简介
研究方向
发表论著
承担科研项目
项目组情况
招生信息

方向东(FANG Xiangdong)
博士生导师，研究员
E-Mail：fangxd@big.ac.cn
研究领域：医学遗传学、精准医学大数据
导师简介：学习经历：
1986年-1992年 第一军医大学(现南方医科大学) 六年制临床医学 本科
1992年-1995年 第一军医大学 免疫学 硕士研究生 导师王小宁教授、戚正武院士
1996年-1999年 第一军医大学 人体解剖学和组织胚胎学 博士研究生 导师李进教授、戚正武院士
工作经历：
1993-1995 中科院上海生物化学研究所分子生物学国家重点实验室 访问****
1995-1996 第一军医大学分子免疫学研究所 助教
1997-1999 中科院上海生物化学研究所分子生物学国家重点实验室 访问****
1999-2000 上海医科大学基因研究中心暨卫生部糖复合物重点实验室 博士后
2000-2003 美国华盛顿大学 医学院 博士后
2003-2007 美国华盛顿大学 医学院 讲师
2007-2009 美国华盛顿大学 医学院 助理研究员
2009-至今 中国科学院北京基因组研究所 研究员
学术兼职：
《发育医学电子杂志》 主编
Genomics Proteomics Bioinformatics 副主编
《遗传》和《中华医学图书情报杂志》 编委
中国转化医学联盟 理事
人民卫生出版社系列期刊管理委员会 常务委员
中华医学会医学信息学分会 常务委员
中国医药生物技术协会生物医学信息技术和生物诊断技术专委会 常务委员
国家科学技术部“人类遗传资源管理” 专家委员
国家卫生健康委遗传咨询能力建设专家委员会 委员
中国遗传学会遗传咨询分会 委员
中国生理学会血液生理专委会 委员
中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会 委员
中国卫生信息学会健康医疗大数据政府决策支持与标准化专委会 委员
International Society for Stem Cell Research (ISSCR) Member
American Society of Hematology (ASH) Member
American Association for the Advancement of Science (AAAS) Member
American Society of Gene Therapy (ASGT) Member
获奖及荣誉：
2003年 上海市科技进步三等奖，033101 《重组基因工程药物凝血因子VIII的研制与开发》
2000年 广东省科技进步二等奖，2000-J-2-R02-X058 《重组蛋白质表达、复性、纯化新工艺及人G-CSF新药研制》
1998年 国家II类新药证书，(98)卫药证字S-09 《重组人粒细胞集落刺激因子(rhG-CSF)的研制》
1998年 中国人民解放军科技进步三等奖，1998-3-93-3 《IL-2/GM-CSF融合基因的构建，克隆及高效表达》


干细胞、遗传性血液病和恶性肿瘤的组学数据挖掘与精准医学研究

近期主要学术成果：
1. Yang Y, Sui Y, Xie B, Qu H*, Fang X*. GliomaDB: a Web server for integrating glioma Omics data and interactive analysis. Genomics Proteomics Bioinformatics 2019; 17: 465-471
2.An L#, Li Y#, Fan Y, He N, Ran F, Qu H, Wang Y, Zhao X, Ye C, Jiang Y, Fang X*, Hang H*. The trends in global gene expression in mouse embryonic stem cells during spaceflight. Front Genet 2019; 10: 768
3.Yang Y#, Zhang T#, Xiao R#, Hao X, Zhang H, Qu H, Xie B, Wang T*, Fang X*. Platform-independent approach for cancer detection from gene expression profiles of peripheral blood cells. Brief Bioinform 2019; Mar 20. doi: 10.1093/bib/bbz027. [Epub ahead of print]
4.Xie B#, Yuan Z#, Yang Y, Sun Z, Zhou S*, Fang X*. MOBCdb: a comprehensive database for integrating multi-omics data on breast cancer for precision medicine. Breast Cancer Res Treat 2018; 169: 625-632
5.Wang Y#, Song F#, Zhu J#, Zhang S#, Yang Y#, Chen T, Tang B, Dong L, Ding N, Zhang Q, Bai Z, Dong X, Chen H, Sun M, Zhai S, Sun Y, Yu L, Lan L, Xiao J, Fang X*, Lei H*, Zhang Z*, Zhao W*. GSA: Genome Sequence Archive. Genomics Proteomics Bioinformatics 2017; 15: 14-18
6. Li Y#, Zhang Q#, Du Z#, Lu Z, Liu S, Zhang L, Ding N, Bao B, Yang Y, Xiong Q, Wang H, Zhang Z, Qu H, Jia H*, Fang X*. Hsa-miR-200a inhibits erythroid differentiation by targeting PDCD4 and THRB. Brit J Haematol 2017; 176(1): 50-64
7.Zhang Q, Ding N, Zhang L, Zhao X, Yang Y, Qu H, Fang X*. Biological databases for hematology research. Genomics Proteomics Bioinformatics 2016; 14: 333-337
8. Li Y#, Liu S#, Sun H#, Yang Y, Qi H, Ding N, Zheng J, Dong X, Qu H, Zhang Z, Fang X*. Regulation of ALAS2 by miR-218 during iron metabolism and erythroid differentiation. Int J Mol Sci 2015; 16: 28156-28168
9. Song B#, Zhang Q#, Zhang Z, Wan Y, Jia Q, Wang X, Zhu X, Leung AY, Cheng T, Fang X*, Yuan W*, Jia H*. Systematic transcriptome analysis of the zebrafish model of Diamond-Blackfan anemia induced by RPS24 deficiency. BMC Genomics 2014; 15: 759
10. Wang Y#, Zhang Z#, Chi Y, Zhang Q, Xu F, Yang Z, Meng L, Yang S, Yan S, Mao A, Zhang J, Yang Y, Wang S, Cui J, Liang L, Ji Y, Han ZB*, Fang X*, Han Z*. Long-term cultured mesenchymal stem cells frequently develop genomic mutations but do not undergo malignant transformation. Cell Death Dis 2013; 4: e950
11. Zhang Z#, Jia H#, Zhang Q, Wan Y, Zhou Y, Jia Q, Zhang W, Yuan W, Cheng T, Zhu X*, Fang X*. Assessment of hematopoietic failure due to RPL11 deficiency in a zebrafish model of Diamond-Blackfan anemia by deep sequencing. BMC Genomics 2013; 14: 896
12. Yang Y#, Wang H#, Chang KH#, Qu H, Zhang Z, Xiong Q, Qi H, Cui P, Lin Q, Ruan X, Yang Y, Li Y, Shu C, Li Q, Wakeland EK, Yan J, Hu S*, Fang X*. Transcriptome dynamics during human erythroid differentiation and development. Genomics 2013; 102(5-6): 431-441
13. Chang KH#, Fang X#, Wang H, Huang A, Cao H, Yang Y, Bonig H, Stamatoyannopoulos JA, Papayannopoulou T*. Epigenetic modifications and chromosome conformations of the beta-globin locus throughout development. Stem Cell Rev 2013; 9: 397-407
14. Xiong Q#, Zhang Z#, Chang KH#, Qu H, Wang H, Qi H, Li Y, Ruan X, Yang Y, Yang Y, Li Y, Sandstrom R, Sabo PJ, Li Q, Stamatoyannopoulos G, Stamatoyannopoulos JA*, Fang X*. Comprehensive characterization of erythroid-specific enhancers in the genomic regions of human Krüppel-like factors. BMC Genomics 2013; 14: 587
15. Li Y#, Wang H#, Yang B#, Yang J, Ruan X, Yang Y, Wakeland EK, Li Q*, Fang X*. Influence of carbon monoxide on growth and apoptosis of human umbilical artery smooth muscle cells and vein endothelial cells. Int J Biol Sci 2012; 8(10): 1431-1446
16. Fang X, Yin W, Xiang P, Han H, Stamatoyannopoulos G*, Li Q*. The higher structure of chromatin in the LCR of the beta-globin locus changes during development. J Mol Biol 2009; 394(2): 197-208
17. Fang X, Xiang P, Yin W, Stamatoyannopoulos G, Li Q*. Cooperativeness of the higher chromatin structure of the beta-globin locus revealed by the deletion mutations of HS3 of the LCR. J Mol Biol 2007; 365(1): 31-37
18. Fang X, Sun J, Xiang P, Yu M, Navas PA, Peterson KR, Stamatoyannopoulos G, Li Q*. Synergistic and additive properties of the beta-globin LCR revealed by 5'HS3 deletion mutations: Implication for LCR chromatin architecture. Mol Cell Biol 2005; 25(16): 7033-7041
19. Fang X, Han H, Stamatoyannopoulos G, Li Q*. Developmentally specific role of the CCAAT box in regulation of human gamma-globin gene expression. J Biol Chem 2004; 279(7): 5444-5449
20. Duan ZJ#, Fang X#, Rohde A, Han H, Stamatoyannopoulos G, Li Q*. Developmental specificity of recruitment of TBP to the TATA box of the human gamma-globin gene. Proc Natl Acad Sci USA 2002; 99(8): 5509-5514

发明专利：
2019，中国专利，一种获取外周血基因模型训练数据的方法及装置(ZL9.0)
2019，中国专利，人脐带血间充质干细胞基因组稳定性相关的miRNA及其应用(ZL 8.5)
2018，中国专利，M5型急性髓系白血病相关的特异miRNA及其应用(ZL9.1)
2018，一种特异性抑制MAGEA1基因表达的小干扰RNA及其应用(ZL1.1)
2018，中国专利，一种特异性抑制CTGF基因表达的小干扰RNA及其应用 (ZL2.6)
2018，中国专利，一种特异性抑制TWIST1基因表达的小干扰RNA及其应用 (ZL3.9)
2015，中国专利，用于检测人肝癌细胞标志物的引物和探针及其检测试剂盒(ZL9.9)

计算机软件著作权：
2019，胶质瘤综合数据库系统 [GliomaDB]V1.0 (2019SR**)
2019，乳腺癌多组学数据库系统 [MOBCdb] V1.0 (2019SR**)
2019，房颤遗传风险评估系统V1.0，(2019SR**)
2019，食管癌遗传风险评估系统V1.0 (2019SR**)
2018，基于个体突变信息的靶向用药指导系统1.0 (2018SR112483)
2018，乳腺癌遗传风险评估系统V1.0 (2018SR960994)
2018，前列腺癌遗传风险评估系统V1.0 (2018SR961009)
2018，结直肠癌遗传风险评估系统V1.0 (2018SR961642)
2018，系统性红斑狼疮遗传风险评估系统V1.0 (2018SR961651)
2018，Ⅱ型糖尿病遗传风险评估系统V1.0 (2018SR962494)


1. 健康体检大数据云平台构建。国家重点研发计划《主动健康和老龄化科技应对》重点专项项目
2. 精准医学大数据处理和利用的标准化技术体系建设。国家重点研发计划《精准医学研究》重点专项项目
3. 精准医疗临床决策支持系统研发。国家重点研发计划《精准医学研究》重点专项项目
4. 功能红细胞的再生。中科院战略性先导科技专项《器官重建与制造》重点攻关方向课题
5. 基于大数据的慢性病风险防控服务体系建设。中国科学院科技服务网络计划（STS计划）项目
6. DBA骨髓微环境的单细胞图谱解析及其对红系造血缺陷的影响机制研究。国家自然科学基金面上项目
7. 染色质构象调控lncRNA在造血干细胞红系分化中的作用机制研究。国家自然科学基金面上项目
8. 转录因子KLFs调控干细胞红系分化的分子网络机制。国家自然科学基金面上项目
9. 中国人群精准医学研究计划，中科院重点部署项目


　　精准医学是以多组学生命大数据为基础，融合临床医疗与健康信息，开展精准的疾病分类及诊断、实现个性化的疾病预防和治疗的新型医疗模式。其主要特征是集成了基因组、转录组、表观组、蛋白质组、代谢组、微生物组等生物大数据，在系统生物学的理论指导之下，采用数学建模和统计学分析等生物信息学手段，对大样本健康队列和特定疾病人群进行整合研究，针对疾病发展进程和不同病理状态进行准确分类，确定并验证疾病诊断和治疗的最佳靶点，以期实现针对特定患者的精准化医疗服务。本项目组主要利用基于高通量测序平台的转录组、全外显子组、甲基化DNA作图、DNase I作图、ChIP、3C等多组学技术，以干细胞和血液病、恶性肿瘤为主要研究对象，在DNA、RNA、蛋白质以及染色质等不同调控层次上筛选与细胞发育和分化、以及肿瘤发生和转移等相关的关键分子标记、信号通路、调控单元和调控网络，并探讨其分子机制，为临床制定更加高效、特异的分子干预策略、并开展其规范化研究提供理论基础和实验依据。针对多源、异构组学大数据，建立针对基因组等多组学数据的整合、分析、注释的技术标准和可视化工作流规范。开发组学数据和临床信息关联的分析工具和疾病诊断、预测的计算模型，构建搜索引擎和跨库检索系统，实现精准医学大数据管理、搜索、分析与展示。最终建立完整规范的组学数据和临床信息的整合、管理与分析技术体系。

招收生物学、医学、计算机学、数学背景的学生