1959年，农田灌溉研究所由水电部北京水利科学研究院和中国农业科学院在北京组建，1963年迁到河南省新乡市，1970年下放到新乡市郊区，后由新乡地区水利局代管。1973年归河南省水利局领导，更名为河南省农田水利科学研究所，同时保留原名。1978年恢复中国农业科学院直属研究所建制，1979年原国家农委确定由农业部、水电部共同领导，三权归农业部。经过50年辛勤耕耘和探索，已经建成基础设施完备，研究方向鲜明，人才济济、硕果累累的国家级现代化研究所。