徐云刚：教授、博导
研究领域（方向）
生物信息学与计算生物学（发育与疾病相关转录调控、计算表观遗传学、单细胞组学）
个人简介
2014年10月毕业于哈尔滨工业大学·计算机科学与技术学院，获得博士学位；同时具有生物学学士和硕士学历。随后在美国Wake Forest University School of Medicine (WFU)、University of Texas Health Science Center at Houston (UT Health) 以及 University of Pennsylvanian （UPenn）和 Children’s Hospital of Philadelphia (CHOP) 先后任职博士后研究员（Postdoc Fellow）、副教职（Faculty Associate）和助理教授（Research Assistant Professor）至2021年1月。2021年2月获得“青年拔尖人才支持计划”并加入西安交通大学基础医学院，任职教授和博士研究生导师。截至目前，已获得省级和厅级科学技术奖各1项；作为核心成员参与国家自然科学基金项目4项、美国NIH基金项目4项；担任多个领域内国际SCI期刊编辑和国际会议程序委员会委员。已发表学术著作18篇（学术期刊17篇，英文专著1本）；其中SCI收录论文14篇，累积影响因子大于100。第一作者或者通讯作者SCI论文有9篇，其中5篇IF>10，分别发表在Genome Biology（IF= 14.028）、Nucleic Acids Research(3篇， IF= 11.561）、AJHG（IF= 10.502）和Bioinformatics（IF = 7.367）等领域权威期刊上，并得到了表观遗传学、细胞生物学和生物信息学领域专家的一致好评。
工作经历
1. 2021.02-现在：教授/博导，西安交通大学，基础医学院
2. 2019.04-2021.02: Postdoctoral Fellow, University of Pennsylvania and Children’s Hospital of Philadelphia, 美国；（合作导师：Yi Xing，邢毅）
3. 2018.09-2019.03: Assistant Professor, School of Biomedical Informatics, University of Texas Health Science Center at Houston (UT Health), 美国；（合作导师：Xiaobo Zhou，周小波）
4. 2017.07-2018.08: Faculty Associate, School of Biomedical Informatics, University of Texas Health Science Center at Houston (UT Health), 美国；（合作导师：Xiaobo Zhou，周小波）
5. 2015.04-2017.06: Research Fellow, School of Medicine (又名Wake Forest Baptist Medical Center, WFBMC), Wake Forest University, 美国；（合作导师：Xiaobo Zhou，周小波）
6. 2014.11-2015.03, 研究助理, 计算科学与技术学院，哈尔滨工业大学 (HIT), 中国；（合作导师：郭茂祖）
学习经历
1. 2010.09-2014.10：博士，哈尔滨工业大学，计算机科学与技术学院（导师：郭茂祖）
2. 2007.09-2010.07：硕士，东北林业大学，生命科学与技术学院（导师：詹亚光）
3. 2003.09-2007.07：学士，东北林业大学，生命科学与技术学院（导师：李淑娟）
荣誉获奖
1. 2013年：黑龙江省 科学技术奖，三等奖
2. 2013年：黑龙江省 林业厅科学技术奖，一等奖
3. 2013年：教育部 “博士研究生国家奖学金”
科研项目
（一）主持科研项目
青年拔尖人才支持计划A类, 2021-02至2026-02
（二）参与科研项目
1. Deep Learning the Splicing (Epi)genetic Code. National Institutes of Health (NIH) (2015-2019). (撰写并参与);
2. Integrative approach to studying lncRNA functions. National Institutes of Health (NIH) (2017-2022). (参与);
3. A novel tool package for single-cell RNA sequencing analysis with graph theory and deep networks. National Institutes of Health (NIH) (2018-2022). (撰写并参与);
4. Multiscale resolution and deep network approaches for deconvolving different cell types in bulk tumor using single-cell sequencing data (scDEC) . National Institutes of Health (NIH) (2019-2023). (撰写并参与);
5. 国家自然科学基金(NSFC)：miRNA-基因双层网络的构建与分析方法研究，（2016-2019），**；金额：70万；主要撰写人并署名参与，排名第3位。
6. 国家自然科学基金(NSFC)：功能基因网络的重构与交叠模块识别方法，(2013-2016). NO. **；金额：86万；主要撰写人并署名参与，排名第4位；
7. 国家自然科学基金(NSFC)：蛋白质相互作用和基因功能关联的对称性预测方法研究，(2012-2015). NO. **；金额：62万；主要撰写人并署名参与，排名第5位；
8. 国家自然科学基金(NSFC)：大豆RNA结构与进化分析的信息处理方法研究，(2010-2013). NO. **；金额：190万；参与。
代表性论文
参编英文专著
1. Yungang Xu, Xiaobo Zhou (2018) Applications of Single-Cell Sequencing for Multiomics. In: Huang T. (eds) Computational Systems Biology. 1754: 327-374. Springer Press, New York, NY. DOI:10.1007/978-1-4939-7717-8_19
发表期刊论文列表(#通讯作者)
（一）第一作者
1. Yungang Xu#,Zhigang Zhang, Lei You, Jiajia Liu#, Zhiwei Fan, and Xiaobo Zhou#. (2020) scIGANs: single-cell RNA-seq imputation using generative adversarial networks." Nucleic acids research 48, 15 (2020): e85-e85. (SCI, IF 11.561, JCR rank Q1 top)
2. Yungang Xu, Weiling Zhao, Scott D. Olson, Karthik S. Prabhakara, Xiaobo Zhou#. (2018) Alternative splicing links histone modifications to stem cell fate decision. Genome Biology 19(1):133. (SCI, IF 14.028, JCR Q1 top)
3. Yungang Xu#, Yongcui Wang, Jiesi Luo, Weilin Zhao, Xiaobo Zhou#. (2017) Deep learning of the splicing (epi)genetic code reveals a novel candidate mechanism linking histone modifications to ESC fate decision. Nucleic Acids Research 45 (21), 12100-12112. (SCI, IF 11.561, JCR rank Q1 top)
4. Yungang Xu#, Maozu Guo#, Chunyu Wang, Yang Liu, Guojun Liu. (2016) Identify bilayer modules via pseudo-3D clustering: applications to miRNA-gene bilayer networks. Nucleic Acids Research 44 (20), e152. (SCI, IF 11.561, JCR rank Q1 top)
5. Yungang Xu, Maozu Guo#, Xiaoyan Liu, Chunyu Wang, Yang Liu. (2014) Inferring the Soybean (Glycine max) microRNA functional network based on target gene network. Bioinformatics 30 (1):94-103. (SCI, IF 7.307, JCR rank Q1)
6. Yungang Xu, Maozu Guo#, Xiaoyan Liu, Chunyu Wang, Yang Liu. (2014) SoyFN: a knowledge database of soybean functional networks. Database-The Journal of Biological Databases and Curation, 2014: bau019. (SCI, IF: 4.599, JCR rank Q1)
7. Yungang Xu#, Maozu Guo#, Xiaoyan Liu, Chunyu Wang, Yang Liu. (2014) System-level insights into the cellular interactome of a non-model organism: inferring, modeling and analyzing functional gene network of Glycine max. PLOS ONE (2014) 9(11): e113907 (SCI, IF 4.015, JCR rank Q1)
8. Yungang Xu, Maozu Guo#, Wenli Shi, Xiaoyan Liu, Chunyu Wang. (2013) A novel insight into Gene Ontology semantic similarity. Genomics 101(6): 368-375. (SCI, IF 2.910, JCR rank Q2)
9. Yungang Xu, Yaguang Zhan#. (2009) Progress of the Research on Plant Drought-resistant Mechanism and Related Genes. Biotechnology Bulletin. 2009(2): 11-17.
（二）共同作者
10. Levon Demirdjian,Yungang Xu, Emad Bahrami-Samani, Yang Pan, Shayna Stein, Zhijie Xie, Eddie Park, Ying Nian Wu, and Yi Xing#. (2020) Detecting Allele-Specific Alternative Splicing from Population-Scale RNA-Seq Data. The American Journal of Human Genetics 107, 3 (2020): 461-472. (SCI, IF 10.502, JCR rank Q1 )
11. Zhijin Li, Hua Tan, Weiling Zhao,Yungang Xu, Zhigang Zhang, Maode Wang, Xiaobo Zhou#. Integrative analysis of DNA methylation and gene expression profiles identifies MIR4435-2HG as an oncogenic lncRNA for glioma progression. Gene 75 (2019): 144012. (SCI, IF 2.638, JCR Q2)
12. Liu, Changan, Jacqueline Chyr, Weiling Zhao,Yungang Xu, Zhiwei Ji, Hua Tan, Claudio Soto, and Xiaobo Zhou#. (2018) Genome-Wide Association and Mechanistic Studies Indicate that Immune Response Contributes to Alzheimer’s Disease Development. Frontiers in Genetics 9 (2018): 410. (SCI, IF 4.151, JCR Q1)
13. Quan Zou#, Lei Chen, Tao Huang,Yungang Xu. (2017) Machine Learning and Graph Analytics in Computational Biomedicine. Artificial Intelligence in Medicine. Doi: 10.1016/j.artmed.2017.09.003 (SCI, IF 2.879, JCR rank Q2)
14. Quan Zou#, Dariusz Mrozek, Qin Ma,Yungang Xu. (2017) Scalable Data Mining Algorithms in Computational Biology and Biomedicine. BioMed Research International (2017), **. (SCI, IF 2.583, JCR Q2)
15. Ruida Guo, Fansuo, Yaguang Zhan#, Shujuan Li, Huijie Geng, Guiqin Zhang, Shengzhi Yao,Yungang Xu. (2013).Variation Analysis of Traits of Seed on Interspecific Hybrid F1 of Fraxinus. Forest Engineering, 29(5): 39-43.
16. Bo Li, Yaguang Zhan#,Yungang Xu, Fansuo Zeng, Guiqin Zhang. (2012) Photosynthetic Physiological Characteristics in F1 Progeny of Fraxinus mandshurica and Fraxinus Americana under Drought Stress. Acta Botanica Boreali-Occidentalia Sinica. 32(11): 2313-2320.
17. Shujuan Li, Yaguang Zhan#, Chuanping Yang,Yungang Xu. (2009) Response Surface Methodology to Determine the Optimal Medium for Pollen Germination for Ash. Bulletin of Botany. 44(2):223-229.
18. Lei Wang, Shujuan Li,Yungang Xu, Yaguang Zhan#. (2008) Establishment of Propagation System of Mature Embryo and Stem Segment of Fraxinus velutina. Forestry Science & Technology. 33(3): 1-3.
招生/招聘/合作
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