人心果转录组De novo组装及奇可胶途径相关基因的分析

刘慧敏1，庆 军1，胡晶晶2，杜红岩1，乌云塔娜1,*

（1中国林业科学研究院经济林研究开发中心，郑州 450003；2懿奈（上海）生物科技有限公司，上海 200335）

出版日期:2018-07-25发布日期:2018-07-25

De novo Transcriptomes and Genes Involved in Chicle Biosynthesis of Manilkara zapota

LIU Huimin1，QING Jun1，HU Jingjing2，DU Hongyan1，and WUYUN Tana1,*

（1Non-timber Forestry Research and Development Center，Chinese Academy of Forestry，Zhengzhou 450003，China；2Inertia Shanghai Biotechnology Co.，Ltd.，Shanghai 200335，China）

Online:2018-07-25Published:2018-07-25

摘要/Abstract

摘要： 为了探索人心果（Manilkara zapota L.）的转录组及奇可胶合成相关的基因，使用Illumina测序平台，对人心果果实、树皮和叶片分别进行转录组测序，使用Trinity等软件进行De novo组装和注释以及计算表达量，采用实时荧光定量PCR对转录组数据进行验证。经过组装得到162 455条unigene，总长度达139 792 553 nt，平均长度达861 nt，N50达1 544 nt。通过与NR、NT、Swiss-Prot、KEGG、COG和GO等数据库比对，共计89 628条unigene得到注释。以组装出来的unigene作为参考序列，在人心果转录组中共鉴别出57 362个SSR位点，果实、叶片和树皮表达的基因中分别检测到99 925、65 989和129 109个SNP位点。在人心果转录组中共鉴别出105个与奇可胶合成相关的unigene，参与甲羟戊酸（MVA）途径的基因在果实和树皮中表达量较高，磷酸盐（MEP）途径中的基因则在叶片中的表达量较高，实时荧光定量PCR结果与转录组计算得到的表达量一致。初步推测MVA途径可能是奇可胶合成的主要途径。
中图分类号:
S 667.9

引用本文

刘慧敏1，庆 军1，胡晶晶2，杜红岩1，乌云塔娜1,*. 人心果转录组De novo组装及奇可胶途径相关基因的分析[J]. 园艺学报, 2018, 45(7): 1382-1392.
LIU Huimin1，QING Jun1，HU Jingjing2，DU Hongyan1，and WUYUN Tana1,*. De novo Transcriptomes and Genes Involved in Chicle Biosynthesis of Manilkara zapota [J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2018, 45(7): 1382-1392.





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