基础医学院是温州医学院成立最早，规模最大的二级学院之一。承担学校临床医学、法医学、眼视光学、口腔医学、预防医学、药学和护理学等各个专业本科、硕士及成人教育等各层次的医学专业基础课程教学和人才培养任务。

基础医学院自2002年起招收法医专业本科学生。为适应医学教育、科研和医疗发展的需要，近年来基础医学部大力开展医学教育改革，实行课程整合，开设多学科有机组合的综合性课程；开展计算机辅助教学，全方位地运用现代化的教学手段；加强前沿学科课程的教学，新编或出版众多反映学科发展新理论和新技术的专著、教材和实验讲义；改革实验教学，逐步实现实验教学中心综合化、规模化和现代化。在教学综合改革、实验中心建设、教材和多媒体课件等方面，取得了可喜的进步。

基础医学院以建设省内一流的基础医学学科为目标，优化学科组合，鼓励新兴学科和交叉学科，现拥有部校级重点实验中心1个（机能中心），省级精品课程二门（微生物学与免疫学、组织胚胎学）。积极引进和聘请国内知名专家教授，扶持年轻学科带头人，向国内外派遣进修人员，努力提高科研水平，多年来承担的科研项目、科研经费、获奖成果、发表论文以及出版专著的总量位居温州医学院二级学院前列。

基础医学部现有10个教研室，3个研究所，2个实验教学中心；4个硕士学位点；师资力量雄厚。

温州医学院基础医学院借助学校先进的教学设施、雄厚的科研、师资力量，已成为浙江省重要的医学教学和科研基地。