简介
研究方向
发表论著
承担科研项目
项目组情况
招生信息

蔡 军(CAI Jun)
博士生导师，研究员
E-Mail：juncai@big.ac.cn
研究领域：基因组学/生物信息学
导师简介：学习经历：
1995年9月-1999年7月 清华大学 自动化系 学士
1999年9月-2005年12月 清华大学 生物信息学 博士
工作经历：
2006年-2008年 美国伊利诺伊大学香槟分校生物工程系 博士后
2009年至今 中国科学院北京基因组研究所 研究员
学术兼职：

获奖及荣誉：


　　研究组目前的研究侧重点是发展和利用单细胞基因组分析技术，绘制体细胞的基因组变异图谱，解析正常细胞之间以及正常体细胞到肿瘤细胞演化过程中的遗传变异积累；将计算生物学与基因组学相结合，来研究与肿瘤基因组和干细胞基因组相关的一系列生物学问题。

近期主要学术成果：
1. Gao S*, Zheng C*, Chang G*, Liu W, Kou X, Tan K, Tao L, Xu K, Wang H, Cai J§, Tian JH§, Gao S§. Unique features of mutations revealed by sequentially reprogrammed induced pluripotent stem cells. Nature Communications. 2015 Feb 18;6:6318.
2. Cai J, Miao X, Li Y, Cory Smith, Kitman Tsang, Cheng L, Wang Q, Whole-Genome Sequencing Identifies Genetic Variances in Culture-Expanded Human Mesenchymal Stem Cells, Stem cell reports, 3(2), 2014.
3. Yin S*, Yang J*, Lin B*, Deng W*, Zhang Y, Yi X, Shi Y, Tao Y,Cai J, Wu CI, Zhao G, Hurst L, Zhang J, Hu L§ and Kong X§, Exome sequencing identifies frequent mutation of MLL2 in non-small cell lung carcinoma from Chinese patients, Scientific Reports, 4, 6036, 2014.
4. Lan Jiang, Jing Zhang, Jing-Jing Wang, Lu Wang, Li Zhang, Guoqiang Li, Xiaodan Yang, Xin Ma, Xin Sun, Jun Cai, Jun Zhang, Xingxu Huang, Miao Yu, Xuegeng Wang, Feng Liu, Chung-I Wu, Chuan He, Bo Zhang, Weimin Ci, Jiang Liu. Sperm, but not oocyte, DNA methylome is inherited by zebrafish early embryos, Cell, 2013, 153, 773-84.
5. Zheng C, Miao X, Li Y, Huang Y, Ruan J, Ma X, Wang L, Wu CI§, Cai J§. Determination of genomic copy number alteration emphasizing a restriction site-based strategy of genome re-sequencing. Bioinformatics. 2013 Nov 15;29(22):2813-21.
6. Qiang Gong, Yong tao, Jian-rong Yang, Jun Cai, Yunfei Yuan, et al., Identification of medium-sized genomic deletions with low coverage, mate-paired restricted tags, BMC Genomics, doi: 10.1186/1471-2164-14-52, 2013.
7. Tao Y*, Ruan J*, Yeh SH*, Lu X*, Wang Y*, Zhai W*, Cai J*, Ling S, Gong Q, Chong Z, Qu Z, Li Q, Liu J, Yang J, Zheng C, Zeng C, Wang HY, Zhang J, Wang SH, Hao L, Dong L, Li W, Sun M, Zou W, Yu C, Li C, Liu G, Jiang L, Xu J, Huang H, Li C, Mi S, Zhang B, Chen B, Zhao W, Hu S, Zhuang SM, Shen Y, Shi S, Brown C, White KP, Chen DS§, Chen PJ§, Wu CI§. Rapid growth of a hepatocellular carcinoma and the driving mutations revealed by a cell-population genetic analysis of whole-genome data. Proc Natl Acad Sci USA. 2011 Jul 19;108(29):12042-7.
8. Wang L*, Wu X*, Zhang W, Zhu D, Wang Y, Li Y, Tian Y, Li R, Li Z, Zhu X, Li J, Cai J, Liu L, Miao X§, Liu Y§ and Li H§, Evaluation of Genetic Susceptibility Loci for Chronic Hepatitis B in Chinese: Two Independent Case-Control Studies, PLoS One, 6(3), e17608, 2011.
9. Jun Cai, Dan Xie, Zhewen Fan, John Marden, Wing H. Wong, Sheng Zhong. Modeling co-expression across species for complex traits: insights to the difference of human and mouse embryonic stem cells. PLoS Computational Biology, 6(3), doi:10.1371/journal.pcbi.**,2010.
10. Dan Xie, Jun Cai, Na-Yu Chia, Huck H. Ng and Sheng Zhong. Cross-species de novo identification of cis-regulatory modules with GibbsModule: application to gene regulation in embryonic stem cells. Genome Research, 18:1325-1335, 2008.
11. Jianming Jiang, Yun-Shen Chan*, Yuin-Han Loh*, Jun Cai*, Guo-Qing Tong, Ching-Aeng Lim, Paul Robson, Sheng Zhong and Huck-Hui Ng. A core Klf circuitry regulates self-renewal of embryonic stem cells. Nature Cell Biology. 10: 353-360, 2008. (* contribute equally)


1. 国家自然科学基金委员会面上项目，诱导多能干细胞的单细胞起源和特异性基因组变异来源组成的研究，2016.01-2019.12，在研，课题负责人；
2. 国家自然科学基金青年项目，多能干细胞特异的逆转座子缺失：发生机制和对基因表达影响的组学研究，2016.01-2018.12，在研，项目负责人；
3. 中国科学院重点部署项目中项目一，2015.01-2018.12，研究骨干。


　　计算生物学和基因组学的发展为回答一些基本的生物学问题提供研究方法和思路，我们希望结合生物信息学模型和前沿的测序实验方法，来研究与肿瘤基因组和干细胞基因组相关的一系列生物科学问题。
　课题组目前侧重的研究方向为：
　　1．发展和利用单细胞基因组分析技术，绘制体细胞的基因组变异图谱，解析正常细胞之间以及正常体细胞到肿瘤细胞演化过程中的遗传变异积累。
　　2．研究肿瘤细胞和干细胞群体在遗传水平和表观遗传水平上的异质性。
　　课题组的研究工作积累：
　　a.以连续传代的体细胞克隆小鼠为研究对象，通过合作研究，从基因组变异的角度评价了诱导性多能干细胞中积累的体细胞突变与发育缺陷等表型之间的关系(Gao et. al., 2015) 。
　　延伸阅读：“How Many Times Can Cells Be Re-Programmed?”
　　b.解析骨髓间充质干细胞（MSC）在体外连续培养新环境下的基因组变异特征和细胞群体变化规律（Cai et. al., 2014）。
　　c.发展了基于定点酶切测序RAD-seq的解析肿瘤基因组复杂拷贝数变异的新方法（Zheng et. al., 2013）。

　　欢迎生物信息学、生物学、计算机科学、数学等相关背景的学生加入我们的研究组