刘恋
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研究方向：计算生物学、模式识别、机器学习
办公地点： 文津楼三段527
个人简介

刘恋，黑龙江双鸭山人，副研究员(2021-)。2018.07到陕西师范大学计算机科学学院任教。于2012.4、2018.5分别在西安理工大学和西北工业大学获得工学硕士和博士学位，2018.07至今在陕西师范大学计算机科学与技术博士后流动站工作。任中国自动化学会智能健康与生物信息专委会首批委员(2020.12-)，CCF会员，CAAI会员，CAA会员，IEEE会员，ACM会员。主持国家自然科学基金1项，省部级项目1项，中央高校基本科研业务费2项。研究方向：生物信息计算、人工智能、机器学习、深度学习、数据挖掘。


学术论文
[1] Lian Liu, Xiujuan Lei , Zengqiang Fang, Yujiao Tang, Jia Meng, Zhen Wei. LITHOPHONE: Improving lncRNA Methylation Site Prediction Using an Ensemble Predictor. Frontiers in Genetics, May. 2020, 11:545. (SCI, 中科院大类二区，2019IF：3.258)
[2] Lian Liu, Bowen Song, Jiani Ma, Yi Song, Song-Yao Zhang, Yujiao Tang, Xiangyu Wu, Zhen Wei, Kunqi Chen, Jionglong Su, Rong Rong, Zhiliang Lu, Jo?o Pedro de Magalh?es, Daniel J Rigden, Lin Zhang, Shao-Wu Zhang, Yufei Huang, Xiujuan Lei, Hui Liu, Jia Meng. Bioinformatics approaches for deciphering the epitranscriptome: Recent progress and emerging topics. Computational and Structural Biotechnology Journal, Jun. 2020, 18: 1587-1604. (SCI, 中科院大类二区，2019IF：6.018)
[3] Lian Liu, Xiujuan Lei, Jia Meng, Zhen Wei. WITMSG: Large-scale Prediction of Human Intronic m6A RNA Methylation Sites from Sequence and Genomic Features. Current Genomics, Jan. 2020, 21: 67-76. (SCI, 中科院大类四区，2019IF：2.630)
[4] Lian Liu, Xiujuan Lei, Jia Meng, Zhen Wei. ISGm1A: Integration of Sequence Features and Genomic Features to Improve the Prediction of Human m1A RNA Methylation Sites. IEEE Access, Apr. 2020, 8: 81971-81977. (SCI, 中科院大类二区，2019IF：3.745)
[5] Lian Liu, Shao-Wu Zhang, Yufei Huang, Jia Meng. QNB: differential RNA methylation analysis for count-based small-sample sequencing data with a quad-negative binomial model. BMC Bioinformatics, Sep. 2017, 18: 387. (SCI, 中科院大类三区，2017IF：3.242)
[6] Lian Liu, Shao-Wu Zhang, Yu-Chen Zhang, Hui Liu, Lin Zhang, Runsheng Chen, Yufei Huang, Jia Meng. Decomposition of RNA methylome reveals co-methylation patterns induced by latent enzymatic regulators of the epitranscriptome. Molecular BioSystems, Jan. 2015, 11(1): 262-274.(SCI, 中科院大类三区，2017IF：3.336)
[7] Lian Liu, Shao-Wu Zhang, Fan Gao, Yixin Zhang, Yufei Huang, Runsheng Chen, Jia Meng. DRME: Count-based differential RNA methylation analysis at small sample size scenario.. Analytical Biochemistry, Feb. 2016, 499: 15-23. (SCI, 中科院大类三区，2016IF：2.507)
[8] 刘恋，张绍武，孟佳，陈润生. 高通量RNA甲基化测序数据处理与分析研究进展. 生物化学与生物物理进展, Oct. 2015, 10:891-899. (SCI, 中科院大类四区，2015IF：0.341)
[9] 雷秀娟，张文祥，刘恋．基于多数据融合的circRNA-疾病关联关系预测．中国科学·信息科学，2020.2.25，DOI：10.1360/SSI-2019-0142
[10] Song-Yao Zhang, Shao-Wu Zhang, Lian Liu, Jia Meng, Yufei Huang. m6A-Driver: Identifying Context-Specific mRNA m6A Methylation-Driven Gene Interaction Networks. PLOS Computational Biology, Dec. 2016, 12: e**. (SCI, 中科院大二区，2016IF：4.7)
主持（参与）的项目
[1] 国家自然科学基金(青年项目，资助号：**)：基于MeRIP-Seq测序数据的RNA差异甲基化分析方法研究，2020.1-2022.12，主持
[2] 博士后科学基金面上项目一等资助(资助号：2018M640949)：RNA差异甲基化分析方法研究，2018.11-2021.07，主持
[3] 中央高校基本科研业务费一般项目(资助号：GK)：基于深度学习的RNA甲基化与疾病关系研究，2021.1-2022.12，主持
[4] 中央高校基本科研业务费一般项目(资助号：GK)：基于RNA表达量估计的差异甲基化分析方法研究，2019.1-2020.12，主持
[5] 国家自然科学基金(面上项目，资助号：**)：基于计算方法的circRNA功能挖掘及其与复杂疾病的关系预测研究，2020.1-2023.12，参与
[6] 中央高校基本科研业务费创新团队项目(资助号：GK)：生物组学大数据挖掘与疾病靶点预测，2019.1-2021.12，参与
获奖
[1] 陕西师范大学第十二届青年教师教学基本功大赛优秀奖
[2] 陕西师范大学第五届教师实验教学创新技能大赛优秀奖