李属坏死环斑病毒辽宁桃树分离物基因组分析
李正男，张双纳，张尊平，范旭东，任 芳，胡国君，董雅凤*（中国农业科学院果树研究所，国家落叶果树脱毒中心，辽宁兴城 125100）
出版日期:2017-12-25发布日期:2017-12-25LI Zhengnan，ZHANG Shuangna，ZHANG Zunping，FAN Xudong，REN Fang，HU Guojun，and DONG Yafeng*
（National Center for Eliminating Viruses from Deciduous Fruit Tree，Research Institute of Pomology，Chinese Academy of Agricultural Sciences，Xingcheng，Liaoning 125100，China）
Online:2017-12-25Published:2017-12-25摘要/Abstract
摘要： 采用RT-PCR和RACE技术，克隆了李属坏死环斑病毒（Prunus necrotic ringspot virus，PNRSV）辽宁桃树分离物全长基因组。用Vector NTI Advance 11软件进行基因组结构注释。用SDTv.1.0软件分析该分离物与GenBank中公布的其他PNRSV分离物间的核酸一致性，并用MEGA5.0软件和RDP3软件对各PNRSV分离物进行系统发育分析和重组分析。结果显示：PNRSV辽宁桃树分离物基因组由3条正义单链RNA组成。RNA1由3 332个核苷酸构成，具有一个开放阅读框（nt 30 ~ 3 167），编码一个约117.0 kD的复制酶相关蛋白P1。RNA2由2 591个核苷酸构成，具有一个开放阅读框（nt 27 ~ 2 426），编码一个约99.0 kD的复制酶相关蛋白P2。RNA3由1 943个核苷酸构成，具有两个互不重叠的开放阅读框分别编码一个运动蛋白（nt 175 ~ 1 026）和一个外壳蛋白（nt 1 100 ~ 1 774），这两个开放阅读框的间隔区为73个核苷酸。PNRSV辽宁桃树分离物的RNA1、RNA2和RNA3与其他已经公布的PNRSV分离物间，核酸序列一致性分别为91.8% ~ 98.8%，93.3% ~ 99.2%和87.7% ~ 99.0%。基于RNA1、RNA2和RNA3全长序列构建的系统发育进化树，分别将已报道的PNRSV分离物划分为3个、2个和3个组，PNRSV辽宁桃树分离物分别属于RNA1Ⅰ组、RNA2Ⅰ组和PV96组。基于RNA1、RNA2和RNA3全长序列进行的重组分析表明各PNRSV分离物基因组间不存在重组。PNRSV辽宁桃树分离物基因组序列是世界首个来源于桃树的PV96组基因组序列。
中图分类号:
S 662.3
Q 939.46
引用本文
李正男，张双纳，张尊平，范旭东，任 芳，胡国君，董雅凤*. 李属坏死环斑病毒辽宁桃树分离物基因组分析[J]. 园艺学报, 2017, 44(12): 2275-2284.
LI Zhengnan，ZHANG Shuangna，ZHANG Zunping，FAN Xudong，REN Fang，HU Guojun，and DONG Yafeng*. [J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2017, 44(12): 2275-2284.
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