基础医学院前身为医疗系、基础医学部，1996年底天津医学院基础医学部与原第二医学院临床医学系合并后更名为基础医学院。1952年学校开始设立基础医学的相关教研组，最早设立了寄生虫学和细菌学两个教研组。次年，又相继成立了解剖学、组织胚胎学、生理学、病理学医疗系和生物化学等6个教研组。
　　
　　基础医学院是学校最大的院系，有2个办公室、2个中心、22个教研室共26个基层单位，有教职员工363人（其中教授41人；副教授795），学生2437名（其中七年制学生181名）。学院承担了全校22个本科专业课程、102个教学班的授课任务，每年累计授课超过34000学时。
　　
　　学院拥有博士学位授权点1个（病原生物学）和硕士学位授权点7个（生理学、生物化学与分子生物学、人体解剖与组织胚胎学、病理与病理生理学、病原生物学、免疫学、药理学）。博士研究生导师6名、硕士研究生导师38名。自1978年恢复招收研究生制度以来，至今招收硕士研究生273名、博士研究生14名。现有市级重点发展学科1个（微生物学与免疫学），校级重点发展学科3个（病理学、药理学、病生理学）。
　　
　　学院党委书记刘永春、院长姚智。基础医学院将在学校党政领导下，全面贯彻党的教育方针和卫生工作方针。争取在十五期间使学院成为教学质量上水平，科研工作出成果，学科建设见成效，人才倍增的教学科研基地。同心协力、加快步伐为21世纪培养德、智、体全面发展的高层次人才作出贡献。