药学院原名新疆医学院药学系，1998年原医学院和原中医学院合并成立新疆医科大学后，更名为新疆医科大学药学院。药学院初建于1978年，旨在适应四化建设、为新疆培养各族药学人才。它的建立拉开了新疆高等药学教育的序幕，是自治区高等药学教育发展的重要里程碑。全院承担本专科及研究生教育的20多门必修和选修课程，每学年完成近6000学时的教学任务，在校本专科生9个班300余人，先后开办药品专业下药品、食品分析和医院药剂、药物新剂型研究、药品营销多方向的专科班。目前已装备的大型仪器有红外分光光度计、紫外分光光度计、原子吸收分光光度计、气相色谱仪、高压液相色谱仪等。科研队伍强大，仅1995年以来就获得批准资助项目10项，其中国家自然基金两项，省部级5项，共获科研经费36万余元，科技成果21项，获自治区科技进步奖15项。

　　1998年药学院制定了八年规划，并加速培养高层次专业人才，计划做到每年招收硕士研究生10名，博士研究生3-4名，争取达到1-2博士点和4个硕士点，使2个校级重点学科进入自治区级重点学科行列。课程设置从以化学制药为主向生物制药为主的方向转变，扩大选修课，适应社会主义市场经济发展的需要。药学院全体教职员工将共同努力，力争2005年把药学院办成多层次、多专业、多研究方向和西北先进的综合性药学院。