温州医学院第二临床医学院的前身是温州医学院临床医学二系和儿科系。2005年，为进一步加强临床教学工作，促进临床教学管理工作的规范化建设，将第二临床医学院办成了一个办学实体。学院以温州医学院附属第二医院、育英儿童医院为依托,采用“二个牌子，一套班子”的管理方式，下设教学科和学生管理科，拥有1个临床教学研究室和内科学、外科学、麻醉危重病学、妇产科学、儿科、康复医学、中医学等17个教研室，设有临床医学（含儿科方向）、麻醉学、中医学、康复医学四个本科专业，学生共2557人。

目前拥有正高64人，副高184人，博士生21人。学院不断拓宽和完善临床实习基地的建设，目前已拥有上海第二医科大学附属瑞金医院、上海第二医科大学附属仁济医院、台州医院等二十余所教学及实习医院。