根据ESI数据库2019年3月14日（统计时间2008年1月1日—2018年12月31日）最新更新的数据分析结果显示，首都医科大学位列ESI学科全球排名628位，相比2019年1月排名，ESI学科全球排名提升6位。同时，位居中国大陆入围320个机构排名第32位，位居中国大陆独立医学院所入围51个机构排名第2位。

截至目前，我校共有7个学科进入ESI学科全球前1%，分别是临床医学、神经科学与行为学、药理学与毒理学、免疫学、生物学与生物化学、分子生物学与遗传学、社会科学总论。其中，临床医学位列ESI学科前1‰，神经科学与行为学、药理学与毒理学进入全球前5‰。与2019年1月排名相比，临床医学、药理学与毒理学、免疫学、生物学与生物化学、分子生物学与遗传学、社会科学的学科全球排名均有不同幅度上升，其中，分子生物学与遗传学、药理学与毒理学、免疫学3个学科全球排名提升幅度较大，分别提升11位、9位、8位。

基本科学指标数据库（Essential Science Indicators，简称ESI）是由世界著名学术信息出版机构美国科技信息所（ISI）于2001年推出的衡量科学研究绩效、跟踪科学发展趋势的基本分析评价工具，是基于科睿唯安公司旗下Web of Science（SCIE/SSCI）所收录的全球12000多种学术期刊1000多万条文献记录而建立的计量分析数据库，目前已成为世界范围内普遍用以评价高校、学术机构、国家/地区国际学术水平及影响力的重要评价指标工具之一。