李国辉 男 博导 大连化学物理研究所
电子邮件：ghli@dicp.ac.cn
通信地址：大连市中山路457号
邮政编码：116023


研究领域欢迎访问分子模拟与设计实验室主页：
www.combio.dicp.ac.cn/

（1）分子模拟与设计的理论计算方法发展
（2）生命科学、生物能源以及生物医药中涉及到的生物分子结构建模、动态行为与识别以及催化反应机理的理论计算研究
（3）基于各种生物学实验数据的生物系统建模、动态模拟和性能优化

理论与计算物理；理论与计算化学；理论与计算生物学
药物发现与设计；蛋白质改造与设计
复杂生物系统网络构建、动态模拟与性能优化
招生信息“分子模拟与设计”课题组学术气氛宽松、活跃，拥有一流的计算平台（包括千余核的CPU和最新的GPU）、注重结合学生特长展开相应的课题研究和指导、鼓励研究生积极提出大胆创新想法和学科交叉、开展基础与应用研究并举。师生关系密切、待遇优良，学生毕业后将有机会被推荐到美国一流研究机构进一步深造。欢迎对科研有浓厚兴趣的有物理、化学、生物学等背景的优秀大学生到“分子模拟与设计”课题组访问、从事暑期实习、毕业设计和（保）读研！

招生专业 物理化学（含：化学物理）
原子与分子物理
生物信息学

招生方向 理论与计算物理，理论与计算化学，计算生物学
药物、蛋白质发现与设计
复杂生物系统建模、动态模拟与性能优化
教育背景 1997-09--2000-07 中科院大连化学物理研究所 理学博士学位
1994-09--1997-07 辽宁师范大学物理系 理学硕士学位
1990-09--1994-07 辽宁师范大学物理系 理学学士学位


学历

学位
工作经历2009.3-至今：中科院大连化学物理研究所 百人计划择优支持、研究员、分子模拟与设计课题组组长
2007.1-至今: 美国新墨西哥大学兼职教授
2006.3-2009.3: Biogen Idec Inc. 研究科学家，蛋白质工程，化学药物开发，蛋白质改造和药物发现与设计的新方法开发
2004.1-2006.3: 哈佛大学医学院 Research Fellow，开发了跨膜蛋白质结构预测的新方法
2001.9-2004.1: 美国威斯康辛大学-麦迪逊分校 Research Associate，提出了新的QM/MM计算方案，可以准确描述生物大分子与配体识别及反应过程的自由能变化，设计了全新的计算方法，可以在任意一台计算机上多尺度研究任意生物大分子体系的柔性及构象变化
2000.9-2001.9: 美国新墨西哥大学博士后，提出和发展了一种快速而准确地计算分子超精细光谱的理论方法


教授课程 分子模拟与设计、 Seminar II 考核
专利与奖励

专利成果 （1） 基于结构、统计势及分子碎片生长的蛋白质功能预测方法，发明，2010，第1作者，专利号：**8.9
（2） 酵母转录因子结合位点预测软件 ，发明，2010，第1作者，专利号：2010R11L138207
（3） 基于统计势的分子碎片生长方案的全新分子设计方法软件 ，发明，2010，第1作者，专利号：2010R11L138200

出版信息

发表论文 （1） Identification, Characterization and Epitope Mapping of a Human Monoclonal Antibody J19 that Specifically Recognizes the Activated Integrin α4β7，J. Biological Chemistry，2012，第5作者
（2） Modular Pathway Engineering of Diterpenoid Synthases and the Mevalonic Acid Pathway for Miltiradiene Production.，J. Am. Chem. Soc.，2012，第5作者
（3） Computational Studies of Difference in Binding Modes of Peptide and Non-peptide inhibitors to MDM2/MDMX Based on Molecular Dynamics Simulation，Int. J. Mol. Sci.，2012，通讯作者
（4） Investigation of Family 18 Chitinases and Inhibitors by Computer-aided Approaches.，CURRENT DRUG TARGETS，2012，通讯作者
（5） Gay-Berne and Electrostatic Multipole based Coarse Grained Model and Application with Polyalanine in Implicit Solvent，J. Chem. Phys.，2011，通讯作者
（6） Fast and Accurate Computation Scheme for Vibrational Entropy of Proteins. ，J. Comp. Chem.，2011，通讯作者
（7） Velocity-scaling optimized replica exchange molecular dynamics of proteins in a hybrid explicit /implicit solvent，J. Chem. Phys.，2011，通讯作者
（8） How Does Influenza Virus A Escape from Amantadine，JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B，2010，第5作者
（9） Structural understanding of stabilization patterns in engineered bispecific Ig-like antibody molecules，PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS，2009，第4作者
（10） Trypsin-Ligand Binding Free Energies from Explicit and Implicit Solvent Simulations with Polarizable Potentia.，JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY，2009，第4作者


发表著作 （1） 大分子的正则振动分析：从酶活性位点到分子机器，Normal mode analysis of macromolecules: from enzyme active site to molecular machines，CRC ，2006-01，第1作者

科研活动

科研项目（1） 国家自然科学基金面上项目：
结合多尺度相互作用势和分子碎片生长方案 2011-01--2013-12
（2） 中科院百人计划择优 2011-01--2013-12
（3） 中科院外籍专家特聘研究员计划 2010-03--2010-06
（4） 国家高技术发展计划863项目：
针对生物医药行业的大规模并行应用软件系统 2010-01--2010-12
（5） 国家高技术发展计划863项目：
面向超级计算机的药物发现与蛋白质折叠算法及软件的研制，2012-01--2015-12
（6） 国家重点基础研究发展计划973项目：
微生物药物创新与优产的人工合成体系 2012.12--2016.12
（7） 国家自然科学基金青年基金：
离子液体对蛋白质结构、动力学特性及其功能影响机理的多尺度模拟2012.01.--2014.12.



指导学生现指导学生

彭向达 硕士研究生 070304-物理化学
----------------------在站博士后：1名
在读硕士生：5名
在读博士生（联合培养）：3名

已经毕业硕士生：5人
已经出站博士后：3人

实验室固定研究人员李欣 博士 副研究员
沈虎峻 博士 副研究员
楚慧郢 博士 助理研究员
吴旭东 博士 助理研究员
张鼎林 硕士 助理研究员