究动态》，也创刊于1979年，为月刊，已出版310期。
　　
　　历史研究所图书馆拥有各类图书杂志60余万册（件），其中善本书有3800余种，近5万册，收藏之丰富为国内外同类专业图书馆中所少有。
　　
　　自1977年以来，历史研究所完成的重大科研项目有：《中国史稿》（1－7册）、《中国古代社会生活史》（先秦、魏晋南北朝、隋唐五代、辽宋西夏金、元等分册）、《中国军事制度史》（6卷本）、《甲骨文合集》（1－13册）、《甲骨文合集释文》、《甲骨学一百年》、《甲骨文合集补编》、《唐代文化》、《清代全史》（10卷）、《清代人物传稿》（上编1－8卷）、《宋明理学史》（上、下卷）、《中国经学思想史》（第一、二卷）、《中国古代文明与国家形成研究》、《中国古代服饰研究》、《徽州千年契约文书》（40卷）、《英藏敦煌文书》（14卷）、《英国所藏甲骨集》、《居延新简》、《尹湾汉墓简牍》等。我所人员还参加了《中国大百科全书·中国历史卷》、《中国历史大辞典》的组织和编写工作及《中国历史地图集》的编绘工作。目前正在进行的大型科研项目有《中国历史的发展道路》、《殷商史》、《乾嘉学派研究》、《中国历代自然灾害及其对策研究》、《中国经学思想史》（第三、四卷）、《礼与中国古代社会》等。
　　
　　1977年以来，历史研究所有多项科研成果获得部级以上奖项，其中，中国社会科学院优秀科研成果奖37项，国家图书奖3项，五个一工程奖1项，首届国家社科基金优秀科研成果奖1项，中国科学院自然科学优秀成果奖1项，吴玉章基金委员会历史学特别奖1项，郭沫若中国历史学奖1项，胡绳青年学术奖1项。另外，还有多项成果获得了国家古籍整理奖、中国图书奖和省市一级的奖项。
　　
　　随着我国对外实行开放政策，1978年以来，历史研究所的对外学术交流工作，也出现了前所未有的新形势。据不完全统计，截至2004年上半年，历史所共接待来访的境外学者近500人次，他们分别来自日本、美国、英国、德国、澳大利亚、加拿大、法国、意大利、荷兰、俄罗斯、韩国、新加坡、越南等国及香港、澳门、台湾地区。本所出境参加国际会议、进行学术访问、讲学、考察和研修的学者近500人次。1995年1月，由历史研究所主办在海口成功举行了《首届国际汉学研讨会》；1999年8月，历史研究所又与考古研究所、中国殷商文化学会、安阳市政府、香港中文大学中国文化研究所等单位在安阳共同举办了《纪念甲骨文发现一百周年国际学术研讨会》；2001年8月，与故宫博物院联合主办《清代政治变革与社会发展国际学术研讨会》（北京），与中国史学会、长沙市人民政府联合主办《长沙三国吴简暨百年来简帛发现与研究国际学术研讨会》（长沙）；2003年12月，中国社会科学院主办、历史研究所与浙江省社会科学联合会等单位在宁波联合承办《明清浙东学术文化国际研讨会》。通过国际学术交流，使我们对国际汉学研究的历史与现状，对国外的史学理论和史学方法论，都有了更多的了解。中外学者的直接接触，加深了彼此的友谊，对于历史研究所的研究工作也起了一定的促进作用。1994年以来，历史研究所还开展了以学术月会为载体由研究室承办的学术研讨活动及以青年学者为主角的青年学术沙龙（后改称中古史学术研讨会）。两种学术研讨都已分别开展活动近50次。全所规模的马克思主义理论研讨会和学术动态研讨会从1996年至2003年每年召开一次，共举办了8次。这些形式多样的学术活动不仅活跃了学术空气，营造了较好的学术氛围，对于学术研究的深入、研究室的学科建设及人才的培养起到了重要的作用。
　　
　　1978年，中国社会科学院研究生院成立，研究生院下设历史系，由院、所双重领导。历史系的导师，主要由所内研究人员担任。历史研究所研究人员中经国务院学位委员会批准为博士生导师的有35人（含兼职1人，内5人已去世）。自1978年以来，共招收研究生170人，已毕业134人，其中获得博士学位37人，获得硕士学位97人；目前在校36人，其中外国留学生8人。
　　
　　五十年来，经过全所同仁一代又一代的努力，历史所的科研和各方面的工作都取得了丰硕的成果。这些成果的取得与党和国家的关怀、中国社会科学院的领导、全国史学界以及各方面的支持是分不开的。在未来的发展中，历史所将继承前辈学者的优良学风，传承中华民族的优秀文化传统，落实党和国家繁荣发展哲学社会科学的要求，为中国历史科学的发展，为祖国社会主义现代化建设做出更大的贡献。