基于银杏花芽3个分化时期转录组测序的相关基因筛选与表达分析

何崇单1,2，蔡雨蒙2，李 萌1,2，董金金2，刘 伟2，王俊燚2，王义强1,2,*

1中南林业科技大学林业生物技术湖南省重点实验室，长沙 410004；2中南林业科技大学经济林培育与保护教育部重点实验室，长沙 410004

出版日期:2018-08-25发布日期:2018-08-25

Screening and Expression Analysis of Related Genes Based on Transcriptome Sequencing of Ginkgo Flower Buds at Three Differentiation Stages

HE Chongdan1,2，CAI Yumeng2，LI Meng1,2，DONG Jinjin2，LIU Wei2，WANG Junyi2，and WANG Yiqiang1,2,*

1Hunan Provincial Key Laboratory for Forestry Biotechnology，Central South University of Forestry and Technology，Changsha 410004，China；2Key Lab of Non-wood Forest Nurturing and Protection of National Ministry of Education Biotechnology Laboratory，Central South University of Forestry and Technology，Changsha 410004，China

Online:2018-08-25Published:2018-08-25

摘要/Abstract

摘要： 鉴定银杏花芽分化调控的关键基因，揭示银杏花芽分化调控的主要分子机制，为缩短银杏童期和选育银杏早花品种提供理论指导。本研究中采用高通量测序技术对银杏花芽分化3个时期（花芽未分化期、花芽分化始期、花芽分化盛期）的样品进行转录组测序，并分析数字表达谱，筛选开花调控相关基因并进行荧光定量PCR（RT-qPCR）表达验证。转录组测序共产生27.52 Gb原始数据，注释到8大功能数据库（GO、COG、KEGG、KOG、NR、Pfam、Swiss-Prot、eggNOG）上的 unigene 总数为35 179个。通过GO分类和KEGG Pathway 富集性分析，将unigene分别归于55个GO类别和126个代谢途径。差异表达基因分析显示，花芽未分化期较花芽分化始期有2 253个基因上调，2 032个基因下调；花芽分化始期较花芽分化盛期有1 770个基因上调，1 901个基因下调；花芽未分化期较花芽分化盛期有1 865 个基因上调，2 042个基因下调。发掘出大量的开花相关的基因涉及5个开花调控途径（光周期途径、春化途径、赤霉素途径、自主途径和年龄途径）。筛选出gene.Gb_17618（GI序列）、gene.Gb_19790（FT/TFL1序列）、gene.Gb_16301（AG序列）、gene.Gb_28337（花发育MADS-box序列）、gene.Gb_01884（SOC1序列）和gene.Gb_41704（CO序列）等6个银杏花芽分化差异表达关键基因序列，荧光定量PCR检测表达水平与转录组结果一致。
中图分类号:
S 664.3

引用本文

何崇单1,2，蔡雨蒙2，李 萌1,2，董金金2，刘 伟2，王俊燚2，王义强1,2,*. 基于银杏花芽3个分化时期转录组测序的相关基因筛选与表达分析[J]. 园艺学报, 2018, 45(8): 1479-1490.
HE Chongdan1,2，CAI Yumeng2，LI Meng1,2，DONG Jinjin2，LIU Wei2，WANG Junyi2，and WANG Yiqiang1,2,*. Screening and Expression Analysis of Related Genes Based on Transcriptome Sequencing of Ginkgo Flower Buds at Three Differentiation Stages[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2018, 45(8): 1479-1490.





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