中医系是以中医学基础理论、中医学临床理论、中医学人文理论为主要内容的基础课教学单位。是学院最大的中医学主干课程教学部门。以传统的、经典的、扎实的中医基础理论教学为特色。中医系的优势是中医经典文献的整理与研究全国领先。中医系设有中医学专业，有博士授予点1个、硕士授予点3个。
　　
　　中医系师资力量雄厚、教学手段先进，有教授11人，副教授27人。郭霭春教授是全国著名的医史文献专家。
　　
　　中医系有11个教研室、1个实验室。中医系开设的课程有中医基础理论、中医诊断学、方剂学、内经、伤寒论、金匮要略、温病学、中医各家学说、医古文、医史等10余门课程。
　　
　　中医系承担国家和市级教学、医疗科研课题10项。