跳枝碧桃花色性状的全基因组关联分析
陈丽, 薛良交, 李淑娴(
) 南京林业大学,南方现代林业协同创新中心,南京 210037
收稿日期:2020-11-24出版日期:2021-03-25发布日期:2021-04-02通讯作者:李淑娴E-mail:shuxianli@njfu.com.cn基金资助:国家自然科学基金项目(31270711)Genome-wide Association Study of Flower Color Trait in Prunus persicaf.versicolor
CHEN Li, XUE Liangjiao, LI Shuxian() Co-Innovation Center for the Sustainable Forestry in Southern China,Nanjing Forestry University,Nanjing 210037,China
Received:2020-11-24Online:2021-03-25Published:2021-04-02Contact:LI Shuxian E-mail:shuxianli@njfu.com.cn摘要/Abstract
摘要： 跳枝碧桃（Prunus persicaf. versicolor）在同一植株上可产生二色花和嵌合花,具有很高的观赏价值。以南京3个观赏桃集中分布区的57株跳枝碧桃为材料,利用简单重复序列（SSR）标记研究其遗传背景。通过PCR扩增,筛选出6对多态性引物,共计扩增出17个多态性条带,平均有效等位基因2.83个。SSR标记基因分型结果表明,供试材料可分为3种基因型,各采样地均具有2 ~ 3种基因型,同一植株的不同分枝基因型完全一致。基于基因分型结果,选取3种基因型跳枝碧桃各1株进行基因组重测序,结合公开发表的数据,进行位点变异分析,并构建系统发育树。结果显示3种基因型的跳枝碧桃聚在一个分支,其中B20、T3基因型与‘洒红桃’聚在一起,W5基因型相对独立。3种基因型的跳枝碧桃在起源上比较接近,但不同基因型之间存在一定的遗传差异。通过整合单核苷酸多态性（SNP）信息和花色表型开展全基因组关联分析（GWAS）,鉴定出5个SNP与花色跳枝性状显著关联（P值 < 10 -100）,均位于7号染色体。在显著SNP位点的邻近基因组区段发掘3个DICER-LIKE 2（DCL2）基因,揭示在桃树花色跳枝性状的形成中,依赖DCL2的表观遗传修饰途径可能发挥重要作用。
中图分类号:
S662.1
引用本文
陈丽, 薛良交, 李淑娴. 跳枝碧桃花色性状的全基因组关联分析[J]. 园艺学报, 2021, 48(3): 553-565.
CHEN Li, XUE Liangjiao, LI Shuxian. Genome-wide Association Study of Flower Color Trait in Prunus persicaf.versicolor[J]. Acta Horticulturae Sinica, 2021, 48(3): 553-565.
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