杨铁林的个人主页空间 - 杨 铁林个人简介


杨铁林
教授，博士生导师
生物医学信息与基因组学中心主任




Blank1
联系方式
Email：yangtielin@mail.xjtu.edu.cn
地址：西安交通大学生命学院教二楼北213
邮政编码：710049




工作动态
生物信息大数据中心夏令营火热报名中，欢迎同学报名参加
2020-07-09

恭贺杨铁林课题组成员郝若涵博士答辩顺利结束
2020-07-08

西安交通大学生物医学信息与基因组学中心面向海内外诚聘青年才俊
2020-07-02

2020年西安交通大学优秀博士学位论文名单
2020-05-26

机械学院、生命学院举办博士学位论文在线视频答辩
2020-02-27

西安交大科研人员综合解读骨质疏松症发病机制研究
2019-12-06


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Blank6

个人简介杨铁林，教授，博士生导师，生命科学与技术学院副院长
生物医学信息与基因组学中心主任
研究方向（1）生物信息大数据挖掘与人工智能
（2）高通量数据分析与疾病易感标志物的筛选
（3）复杂疾病的发病机制解析
（4）基因编辑与基因治疗

学术成绩 杨铁林教授长期针对肥胖症、骨质疏松症、癌症等复杂疾病，开展生物信息大数据分析方法开发，高通量数据分析与疾病易感标志物的筛选，以及基因编辑与表观调控机制基础与应用研究。团队在Nature Reviews Endocrinology、American Journal of Human Genetics、Endocrine Reviews、Briefings in bioinformatics、Bioinformatics、 Journal of Bone and Mineral Research和Aging Cell等各类重要学术刊物发表 SCI 论文百余篇，出版专著6本，申请专利6项，软件著作权2项；被引用2000 余次（近五年被引 > 400次），其中两篇入选ESI高被引论文，一篇入选ESI热点论文，一篇入选“中国百篇最具影响国际学术论文”。团队科研立项累计60余项，其中包括国家自然科学基金20余项。
人才培养 团队累计指导国家级/省级大学生创新实验30余项，本科生毕业设计40余项，其中2人获校级优秀毕业论文，10余人获院级优秀毕业论文。研究生培养方面，10余人次获研究生国家奖学金和社会奖学金，3人获校级优秀毕业论文，20余人次获“优秀毕业生”、“优秀研究生”、“优秀研究生干部”、“优秀党员”等荣誉称号。10余人次获陕西省研究生创新成果一等奖和二等奖、全国“互联网+”中国大学生创新创业大赛银奖、中国研究生未来飞行器创新大赛二等奖等奖项。中心每年派至少5名学生去美国参加国际遗传学领域顶级会议-ASHG，其中2名学生被选为学术报告，11名学生被选为优秀海报。1名博士获得国际骨质疏松症领域顶级学术会议-ESCEO-IOF的“YoungInvestigatorAward”奖。2名博士生2018-2019在美国芝加哥大学和印第安纳大学联合培养，1名博士生2018参加了荷兰莱顿大学医学中心组织并资助的Eurolifesummerschool。中心多名博士毕业生进入西安交通大学、苏州大学等国内一流大学任教，硕士生进入华为、宝洁、广州证券、华大基因等知名企业工作。




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生物医学信息与基因组学中心主任
研究方向（1）生物信息大数据挖掘与人工智能
（2）高通量数据分析与疾病易感标志物的筛选
（3）复杂疾病的发病机制解析
（4）基因编辑与基因治疗

学术成绩 杨铁林教授长期针对肥胖症、骨质疏松症、癌症等复杂疾病，开展生物信息大数据分析方法开发，高通量数据分析与疾病易感标志物的筛选，以及基因编辑与表观调控机制基础与应用研究。团队在Nature Reviews Endocrinology、American Journal of Human Genetics、Endocrine Reviews、Briefings in bioinformatics、Bioinformatics、 Journal of Bone and Mineral Research和Aging Cell等各类重要学术刊物发表 SCI 论文百余篇，出版专著6本，申请专利6项，软件著作权2项；被引用2000 余次（近五年被引 > 400次），其中两篇入选ESI高被引论文，一篇入选ESI热点论文，一篇入选“中国百篇最具影响国际学术论文”。团队科研立项累计60余项，其中包括国家自然科学基金20余项。
人才培养 团队累计指导国家级/省级大学生创新实验30余项，本科生毕业设计40余项，其中2人获校级优秀毕业论文，10余人获院级优秀毕业论文。研究生培养方面，10余人次获研究生国家奖学金和社会奖学金，3人获校级优秀毕业论文，20余人次获“优秀毕业生”、“优秀研究生”、“优秀研究生干部”、“优秀党员”等荣誉称号。10余人次获陕西省研究生创新成果一等奖和二等奖、全国“互联网+”中国大学生创新创业大赛银奖、中国研究生未来飞行器创新大赛二等奖等奖项。中心每年派至少5名学生去美国参加国际遗传学领域顶级会议-ASHG，其中2名学生被选为学术报告，11名学生被选为优秀海报。1名博士获得国际骨质疏松症领域顶级学术会议-ESCEO-IOF的“YoungInvestigatorAward”奖。2名博士生2018-2019在美国芝加哥大学和印第安纳大学联合培养，1名博士生2018参加了荷兰莱顿大学医学中心组织并资助的Eurolifesummerschool。中心多名博士毕业生进入西安交通大学、苏州大学等国内一流大学任教，硕士生进入华为、宝洁、广州证券、华大基因等知名企业工作。




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研究方向 - 杨 铁林研究领域
研究领域主要包括：生物信息学，复杂疾病遗传学，细胞生物学，生物化学与分子生物学。

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研究成果 - 杨 铁林研究队伍
近5年代表性论文（通讯/一作，2016-2020）
1. Yang TL, Shen H, Liu A, Dong SS, Zhang L, Deng FY, Zhao Q, Deng HW. A road map for understanding molecular and genetic determinants of osteoporosis. Nature Reviews Endocrinology. 2020 Feb;16(2):91-103. [1区；IF: 28.8]
² 交大主页推送：http://news.xjtu.edu.cn/info/1004/125766.htm
² 中国青年报报道：http://news.cyol.com/app/2019-12/17/content_**.htm
² 澎湃新闻报道：https://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_**
2. Chen XF#, Zhu DL#, Yang M, Hu WX, Duan YY, Lu BJ, Rong Yu, Dong SS, Hao RH, Chen JB, Chen YX, Yao S, Thynn HN, Guo Y*, Yang TL*. An Osteoporosis Risk SNP at 1p36.12 Acts as an Allele-Specific Enhancer to Modulate LINC00339 Expression via Long-Range Loop Formation. American Journal of Human Genetics. 2018 May 3; 102(5):776-793. [1区；IF: 10.502]
² 被Cell Stem Cell (2020)、Journal of Clinical Oncology (2019)、Trends in Genetics (2019) 等国际顶级期刊引用28次，获第四届陕西省研究生成果展一等奖
² 交大主页推送：http://news.xjtu.edu.cn/info/1004/91518.htm
² 新浪新闻报道：http://news.sina.com.cn/o/2018-04-29/doc-ifzvpatr**.shtml
² 入选 “2018年Hi-C技术八大突破性进展”：https://www.sohu.com/a/_603295
3. Zhang C, Dong SS, Xu JY, He WM, Yang TL*. PopLDdecay: a fast and effective tool for linkage disequilibrium decay analysis based on variant call format files. Bioinformatics. 2019 May 15;35(10):1786-1788. DOI: 10.1093/bioinformatics/bty875. [1区；IF: 5.61]
² 入选入选ESI热点论文（前0.1%) 和高被引论文（前1%)。文章发表不到1年，已被Nat Genet (2020，2019)、PNAS (2020)、Nat Commun (2019) 等国际顶级期刊引用70余次。
² 软件Github链接：https://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay
4. Dong SS, Guo Y, Yao S, Chen YX, He MN, Zhang YJ, Chen XF, Chen JB, Yang TL*. Integrating regulatory features data for prediction of functional disease-associated SNPs. Brief Bioinform. 2019 Jan 18;20(1):26-32. [1区；IF: 8.99]
² Evol Bioinform主编Barbara Rattner邀请我们撰写评述详细解析我们的成果:https://journals.sagepub.com/doi/full/10.1177/1**0861
² 软件Github链接：https://github.com/xjtugenetics/FDSP
5. Dong SS, Zhang YJ, Chen YX, Yao S, Hao RH, Rong Y, Niu HM, Chen JB, Guo Y*, Yang TL*. Comprehensive review and annotation of susceptibility SNPs associated with obesity related traits. Obesity Reviews. 2018. Mar 12. DOI: 10.1111/ obr.12677. [1区；IF: 7.310]
² 被International Journal of Obesity (2020)、Obesity Reviews（2020, 2019）等国际知名杂志引用17次。
6. Yan Wang, Jing-Qi Yang, Ting-Ting Hong, Yuan-Hong Sun, Hai-Li Huang, Feng Chen, Xiong-Jin Chen, Hui-Yi Chen, Shan-Shan Dong, Li-Li Cui*, Tie-Lin Yang*. RTN4B-mediated suppression of Sirtuin 2 activity ameliorates β-amyloid pathology and cognitive impairment in Alzheimer's disease mouse model. Aging Cell. 2020 (accepted). [1区；IF: 7.238]
7. Thynn HN#, Chen XF#, Hu WX, Duan YY, Zhu DL, Chen H, Wang NN, Chen HH, Rong Y, Lu BJ, Yang M, Jiang F, Dong SS, Guo Y, Yang TL*. An Allele-Specific Functional SNP Associated with Two Systemic Autoimmune Diseases Modulates IRF5 Expression by Long-Range Chromatin Loop Formation. Journal of Investigative Dermatology. 2020 Feb;140(2):348-360.e11. [1区；IF: 7.143]
² 美国辛辛那提儿童医院的Leah C. Kottyan教授在同期杂志上发表亮点评述，高度评价了该工作，认为“我们发现的这种全新的功能机制可为疾病治疗提供新
的靶点，我们的工作可作为未来其他研究的一个范例”:https://www.jidonline.org/article/S0022-202X(19)32692-2/fulltext
² Journal of Immunological Sciences主编邀请我们撰写评论文章 详细介绍我们的成果:https://www.immunologyresearchjournal.com/article/4/1
8. Chen XF, Guo MR, Duan YY, Jiang F, Wu H, Dong SS, Thynn HN, Liu CC, Zhang L, Guo Y*, Yang TL*. Multi-omics dissection of molecular regulatory mechanisms underlying autoimmune associated noncoding SNPs. JCI Insights. 2020 (accepted). [1区；IF: 6.205]
² fnGWAS在线网站：http://fngwas.online/
² 软件Github链接：https://github.com/xjtugenetics/fnGWAS
9. Chen JB#, Dong SS#, Yao S, Duan YY, Hu WX, Chen H, Wang NN, Chen XF, Hao RH, Thynn HN, Guo MR, Zhang YJ, Rong Y, Chen YX, Zhou FL, Guo Y*, Yang TL*. Modeling circRNA expression pattern with integrated sequence and epigenetic features demonstrates the potential involvement of H3K79me2 in circRNA expression. Bioinformatics. 2020 Jun 15:btaa567. doi: 10.1093/bioinformatics/btaa567. Online ahead of print. [1区；IF: 5.61]
10. Zhu DL#, Chen XF#, Hu WX, Dong SS, Lu BJ, Rong Yu, Chen YX, Thynn HN, Wang NN, Guo Y*, Yang TL*. Multiple functional variants at 13q14 risk locus for osteoporosis regulate RANKL expression through long-range super-enhancer. Journal of Bone and Mineral Research. 2018, Mar 12. [1区；IF: 5.854]
11. Yang TL, Guo Y, Zhang JG, Xu C, Tian Q, Deng HW. Genome-wide Survey of Runs of Homozygosity Identifies Recessive Loci for Bone Mineral Density in Caucasian and Chinese Populations. The Journal of Bone and Mineral Research, 2015 Nov;30(11):2119-26. [1区；IF: 5.854]
12. Li M, Yao S, Duan YY, Zhang YJ, Guo Y, Niu HM, Dong SS, Qiu YS*, Yang TL*. Transcription Factor Enrichment Analysis in Enhancers Identifies EZH2 as A Susceptibility Gene for Osteoporosis. Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism. 2020 Apr 1;105(4). [2区；IF: 5.399]
13. Dong SS, Yao S, Chen YX, Guo Y, Zhang YJ, Niu HM, Hao RH, Shen H, Tian Q, Deng HW, Yang TL*.Detecting epistasis within chromatin regulatory circuitry reveals CAND2 as a novel susceptibility gene for obesity. International Journal of Obesity. 2019 Mar;43(3):450-456. [1区；IF: 4.419]
14. Dong SS, Guo Y, Zhu DL, Chen XF, Wu XM, Shen H, Chen XD, Tan LJ, Tian Q, Deng HW, Yang TL*. Epigenomic elements analyses for promoters identify ESRRG as a new susceptibility gene for obesity-related traits. International Journal of Obesity. 2016 Jul;40(7):1170-6. [1区；IF: 4.419]
15. Yao S, Guo Y, Dong SS, Hao RH, Chen XF, Chen YX, Chen JB, Tian Q, Deng HW, Yang TL*. Regulatory element-based prediction identifies new susceptibility regulatory variants for osteoporosis. Human Genetics. 2017 Aug, 136(8):963-974. [2区；IF: 5.743]
16. Zhu DL, Guo Y, Zhang Y, Dong SS, Xu W, Hao RH, Chen XF, Yan H, Yang SY, Yang TL*. A functional SNP regulated by miR-196a-3p in the 3'UTR of FGF2 is associated with bone mineral density in the Chinese population. Human Mutation. 2017 Jun, 38(6):725-735. [2区；IF: 4.124]
17. Guo Y, Dong SS, Chen XF, Jing YA, Yang M, Yan H, Shen H, Chen XD, Tan LJ, Tian Q, Deng HW, Yang TL*. Integrating Epigenomic Elements and GWASs Identifies BDNF Gene Affecting Bone Mineral Density and Osteoporotic Fracture Risk. Sci Rep. 2016 Jul 28;6:30558. [2区；IF: 4.124]
² 被Trends in Genetics (2016)、Bone Research (2020) 等国际知名杂志引用23次。
²****基因组计划（UK10K)主席Brent Richards课题组专门针对我们的研究发表了一篇千余字的专题评述，肯定该研究对解析疾病遗传机制及风险预测诊断具有重要参考价值: http://atm.amegroups.com/article/view/13047/13458
发明专利
1. 杨铁林、陈晓峰、郭燕、朱东丽、卢冰婕、杨熳，一种批量设计融合PCR引物的方法，授权公告日：2018年07月17日，授权公告号：CNB
2. 郭燕、杨铁林、董珊珊、陈晓峰，一种基于基因组表观调控元件特征的复杂疾病易感基因的挖掘方法，授权公告日：2019年01月29日，授权公告号：CNB
3. 杨铁林、姚石、陈一霄、牛慧敏、董珊珊、郭燕，一种基于染色质调控环路检测复杂疾病上位性的方法及系统，申请号：0.2
软件著作权
1. 杨铁林、陈一霄、姚石、郭燕、董珊珊，基于机器学习的复杂疾病易感位点预测软件【简称：FDSP】V1.0，登记号：2017SR591464
2. 郭燕、陈佳斌、董珊珊、姚石、杨铁林，基于机器学习的环状RNA表达预测软件，登记号：2019SR**
图书编著
《人类遗传学前沿》，2011，高等教育出版社，副主编（ISBN：978-7-04-026503-3）

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科研项目 - 杨 铁林学术论文

序号
项目名称及经费
项目级别

1
国家自然科学基金面上项目（**），基于超级增强子图谱和三维基因组构建骨质疏松症的核心转录调控环路并解析关键调控因子分子机制，2020.01-2023.12，直接经费：58万
国家级

2
国家自然科学基金面上项目，**，建立活性可控的基因编辑系统并靶向特异性超级增强子的三阴性乳腺癌治疗实验研究，2019/01-2022/12，53万元
国家级

3
国家自然科学基金面上项目，整合染色质三维构象和高通量实验系统解析肥胖基因组非编码易感SNP的增强子调控机制（**），2019.01-2022-12，59万
国家级

4
国家自然科学基金青年项目，**，内含子区的肥胖易感SNP通过影响增强子活性调控BCL2的作用机制研究，2018/01-2020/12，24万元
国家级

5
国家自然科学基金面上项目（**），骨质疏松症易感区域1p36.12非编码SNP通过增强子远程调控靶基因的机制研究，2018.01-2021.12，60万
国家级

6
国家自然科学基金面上项目，结合基因组DNA功能元件和易感SNPs信息预测并鉴定骨质疏松症的特征性遗传标记（**），2016.01-2019.12，55万
国家级

7
国家自然科学基金面上项目（**），基于GWAS遗传信息构建生物分子互作网络鉴定中国人群骨质疏松症易感基因，2015.01-2018.12，85万
国家级

8
国家自然科学基金国际（地区）合作与交流项目, 东亚人群肥胖和骨质疏松症的多重遗传解析（）, 2015.07-2017.06, 12万
国家级

9
国家自然科学基金青年项目 (**)，女性骨质疏松症新易感基因HERC2的分子遗传效应和基因功能的研究”， 2014.1-2016.12, 24万
国家级

10
国家自然科学基金面上项目，基于全基因组的基因与基因相互作用研究鉴定肥胖症的新致病基因（**），2014.01-2017.12，85万
国家级

11
国家自然科学基金青年项目（**），PTH和IL21R基因多态性与骨质疏松症的遗传关联研究，2011.01-2013.12，20万
国家级

12
国家自然科学基金国际（地区）合作与交流项目（）, 骨质疏松症的全基因组关联分析结果在不同人群中的验证, 2011.07-2013.06, 4.5万
国家级

13
国家自然科学基金青年项目，DNA拷贝数变异和肥胖症的遗传关联研究（**），2011.01-2013.12，20万
国家级

14
国家自然科学基金（**），MTHFR和TRHR基因多态性与少肌症的遗传关联研究，2010.01-2012.12，22万
国家级

15
浙江省自然科学基金委员会，浙江省基金-温州市生物医药联合基金/探索项目Y，LWY20H060001，鉴定类风湿性关节炎中调控生长因子VEGF的超级增强子并探索作用机制和治疗应用，2020-01至2022-12，9万元
省级

16
陕西省自然科学基础研究计划/青年人才项目(项目号：2020JQ-026)，非编码SNP通过远程调控SOX6基因影响骨质疏松症的机制研究，2020/01- 2021/12，3万元
省级

17
陕西省自然科学基础研究计划面上项目，2020JM-008，基于慢病毒和绝对定量STARR-seq新技术的研究与应用，2020/01-2021/12，5万元
省级

18
陕西省自然科学基础研究计划-一般项目（面上）（2019JM-119），基于增强子区转录因子富集分析鉴定骨质疏松基因并探究其调控机制，2019.01-2020.12，3万
省级

19
陕西省自然科学基础研究计划青年项目，2018JQ3058，长非编码LINC00886作为ceRNA影响肥胖的机制，2018/01-2019/12，3万元
省级

20
陕西省创新人才推进计划—青年科技新星项目，整合表观调控原件筛选中国人群骨质疏松特异性分子标记并预测骨折风险（2018KJXX-010），2018.01-2019.12，10万
省级

21
浙江省自然科学基金基础公益研究计划，LGF19H160014，三阴性乳腺癌易感SNPs富集的超级增强子区域的筛选及致病机制与治疗应用研究，2019/01-2021/12, 10万元
省级

22
浙江省基础公益研究计划项目，HMGA1基因甲基化作为多癌症早期筛查无创靶标的应用机制研究（LGF18C060002），2018.01-2020.12，15万
省级

23
萧山区重大科技攻关项目，**，利用机器学习预测Ⅱ型糖尿病风险的研究，2018/07 -2020/12，10万元
省级

24
陕西省自然科学基础研究计划（2016JQ3026），FGF2基因3′UTR区SNP功能位点及骨质疏松症的相关研究，2016.01-2017.12, 3万
省级

25
陕西省博士后科学基金，二等，基于表现遗传元件特性鉴定中国人群肥胖症新致病基因，2015.01-2016.12, 2万
省级

26
陕西省自然科学基础研究计划（2015JQ3089），GWAS鉴定的骨质疏松新易感基因SOX6分子遗传机制深层探究，2015.01-2017.12, 2万
省级

27
中国博士后科学基金会，中国博士后科学基金（一等），2019M650261，7q32.1系统性红斑狼疮易感SNP远程调控IRF5的机制研究，2019/05-2021/05，12万
博士后基金

28
中国博士后基金面上项目，2018M643619，易感SNP富集的乳腺癌特异性超级增强子的功能研究，2018/10-2020/06, 5万元
博士后基金

29
中国博士后科学基金特别资助项目，2018T111037，基于增强子区转录因子富集鉴定肥胖基因并研究其功能，2018/01-2019/08，15万元
博士后基金

30
中国博士后科学基金面上项目，2016M602797，非编码区肥胖易感SNP通过增强子调控TBX15的机制研究，2016/08-2018/07，5万元
博士后基金

31
中国博士后科学基金特别资助，第九批（2016T90902）SOX6基因易感SNP结合miRNA对骨质疏松的作用机制研究，2015.01-2016.12, 15万
博士后基金

32
中国博士后科学基金，一等（2015M570819），探寻骨质疏松新易感基因SOX6功能致病位点及分子机制，2015.01-2016.12, 8万
博士后基金

33
西安交通大学“青年教师跟踪支持项目”，基因组结构变异对肥胖症的影响分析，2013.01-2017.12, 15万
校级

34
西安交通大学应急项目（xzy），基于宏基因组数据分析推断新型冠状病毒的中间宿主及进化路径，2020.03-2021.01，30万元
校级

35
西安交通大学应急项目（xzy），针对新型冠状病毒（2019-nCoV）特异性适配体的筛选及病毒检测试剂盒的开发，2020.03-2021.01，15万元
校级

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科研团队 - 杨 铁林我的家庭
一、研究团队


二、博士研究生


三、硕士研究生

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招生与招聘 - 杨 铁林招生目录
具体报考目录如下：

西安交通大学生物信息大数据中心人才招聘启事
为建立一支师德师风优良、研究基础扎实、业绩突出的青年优秀教师队伍，按照“西安交通大学青年优秀人才支持计划”（简称：青秀计划）文件精神，生物医学信息与基因组学研究中心面向海内外公开招聘青年教师，诚挚欢迎生物化学与分子生物学、细胞生物学、遗传与发育、生物信息学、计算机科学、数学与统计、基础医学等相关方向的博士毕业生加入。
生物医学信息与基因组学中心（Biomedical Informatics & Genomics Center，BIGC）依托于中国西部科技创新港生物医学与健康工程研究院，是一个多学科交叉的科研创新平台。现有教授3人，副教授2人，助理教授4人。我们的研究方向主要有3类，1.生物医学信息大数据与人工智能；2.高通量数据分析与疾病易感标志物鉴定；3.基因编辑与表观调控机制。未来的规划是组建一支~20人，具有国际影响力的高水平研究团队；立足生命医学基础研究，取得原创性研究成果；利用大数据+机器学习辅助疾病诊断，实现技术转化；开发疾病早筛方法，实现临床转化。
我们的在此招募更多的青年优秀人才加入我们，招聘人才主要分为A，B，C，具体介绍如下：


详情请参照西安交通大学“青年优秀人才支持计划”实施办法
http://sfs.xjtu.edu.cn/content.jsp?urltype=news.NewsContentUrl&wbtreeid=1243&wbnewsid=4519


诚挚邀请同学们加入！