农业部沼气科学研究所1979年经国务院批准成立，从1997年划归中国农业科学院领导。1981年中国政府与联合国开发计划署签订协议在农业部沼气科学研究所成立了“中国成都亚太区域沼气研究与培训中心”，简称BRTC（Asian-Pacific Biogas Research & Training Center）。目前研究所已发展成为集研究、技术开发、工程设计和培训为一体的、我国生物质能开发利用的国家级科研机构。拥有的建设部工程设计乙级证书；四川省环境污染防治工艺设计甲级书；四川省环境污染治理甲级证书；四川省建设厅承包环保工程二级证书等工程资质。转化平台有农业部能源环境工程设计所、农业部沼气科学研究所科技开发公司、农业行业特有工种职业鉴定站和中试基地。

　　现有职工98人，其中研究员13人，副研究员19人，博士5人，硕士19人，国务院特殊津贴获得者14人，农业部有突出贡献专家3人，中国农业科学院杰出人才10人。设有微生物研究中心、沼气工程研究中心、培训与信息研究中心、农村能源研究中心、生物质能研究中心、农业部沼气产品及设备质量监督检验测试中心和四川省沼气工程技术研究中心等研究处室。长期从事沼气、生物质能开发与利用等研究，形成了集环境科学、生态学、经济学、管理学、生物学、物理学、化学、发酵工艺学、加工工艺学、社会科学等综合性的专业人才队伍，在国内行业处于领先地位。我所研发力量雄厚，研究领域涵盖农村生物质能开发与利用的大部分领域。包括农村沼气、大中型沼气工程、微生物、沼气发酵、装备工艺、燃料乙醇、秸秆固化成型、生物柴油等。

　　建所三十年来，主持、参加了国家科技支撑计划、国家重大专项、国家“973”和“863”计划、国家科技攻关、国家自然科学基金、部省重点项目等一系列科技项目。已承担并完成300多项国家和部省级科研项目，以及众多其他项目，其中有30多项科技成果获国家和省部级奖励。完成或参与完成大中型沼气工程500余项，涉及领域有工业有机废水、城镇生活污水、大型畜禽养殖场废弃物厌氧消化处理及达标排放处理。

　　在农村户用沼气技术、大中型沼气工程和秸秆沼气技术领域做了大量研究工作，形成了比较成熟的农村户用沼气池新池型、新工艺，高浓度有机废水处理及其达标排放技术，畜禽养殖场粪污处理技术以及农作物秸秆沼气供气站发电技术。我单位设计的蒙牛澳亚示范牧场大型沼气发电综合利用工程，是目前国内规模最大的奶牛养殖场粪污处理沼气工程。由于工程地处高寒地区，对于低温自然条件下厌氧消化产沼气是一大考验，同时该工程实施热电联用，显现出可再生能源的优势和价值。

　　经农业部批准，1990年设立农业部厌氧微生物重点开放实验室，这是国内唯一的跨学科的农业部能源微生物重点实验室，长期致力于开展能源微生物基础理论及应用基础研究，在沼气发酵主要微生物种群、厌氧高活性颗粒污泥形成机理、超高温厌氧纤维素酶的基因克隆、特殊环境中产甲烷细菌等的基础理论等研究上居全国前列。同时该实验室在高效纤维素乙醇、产氢、产脂和石油地质微生物等发面也开展了一系列较有特色的前沿研究。目前我所已收集并保藏了约300株兼性和专性的厌氧微生物，是国内拥有产甲烷古菌资源最多、生物多样性最丰富的科研单位。

　　中国政府与联合国开发计划署1981年签定协议，成立了“亚太区域沼气研究与培训中心”，负责承办中国商务部的援外培训项目，专门帮助发展中国家发展沼气技术。中心成立至今已成功举办了44期沼气及可再生能源技术培训班，为来自亚洲、非洲、拉丁美洲的108个国家培训沼气技术人才1013名。迄今与前来学习、考察、参观、合作与交流的各国政府官员与学术团体建立了广泛的合作关系。

　　当今全球出现能源危机、气候变暖和环境恶化等危机，生物质能技术在解决能源和环境问题方面的前景十分广阔。近年来，我所的科研工作逐渐从单纯的沼气技术扩大到了生物质能资源综合利用技术研究领域。未来将在燃料乙醇、生物油、生物燃气等生物能源转化及装备技术研究、能源植物资源研究与开发、农业废弃物资源与环境生态综合研究方面拓展项目。同时，计划通过政府、非政府组织(NGO)、双边或多边的国际合作多种渠道,为发展中国家举办相关领域的培训。