中国农业科学院上海兽医研究所的前身为中国农业科学院家畜血吸虫病研究室，成立于1964年10月。1982年2月更名为中国农科院上海家畜血吸虫病研究所。1989年7月更名为中国农科院上海家畜寄生虫病研究所。2006年3月更名为中国农业科学院上海兽医研究所，加挂中国动物卫生与流行病学中心上海分中心牌子。

　　研究所现有在职职工120人，其中科技人员102名，研究员15名、副研究员23名，硕士以上学历67名。研究所入选人事部百千万工程和神农计划2人、省部级中青年专家5人、上海领军人才2名；中国农科院一级岗位杰出人才2人，二级岗位杰出人才3人，三级岗位杰出人才8人；上海市闵行区领军人才和拔尖人才12名。

　　研究所从国家畜牧业发展战略的需求出发，主要开展动物传染病、动物寄生虫病和动物药物研究。现设有动物血吸虫病、寄生虫病、动物药学、猪传染病、禽传染病和兽医公共卫生等6个研究室。依托研究所建有国家家禽工程技术研究中心（上海）、国家防治动物血吸虫病专业实验室、农业部动物寄生虫学重点开放实验室、中国农业科学院动物源性食品安全研究中心和中国农业科学院兽药安全评价与兽药残留研究重点开放实验室，是中国农业科学院与上海市人民政府合作共建的上海国家动物医学研究中心的依托单位，是中国畜牧兽医学会兽医公共卫生学分会的挂靠单位。1981年研究所被国务院学位委员会批准为首批硕士学位培养点，1984年被批准为博士学位培养点，1999年建立博士后流动站，为国家培养高级农业科技专业人才。

　　研究所的主要研究领域是动物传染病、动物寄生虫病和兽用药物。目标是针对严重危害畜牧业生产的畜禽疫病和人畜共患病，开展前瞻性、关键性的预防控制技术及其基础理论研究。主要研究方向是：1、针对重大动物疫病及动物源性人兽共患病，研究病原分子流行病学、病原与宿主的相互作用及其分子致病与免疫机理；2、针对重要病原微生物，研制新一代基因工程疫苗；3、利用分子免疫学和生物技术研制动物疫病诊断技术及制剂；4、病毒、细菌和寄生虫感染与免疫的基础研究；5、病原细菌及寄生虫基因组学及蛋白组学研究；6、食源性微生物的流行病学及检测技术研究；7、抗细菌和寄生虫药物（包括化药、生药及中兽药）的开发应用研究；8、免疫佐剂及免疫增强剂的开发应用研究；9、miRNA在寄生虫、细菌和病毒感染及抗感染方面的作用研究。

　　建所以来获各项科研成果50余项，其中国家级2项；申报国家专利71项，其中获得国家发明专利16项；获得国家新兽药证书7项；出版专著47部，发表论文1200余篇。

　　研究所连续四届被卫生部、农业部、水利部授予全国血防先进集体称号，是历届上海市文明单位和中国农业科学院文明单位。

　　研究所将继续追踪国际动物医学发展前沿，加强科技创新，不断增强综合实力，努力发展成为国内一流、国际知名的国家动物医学科技创新中心、动物医学产业孵化中心、动物医学科技交流中心和国家动物医学高级专业人才培养基地，为推动我国动物医学科技进步作出新的更大的贡献。